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- PDB-6wyt: Crystal structure of anti-Muscle Specific Kinase (MuSK) Fab, MuSK1B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wyt
タイトルCrystal structure of anti-Muscle Specific Kinase (MuSK) Fab, MuSK1B
要素
  • MuSK1B heavy chain
  • MuSK1B light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human Fab / anti-MuSK
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Vieni, C. / Ekiert, D.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI114780 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21-AI142198 米国
Muscular Dystrophy AssociationMDA575198 米国
Colton Center for Autoimmunity 米国
Brown-Coxe fellowship 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2020
タイトル: Affinity maturation is required for pathogenic monovalent IgG4 autoantibody development in myasthenia gravis.
著者: Fichtner, M.L. / Vieni, C. / Redler, R.L. / Kolich, L. / Jiang, R. / Takata, K. / Stathopoulos, P. / Suarez, P.A. / Nowak, R.J. / Burden, S.J. / Ekiert, D.C. / O'Connor, K.C.
履歴
登録2020年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MuSK1B heavy chain
L: MuSK1B light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6476
ポリマ－46,1492
非ポリマー4974
水3,603200
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimeric
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.420, 66.690, 124.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 MuSK1B heavy chain


分子量: 23620.449 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCDNA3.4-TOPO / 細胞株 (発現宿主): Expi293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 MuSK1B light chain


分子量: 22528.744 Da / 分子数: 1 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCDNA3.4-TOPO / 細胞株 (発現宿主): Expi293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.085 M HEPES, pH 7.5, 17% PEG4000, 8.5% isopropanol, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→42.78 Å / Num. obs: 52582 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.618 % / Biso Wilson estimate: 36.703 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.059 / Net I/σ(I): 14.17 / Num. measured all: 347976 / Scaling rejects: 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.85.5681.2910.8820419386736670.4731.42494.8
1.8-1.846.3150.9451.3823095375836570.7121.03197.3
1.84-1.96.9680.6782.2325162365936110.8610.73298.7
1.9-1.966.9220.5073.1324649358135610.9160.54899.4
1.96-2.026.860.4073.9423645346134470.9450.4499.6
2.02-2.096.7690.3095.2822562334533330.9680.33599.6
2.09-2.176.5530.2436.5921185324432330.9750.26499.7
2.17-2.266.5840.1988.0320346309730900.9830.21599.8
2.26-2.366.5560.1629.5519641300129960.9890.17699.8
2.36-2.477.0210.13911.6920227288628810.9920.1599.8
2.47-2.616.9560.11814.0419005273827320.9930.12899.8
2.61-2.776.8610.09317.7717817260025970.9960.199.9
2.77-2.966.6510.07222.4216242244324420.9970.078100
2.96-3.26.3980.05727.4414550228422740.9970.06299.6
3.2-3.56.4640.04434.5213711212521210.9980.04899.8
3.5-3.916.9650.03941.1613310191219110.9990.04299.9
3.91-4.526.8480.03444.9511737171517140.9990.03799.9
4.52-5.536.3590.03244.859316146714650.9990.03599.9
5.53-7.836.1680.03341.187161116211610.9990.03699.9
7.83-42.786.090.02648.8841966996890.9990.02998.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Coot0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 7FAB & 8FAB

7fab

8fab


解像度: 1.75→42.78 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2216 1995 3.8 %Random
Rwork0.1953 50513 --
obs0.1963 52508 99.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 263.28 Å2 / Biso mean: 54.1718 Å2 / Biso min: 20.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→42.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3227 0 89 200 3516
Biso mean--76.56 44.47 -
残基数----429
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.790.35891220.32363400352295
1.79-1.840.30011510.28673461361297
1.84-1.90.28651300.27623560369099
1.9-1.960.25671470.23213585373299
1.96-2.030.28541370.221435783715100
2.03-2.110.24021580.211235613719100
2.11-2.20.26291200.207736313751100
2.2-2.320.25941520.202136043756100
2.32-2.470.26591390.21836353774100
2.47-2.660.25521490.21936103759100
2.66-2.920.20561390.213136413780100
2.92-3.350.24291460.195836843830100
3.35-4.220.18621510.171336903841100
4.22-42.780.18181540.16238734027100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74910.45271.18971.44930.05412.3426-0.0542-0.02150.1407-0.03490.10460.0131-0.0949-0.147-0.00010.25460.056-0.02160.33080.00220.25943.831823.025610.3945
21.1007-1.04250.00982.34530.29970.64130.01110.0190.006-0.0192-0.064-0.02690.01140.0024-0.00040.2232-0.0015-0.01370.2307-0.0070.21829.293813.457522.8341
31.77721.2940.43362.30051.00632.22830.41370.6329-0.8220.63190.2714-0.55910.70530.15720.23070.5270.0269-0.26180.4141-0.16370.57730.4110.85585.5227
41.3241-1.22350.88360.9473-1.25751.54230.0676-0.0337-0.23930.01860.01980.0472-0.12720.071600.2861-0.0151-0.00320.2367-0.00390.272926.1833.057433.9883
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 5 through 128 )L5 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 129 through 213 )L129 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 1 through 116 )H1 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 117 through 220 )H117 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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