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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ww2 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human Frizzled5 by fiducial-assisted cryo-EM | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Wnt pathway / Frizzled (Frizzled) / Developmental biology (発生生物学) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / cellular response to molecule of bacterial origin / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / glandular epithelial cell maturation / Signaling by RNF43 mutants / post-embryonic camera-type eye development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 ...regulation of chorionic trophoblast cell proliferation / Spemann organizer formation / cellular response to molecule of bacterial origin / syncytiotrophoblast cell differentiation involved in labyrinthine layer development / chorionic trophoblast cell differentiation / embryonic camera-type eye morphogenesis / glandular epithelial cell maturation / Signaling by RNF43 mutants / post-embryonic camera-type eye development / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / apoptotic process involved in morphogenesis / anterior/posterior axis specification, embryo / embryonic axis specification / Wnt receptor activity / regulation of mitophagy / non-canonical Wnt signaling pathway / intestinal epithelial cell maturation / Wnt-protein binding / branching involved in labyrinthine layer morphogenesis / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of bicellular tight junction assembly / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / labyrinthine layer blood vessel development / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / canonical Wnt signaling pathway / bicellular tight junction / synapse assembly / Regulation of FZD by ubiquitination / positive regulation of interleukin-1 beta production / Asymmetric localization of PCP proteins / G protein-coupled receptor activity / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / neuron differentiation / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / Ca2+ pathway / T cell differentiation in thymus / amyloid-beta binding / perikaryon / early endosome membrane / 血管新生 / electron transfer activity / ペリプラズム / iron ion binding / 神経繊維 / negative regulation of cell population proliferation / ゴルジ体 / 樹状突起 / シナプス / lipid binding / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tsutsumi, N. / Jude, K.M. / Gati, C. / Garcia, K.C. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structure of human Frizzled5 by fiducial-assisted cryo-EM supports a heterodimeric mechanism of canonical Wnt signaling. 著者: Naotaka Tsutsumi / Somnath Mukherjee / Deepa Waghray / Claudia Y Janda / Kevin M Jude / Yi Miao / John S Burg / Nanda Gowtham Aduri / Anthony A Kossiakoff / Cornelius Gati / K Christopher Garcia / 要旨: Frizzleds (Fzd) are the primary receptors for Wnt morphogens, which are essential regulators of stem cell biology, yet the structural basis of Wnt signaling through Fzd remains poorly understood. ...Frizzleds (Fzd) are the primary receptors for Wnt morphogens, which are essential regulators of stem cell biology, yet the structural basis of Wnt signaling through Fzd remains poorly understood. Here we report the structure of an unliganded human Fzd5 determined by single-particle cryo-EM at 3.7 Å resolution, with the aid of an antibody chaperone acting as a fiducial marker. We also analyzed the topology of low-resolution XWnt8/Fzd5 complex particles, which revealed extreme flexibility between the Wnt/Fzd-CRD and the Fzd-TM regions. Analysis of Wnt/β-catenin signaling in response to Wnt3a versus a 'surrogate agonist' that cross-links Fzd to LRP6, revealed identical structure-activity relationships. Thus, canonical Wnt/β-catenin signaling appears to be principally reliant on ligand-induced Fzd/LRP6 heterodimerization, versus the allosteric mechanisms seen in structurally analogous class A G protein-coupled receptors, and Smoothened. These findings deepen our mechanistic understanding of Wnt signal transduction, and have implications for harnessing Wnt agonism in regenerative medicine. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ww2.cif.gz | 184.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ww2.ent.gz | 145.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ww2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/6ww2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/6ww2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 21927MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10507 (タイトル: Structure of human Frizzled5 by fiducial-assisted cryo-EM Data size: 6.0 TB Data #1: Unaligned dark-subtracted TIFF movies with a gain reference for the 3D reconstruction of EMD-21927. [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24321.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 抗体 | 分子量: 13390.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 抗体 | 分子量: 23353.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: タンパク質 | 分子量: 74754.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: FZD5, C2orf31, cybC / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13467, UniProt: P0ABE7 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.1 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: Membrane | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
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天然宿主 |
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緩衝液 | pH: 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 281 K / 詳細: 5s blotting |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 81000 X / 倍率(補正後): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 0.1225 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10898 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3922: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6483398 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 207021 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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