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Yorodumi- PDB-6wxm: X-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide derive... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6wxm | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | X-ray crystallographic structure of a beta-hairpin peptide derived from amyloid beta 16-36 | ||||||
Components | Amyloid-beta protein | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / oligomer / alzheimer's | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationamyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity ...amyloid-beta complex / growth cone lamellipodium / cellular response to norepinephrine stimulus / growth cone filopodium / microglia development / collateral sprouting in absence of injury / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / axo-dendritic transport / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of synapse structure or activity / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / growth factor receptor binding / peptidase activator activity / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / positive regulation of amyloid fibril formation / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / Lysosome Vesicle Biogenesis / astrocyte projection / neuron remodeling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / nuclear envelope lumen / dendrite development / positive regulation of protein metabolic process / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / signaling receptor activator activity / negative regulation of long-term synaptic potentiation / modulation of excitatory postsynaptic potential / The NLRP3 inflammasome / main axon / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / regulation of multicellular organism growth / ECM proteoglycans / regulation of presynapse assembly / positive regulation of T cell migration / neuronal dense core vesicle / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of chemokine production / cellular response to manganese ion / Notch signaling pathway / clathrin-coated pit / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / Mitochondrial protein degradation / astrocyte activation / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of mitotic cell cycle / axonogenesis / protein serine/threonine kinase binding / response to interleukin-1 / platelet alpha granule lumen / cellular response to copper ion / cellular response to cAMP / positive regulation of glycolytic process / central nervous system development / endosome lumen / positive regulation of interleukin-1 beta production / dendritic shaft / trans-Golgi network membrane / positive regulation of long-term synaptic potentiation / adult locomotory behavior / learning / positive regulation of JNK cascade / Post-translational protein phosphorylation / locomotory behavior / serine-type endopeptidase inhibitor activity / microglial cell activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / cellular response to nerve growth factor stimulus / recycling endosome / synapse organization / visual learning / response to lead ion / positive regulation of interleukin-6 production / Golgi lumen / cognition / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / endocytosis / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / Platelet degranulation / heparin binding / regulation of translation / regulation of gene expression / early endosome membrane / G alpha (i) signalling events / perikaryon / G alpha (q) signalling events / dendritic spine Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Kreutzer, A.G. / Nowick, J.S. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Acs Chem Neurosci / Year: 2020Title: X-ray Crystallography Reveals Parallel and Antiparallel beta-Sheet Dimers of a beta-Hairpin Derived from A beta16-36that Assemble to Form Different Tetramers. Authors: Kreutzer, A.G. / Samdin, T.D. / Guaglianone, G. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6wxm.cif.gz | 188.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6wxm.ent.gz | 134.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6wxm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6wxm_validation.pdf.gz | 540.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6wxm_full_validation.pdf.gz | 552.8 KB | Display | |
| Data in XML | 6wxm_validation.xml.gz | 14.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6wxm_validation.cif.gz | 19 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/6wxm | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein/peptide | Mass: 2486.754 Da / Num. of mol.: 11 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: P05067#2: Chemical | ChemComp-HEZ / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.89 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 0.1 M CoCl2, 1.1 M 1,6-hexanediol PH range: 4.5-6.0 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 113.15 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54 Å |
| Detector | Type: RIGAKU SATURN 92 / Detector: CCD / Date: Jun 2, 2015 |
| Radiation | Monochromator: Cu anode / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→36.28 Å / Num. obs: 27084 / % possible obs: 98.46 % / Redundancy: 16.1 % / Biso Wilson estimate: 32.34 Å2 / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.07937 / Rpim(I) all: 0.07937 / Rrim(I) all: 0.1122 / Net I/σ(I): 15.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.382 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4408 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / Num. unique obs: 2540 / CC1/2: 0.357 / CC star: 0.726 / Rpim(I) all: 0.4408 / Rrim(I) all: 0.6233 / % possible all: 87.34 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→36.28 Å / SU ML: 0.2832 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 20.6638 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 66.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→36.28 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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