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- PDB-6x1c: Tubulin-RB3_SLD-TTL in complex with compound 5j -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1c
タイトルTubulin-RB3_SLD-TTL in complex with compound 5j
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin Tyrosine Ligase
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードCELL CYCLE/INHIBITOR / MICROTUBULE INHIBITOR / COLCHICINE / CELL CYCLE / CANCER / CELL CYCLE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / microtubule depolymerization / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. ...Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-Y5J / Tubulin beta chain / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者White, S.W. / Yun, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA148706 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: X-ray Crystallography-Guided Design, Antitumor Efficacy, and QSAR Analysis of Metabolically Stable Cyclopenta-Pyrimidinyl Dihydroquinoxalinone as a Potent Tubulin Polymerization Inhibitor.
著者: Banerjee, S. / Mahmud, F. / Deng, S. / Ma, L. / Yun, M.K. / Fakayode, S.O. / Arnst, K.E. / Yang, L. / Chen, H. / Wu, Z. / Lukka, P.B. / Parmar, K. / Meibohm, B. / White, S.W. / Wang, Y. / Li, W. / Miller, D.D.
履歴
登録2020年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin Tyrosine Ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,07722
ポリマ－261,3056
非ポリマー3,77216
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.345, 158.320, 181.949
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AGU7
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin Tyrosine Ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 120分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-Y5J / 4-(2-chlorofuro[3,2-d]pyrimidin-4-yl)-7-methoxy-3,4-dihydroquinoxalin-2(1H)-one


分子量: 330.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClN4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 6% PEG 4000, 5% glycerol, 0.1M MES, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2, pH 6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 69598 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 49.01 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.209 / Rpim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 3470 / CC1/2: 0.769 / Rpim(I) all: 0.372 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6BR1

6br1


解像度: 2.9→48.14 Å / SU ML: 0.3311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.9394 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2156 1960 2.9 %
Rwork0.1738 65715 -
obs0.175 67675 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17173 0 232 104 17509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217786
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.527324121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04112620
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00373120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.087210612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.30721330.25474469X-RAY DIFFRACTION96.12
2.97-3.050.29381370.23224578X-RAY DIFFRACTION97.72
3.05-3.140.27171370.22844605X-RAY DIFFRACTION99.1
3.14-3.240.30061380.23044647X-RAY DIFFRACTION99.42
3.24-3.360.32771390.21014667X-RAY DIFFRACTION99.85
3.36-3.490.22061400.1884679X-RAY DIFFRACTION99.85
3.49-3.650.20731400.17644708X-RAY DIFFRACTION99.96
3.65-3.850.22061390.17024660X-RAY DIFFRACTION99.81
3.85-4.090.18541410.14724705X-RAY DIFFRACTION100
4.09-4.40.16551410.13824744X-RAY DIFFRACTION99.96
4.4-4.840.13971410.12544722X-RAY DIFFRACTION100
4.84-5.550.20911420.1514773X-RAY DIFFRACTION100
5.55-6.980.22681430.1854807X-RAY DIFFRACTION100
6.98-48.140.20131490.17384951X-RAY DIFFRACTION99.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5682742931670.06978637400030.1034266005152.11862108211.108235781281.973525795890.0308876106827-0.00536375192349-0.0408094622178-0.06855158973230.152676654656-0.1603732954520.2421167395930.249325061193-0.1675991436870.2522527466090.0271220603049-0.02186152744180.292126685791-0.09792716744790.32073363926825.4397699435-83.4922304562-61.5526874817
20.8461697447640.4385432769710.3307355375521.40062051920.9233389571612.093486164850.07573265867360.00723701512036-0.1340734410670.0105052252083-0.06424679643220.04565532913510.198934029476-0.0811884916561-0.07157732217910.1350634202030.00484837925222-0.02098769651030.264983936398-0.07375337643480.31346344345115.8556105186-57.5919824181-29.4207040058
30.7494872634150.0533600221472-0.04699978790330.9956711585650.3164056696441.11145887589-0.0574458063269-0.0839289564734-0.0521283103420.09851995294480.02187419155830.06503881672610.0226462399464-0.07820155366960.0128929283670.1785791443420.04030662960760.006079789466310.235795235534-0.02785023440730.24407509651813.1032002918-29.33771351363.69303133931
41.46343791281-0.1418121583410.2488428523781.505628424160.05350274486361.7802391811-0.286620420142-0.5268383147940.1936698657170.4344326417260.202969509903-0.0148098994588-0.330758962216-0.1866408075220.03668486595110.5461831569090.158443759126-0.06931736731180.517022888926-0.1760800404150.32861476537918.36220977031.7516382744531.6915467913
50.2182784356780.1262340268790.2580133137280.9905406898250.7955440951340.98867836735-0.0819826520710.0332681688216-0.0174602946052-0.3182319378140.417262183623-0.436144268881-0.3876016243880.493940756675-0.3311208306360.289275716413-0.0392576796371-0.01261699014820.516000166961-0.1725291062490.49581612644939.8003692912-41.4120132244-20.5395817411
61.44087308498-0.01377612795441.47075398641.01016195596-0.3970679359322.00178745487-0.352764236490.2966416200780.505434670381-0.3152756728660.0872032123687-0.0341121506345-0.5456445822150.250669559068-0.008516777589590.708114810516-0.0897798790634-0.1584902199940.3562832980430.06613906251670.5244643454554.11337817844-55.8621689025-92.0616000377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 437)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 428)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 440)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 431)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 6 through 141)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 380)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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