PDB-6wy4: Crystal Structure of Wild Type Class D beta-lactamase from Clostr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wy4

タイトル

Crystal Structure of Wild Type Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / blaD

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridioides difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Wild Type Class D beta-lactamase from Clostridium difficile 630
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Rosas-Lemus, M. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2020年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wy4.cif.gz	440.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wy4.ent.gz	361.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wy4_validation.pdf.gz	465.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wy4_full_validation.pdf.gz	473.2 KB	表示
XML形式データ	6wy4_validation.xml.gz	47.4 KB	表示
CIF形式データ	6wy4_validation.cif.gz	69.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/6wy4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ue2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5kwj-2 3sim-2 3toi-2 3sim-1 6ub8-7 1j6o-d 6k34-2 5qa6-2 5dsp-d 6uba-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95825

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	85.332, 93.261, 138.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 29311.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile (strain 630) (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD630_04580 / プラスミド: pMCSG104 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): (DE3)Magic / 参照: UniProt: Q188Q3, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 901 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.64 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: Protein: 7.6 mg/ml, 0.01M Tris pH 8.3, 5mM DDT; Screen: PEG's II (F8), 0.1 M Sodium acetate, 25% (w/v) PEG 4000, 8% (w/v) Isopropanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月24日 / 詳細: BE
放射	モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→30 Å / Num. obs: 102923 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 23.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.076 / R_sym value: 0.07 / Χ²: 1.005 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5107 / CC_1/2: 0.756 / CC star: 0.928 / R_pim(I) all: 0.34 / R_rim(I) all: 0.864 / R_sym value: 0.793 / Χ²: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ue2

6ue2

解像度: 1.8→29.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 5.018 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2088	5203	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1762	-	-	-
obs	0.1779	97282	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.64 Å² / B_iso mean: 30.952 Å² / B_iso min: 8.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→29.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8127	0	8	968	9103
B_iso mean	-	-	57.76	33.45	-
残基数	-	-	-	-	1004

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	8466
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7735
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.234	1.64	11409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.344	1.59	18110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.143	5	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.605	24.91	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.785	15	1596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.774	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.055	0.02	9509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.051	0.02	1704

