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- PDB-6fxi: Human PARP10 (ARTD10), catalytic fragment in complex with 3-amino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fxi
タイトルHuman PARP10 (ARTD10), catalytic fragment in complex with 3-aminobenzamide and citrate
要素Poly [ADP-ribose] polymerase 10
キーワードTRANSFERASE / Transferase domain / ADP-ribosylation / PARP inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K63-linked ubiquitination / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / : / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein auto-ADP-ribosylation / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation ...negative regulation of protein K63-linked ubiquitination / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / : / Maturation of nucleoprotein / Maturation of nucleoprotein / protein auto-ADP-ribosylation / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / NAD+-protein-aspartate ADP-ribosyltransferase activity / protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein-glutamate ADP-ribosyltransferase activity / NAD+-protein mono-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / translesion synthesis / negative regulation of fibroblast proliferation / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / viral protein processing / negative regulation of gene expression / nucleolus / Golgi apparatus / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PARP-10, RNA recognition motif 1 and 2 / PARP14, third RRM domain / : / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 - #10 / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase; domain 3 / Poly(ADP-ribose) polymerase catalytic domain / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile. / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-aminobenzamide / CITRIC ACID / Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Karlberg, T. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human PARP10 (ARTD10), catalytic fragment in complex with 3-aminobenzamide and citrate
著者: Karlberg, T. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
履歴
登録2018年3月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 10
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0067
ポリマ－43,2572
非ポリマー7495
水81145
1
A: Poly [ADP-ribose] polymerase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0494
ポリマ－21,6291
非ポリマー4203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Poly [ADP-ribose] polymerase 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9573
ポリマ－21,6291
非ポリマー3282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.600, 86.600, 57.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Poly [ADP-ribose] polymerase 10 / PARP-10 / ADP-ribosyltransferase diphtheria toxin-like 10 / ARTD10


分子量: 21628.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARP10 / プラスミド: pNIC-Bsa28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53GL7, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-3AB / 3-aminobenzamide / 3-アミノベンズアミド


分子量: 136.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2O
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 16% PEG3350, 0.1 M Citrate-Bis-Tris-Propane, 3 mM 3-aminobenzamide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.85 Å / Num. obs: 15114 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 50.17 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Rrim(I) all: 0.242 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.71 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Num. unique obs: 1747 / CC1/2: 0.864 / Rrim(I) all: 0.797 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LX6

5lx6


解像度: 2.6→49.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU R Cruickshank DPI: 0.593 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.541 / SU Rfree Blow DPI: 0.28 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.289
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 756 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 15113 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4714 Å20 Å2-10.3916 Å2
2--9.1798 Å20 Å2
3----15.6512 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→49.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3022 0 52 45 3119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013141HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.124261HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1435SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes6HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes549HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3141HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion383SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3400SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.78 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2826 135 5.01 %
Rwork0.2488 2559 -
all0.2505 2694 -
obs--98.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.21192.33930.24463.8474-0.04731.0524-0.11350.0179-0.369-0.16010.0256-0.58620.06910.08230.0878-0.12510.01720.0424-0.14370.00210.051-9.041521.311569.4993
22.43982.03150.0673.58830.52991.0308-0.23150.10060.2242-0.37150.18340.0694-0.1905-0.02460.0481-0.0683-0.0091-0.0334-0.1269-0.0061-0.0346-10.850451.651971.7283
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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