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万見
- PDB-6wxk: PHF23 PHD Domain Apo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wxk
タイトルPHF23 PHD Domain Apo
要素PHD finger protein 23
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / PHF23 / PHD finger / histone / chromatin / NUP98 fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of autophagosome maturation / negative regulation of autophagosome assembly / positive regulation of protein ubiquitination / autophagy / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PHD-finger / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHD finger protein 23
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Vann, K.R. / Zhang, J. / Zhang, Y. / Kutateladze, T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mechanistic insights into chromatin targeting by leukemic NUP98-PHF23 fusion.
著者: Zhang, Y. / Guo, Y. / Gough, S.M. / Zhang, J. / Vann, K.R. / Li, K. / Cai, L. / Shi, X. / Aplan, P.D. / Wang, G.G. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2020年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHD finger protein 23
B: PHD finger protein 23
C: PHD finger protein 23
D: PHD finger protein 23
E: PHD finger protein 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,62115
ポリマ－34,9675
非ポリマー65410
水00
1
A: PHD finger protein 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1243
ポリマ－6,9931
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PHD finger protein 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1243
ポリマ－6,9931
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PHD finger protein 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1243
ポリマ－6,9931
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PHD finger protein 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1243
ポリマ－6,9931
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: PHD finger protein 23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1243
ポリマ－6,9931
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.916, 66.916, 151.048
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質
PHD finger protein 23 / PDH-containing protein JUNE-1


分子量: 6993.341 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PHF23 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BUL5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.65 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.65 and 25% tert-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 8025 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 763 / Rpim(I) all: 0.32 / Rsym value: 0.49 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.16精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O70

3o70


解像度: 2.9→40.23 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2938 -10 %
Rwork0.2415 --
obs-7604 93.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 58.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1953 0 10 0 1963
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00682004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99872695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552291
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065329
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.80391210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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