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	389	-
R_work	0.247	7086	-
all	-	7475	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3419	0.7262	-0.1484	2.0251	-0.7687	4.2034	0.0361	0.1613	0.0008	-0.0885	-0.0168	-0.1688	-0.1209	0.227	-0.0192	0.0163	0.0097	0.0197	0.1227	0.012	0.0414	7.0536	-19.6225	-1.7184
2	1.7176	-0.62	-0.4621	1.388	0.4104	1.0645	0.0442	0.035	0.2773	-0.007	-0.0223	0.0103	-0.07	-0.1113	-0.0219	0.0392	0.0007	0.0039	0.0922	0.0061	0.0602	-18.9183	-14.5157	0.4669
3	3.5405	1.2957	-1.0981	1.7438	-0.5604	1.8443	0.1489	-0.0983	0.0151	0.0573	-0.0963	0.0507	0.0084	-0.0828	-0.0526	0.0309	-0.0134	-0.0038	0.098	0.0022	0.0033	-15.2773	-24.5897	1.5655
4	1.8505	-0.3486	0.4859	1.5302	-0.4639	1.9074	0.0278	0.082	0.3262	0.016	-0.0465	-0.0863	-0.1509	0.0779	0.0187	0.0319	-0.0117	0.0202	0.049	0.0053	0.0661	-4.372	-12.9884	1.035
5	8.3049	0.6713	-1.9573	3.8968	0.0147	7.3378	0.19	-0.072	0.662	0.1766	-0.0004	-0.1651	-0.3438	0.1434	-0.1896	0.0512	-0.0419	0.0059	0.0501	0.0016	0.1091	8.2686	-9.9168	4.3294
6	1.5916	1.6983	0.1798	6.9654	0.4513	2.3351	0.1103	0.2216	-0.2312	-0.4634	-0.0183	-0.1776	0.2951	0.3211	-0.092	0.1503	0.1071	0.013	0.1041	-0.0363	0.1571	5.7294	-48.1477	-38.9945
7	1.8649	-0.6414	0.3561	1.3074	-0.3036	1.2857	0.0381	-0.0366	-0.0246	0.0633	-0.0139	-0.0599	-0.0102	0.0511	-0.0241	0.0852	0.0041	0.0134	0.0313	-0.0063	0.029	-5.8614	-28.441	-27.879
8	3.5118	-0.0912	-0.1254	2.556	-0.3056	1.7946	0.1231	0.2878	-0.3706	-0.3184	-0.0933	0.1782	0.2358	-0.0102	-0.0298	0.1395	0.03	-0.0526	0.0322	-0.0502	0.0883	-9.9076	-38.272	-38.278
9	8.051	6.0761	4.4323	6.2577	3.35	4.1776	0.1112	0.1928	-0.4989	-0.2248	0.0076	-0.443	0.103	0.3315	-0.1187	0.0997	0.0646	-0.0011	0.0774	-0.019	0.1249	3.1214	-38.1145	-36.6166
10	4.0159	1.1168	1.2504	4.6344	0.1726	2.2382	0.0142	0.6067	-0.204	-0.7189	-0.0226	-0.3485	0.0103	0.5497	0.0084	0.212	0.0847	0.063	0.2102	-0.0242	0.118	5.3804	-38.1201	-43.0016
11	5.0783	2.0105	0.0167	4.4656	-0.7254	2.6553	0.1325	0.4306	1.262	0.1033	0.1861	0.6214	-0.2967	-0.4044	-0.3186	0.1798	0.1758	0.1252	0.2068	0.2321	0.4923	-46.4374	7.3607	-36.3533
12	2.588	-0.8717	-1.0572	1.3163	0.2347	1.3446	0.1238	0.2738	0.0515	-0.0546	-0.0528	0.0842	-0.0361	-0.1918	-0.0709	0.0707	0.0229	0.0131	0.0852	0.0297	0.0237	-34.3216	-15.7934	-31.0522
13	4.087	0.5316	2.9279	6.5396	4.7788	9.6338	-0.0121	-0.1611	-0.6552	-0.3851	-0.083	0.3387	0.149	-0.2295	0.0951	0.1078	-0.0014	0.0005	0.0384	0.0061	0.1538	-47.5105	-22.2131	-27.6211
14	2.3793	0.8881	-0.9584	1.7148	-0.4268	1.9874	0.1092	0.5177	0.5434	-0.1133	0.1673	0.1615	-0.2003	-0.3231	-0.2765	0.1273	0.0926	0.0559	0.1551	0.1337	0.1403	-39.0187	-3.8782	-35.365
15	2.4593	3.9168	-4.4351	6.487	-7.1079	8.013	-0.0591	0.1394	0.3726	0.0323	0.6864	0.6648	0.0862	-0.3064	-0.6273	0.3767	0.1865	-0.0214	0.8668	0.3042	0.4767	-37.2865	8.2387	-47.4114
16	2.8446	0.0952	0.3282	6.4864	-0.6692	4.5075	-0.0555	0.2128	0.0897	-0.0656	-0.2415	0.1501	0.5259	-0.5731	0.297	0.1405	-0.1634	0.0838	0.2155	-0.1139	0.1751	-14.7988	-65.8811	-9.8695
17	3.3876	1.6596	-0.3778	2.7677	0.5945	1.906	0.062	-0.139	-0.4414	0.5731	-0.1824	-0.4258	0.2458	-0.0541	0.1204	0.2034	-0.0424	-0.0444	0.0155	0.0317	0.1274	5.3053	-54.8149	2.4762
18	1.1375	0.0583	0.372	2.1596	1.262	3.5353	-0.0015	0.0044	-0.1266	0.4012	-0.2502	-0.0019	0.2859	-0.3125	0.2517	0.1379	-0.0768	0.0324	0.0513	-0.0302	0.0558	-3.0718	-53.5883	0.9768
19	0.9276	-1.206	1.5928	2.5009	-1.963	5.5756	0.0939	-0.008	-0.2246	0.0904	-0.1442	0.1492	0.7847	-0.434	0.0503	0.2892	-0.1595	0.0884	0.0984	-0.0527	0.1775	-5.6772	-66.8576	-2.9308
20	0.836	-0.851	-2.1036	1.8253	1.2674	7.7498	-0.0283	0.1316	0.0431	0.1826	-0.2305	0.1079	0.3839	-0.3888	0.2587	0.2228	-0.0793	0.0887	0.1283	-0.0777	0.249	-6.7663	-67.9564	-20.0881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	72 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 193
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	194 - 277
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	278 - 287
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	41 - 70
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	71 - 192
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	193 - 235
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	236 - 255
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	256 - 288
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	41 - 73
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	74 - 158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	159 - 172
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	173 - 274
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	275 - 294
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	41 - 68
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	69 - 138
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	139 - 234
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	235 - 276
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	277 - 294

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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