PDB-6ww0: Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 with 3-keto-5alpha-abira...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ww0

タイトル

Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 with 3-keto-5alpha-abiraterone analog

要素

Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / P450 / 17A1

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.01 Å

データ登録者

Petrunak, E.M. / Bart, A.G. / Scott, E.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Human cytochrome P450 17A1 structures with metabolites of prostate cancer drug abiraterone reveal substrate-binding plasticity and a second binding site.
著者: Petrunak, E.M. / Bart, A.G. / Peng, H.M. / Auchus, R.J. / Scott, E.E.

履歴

登録	2020年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ww0.cif.gz	786.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ww0.ent.gz	609.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ww0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ww0_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ww0_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	6ww0_validation.xml.gz	77.1 KB	表示
CIF形式データ	6ww0_validation.cif.gz	108.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/6ww0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/6ww0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5uysC 6wr0C 6wr1C 5irqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5irq-1 6wr0-2 4nkx-2 4nky-2 5uys-2 3swz-2 4nkz-2 3ruk-1 4nky-1 6cir-2 5irq-2 6cir-1 4nkw-1 5irv-1 4nkv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.722, 151.182, 169.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 31 through 273 or resid 285 through 503 or resid 600 through 601))	A	31 - 273
1	2	1	(chain 'A' and (resid 31 through 273 or resid 285 through 503 or resid 600 through 601))	A	285 - 503
1	3	1	(chain 'A' and (resid 31 through 273 or resid 285 through 503 or resid 600 through 601))	A	600 - 601
2	4	1	(chain 'B' and (resid 31 through 503 or resid 600 through 601))	B	31 - 273
2	5	1	(chain 'B' and (resid 31 through 503 or resid 600 through 601))	B	285 - 503
2	6	1	(chain 'B' and (resid 31 through 503 or resid 600 through 601))	B	600 - 601
3	7	1	(chain 'C' and (resid 31 through 273 or resid 285 through 503 or resid 600 through 601))	C	31 - 273
3	8	1	(chain 'C' and (resid 31 through 273 or resid 285 through 503 or resid 600 through 601))	C	285 - 503
3	9	1	(chain 'C' and (resid 31 through 273 or resid 285 through 503 or resid 600 through 601))	C	600 - 601
4	10	1	(chain 'D' and (resid 31 through 273 or resid 285 through 503 or resid 600 through 601))	D	31 - 273
4	11	1	(chain 'D' and (resid 31 through 273 or resid 285 through 503 or resid 600 through 601))	D	285 - 503
4	12	1	(chain 'D' and (resid 31 through 273 or resid 285 through 503 or resid 600 through 601))	D	600 - 601

#1: タンパク質	Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase 分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17A1, CYP17, S17AH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P05093, steroid 17alpha-monooxygenase, 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-UDJ / (5alpha,8alpha)-17-(pyridin-3-yl)androst-16-en-3-one / 17-(3-ピリジル)-5α-アンドロスタ-16-エン-3-オン分子量: 349.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₁NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 967 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 175 mM Tris HCl (pH = 8.5), 30% PEG 3350, 300 mM LiSO4, 3% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979531 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979531 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→38.68 Å / Num. obs: 146679 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 28.12 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_pim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 9.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 20040 / CC_1/2: 0.486 / R_pim(I) all: 0.717 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IRQ

5irq

解像度: 2.01→38.68 Å / SU ML: 0.2038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.7419
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2184	7240	5.01 %
R_work	0.1854	137318	-
obs	0.1871	144558	98.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.01→38.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14879	0	278	967	16124

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	15521
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3465	21093
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0707	2370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0098	2655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.8178	5759

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.01-2.03	0.3412	131	0.2997	2691	X-RAY DIFFRACTION	58.41
2.03-2.06	0.3136	236	0.2908	4582	X-RAY DIFFRACTION	99.24
2.06-2.08	0.4317	224	0.3629	4551	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.08-2.11	0.2743	225	0.2357	4618	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.11-2.13	0.264	243	0.2209	4622	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.13-2.16	0.261	239	0.2135	4612	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.16-2.19	0.2456	253	0.2103	4579	X-RAY DIFFRACTION	98.96
2.19-2.23	0.2835	265	0.2165	4565	X-RAY DIFFRACTION	98.93
2.23-2.26	0.3374	211	0.2655	4533	X-RAY DIFFRACTION	97.21
2.26-2.3	0.2596	232	0.2035	4614	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.3-2.34	0.245	251	0.1966	4529	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.34-2.38	0.1973	266	0.1894	4639	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.38-2.43	0.2334	260	0.1901	4576	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.43-2.48	0.2595	284	0.1796	4606	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.48-2.53	0.2181	238	0.1786	4642	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.53-2.59	0.2248	203	0.1776	4677	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.59-2.65	0.2491	243	0.191	4613	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.65-2.73	0.2416	243	0.2039	4636	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.73-2.81	0.2203	249	0.1835	4661	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.81-2.9	0.228	247	0.1854	4651	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.9-3	0.2701	241	0.1955	4634	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3-3.12	0.2415	239	0.1798	4635	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.12-3.26	0.2054	259	0.1696	4668	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.26-3.43	0.211	230	0.1792	4694	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.43-3.65	0.1943	241	0.1683	4681	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.65-3.93	0.1748	251	0.1578	4711	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.93-4.33	0.1685	249	0.149	4729	X-RAY DIFFRACTION	99.76
4.33-4.95	0.1625	272	0.1424	4651	X-RAY DIFFRACTION	98.84
4.95-6.23	0.2118	262	0.1795	4798	X-RAY DIFFRACTION	99.94
6.23-38.68	0.1902	253	0.1906	4920	X-RAY DIFFRACTION	98.57

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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