PDB-4nky: Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 mutant A105L with substr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nky

タイトル

Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 mutant A105L with substrate 17alpha-hydroxyprogesterone

要素

Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LYASE / heme protein / monooxygenase / steroid 17alpha-hydroxylase / steroid C17 / 20 lyase / NADPH-cytochrome P450 reductase / cytochrome b5 / endoplasmic reticulum membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Scott, E.E. / Petrunak, E.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structures of Human Steroidogenic Cytochrome P450 17A1 with Substrates.
著者: Petrunak, E.M. / DeVore, N.M. / Porubsky, P.R. / Scott, E.E.

履歴

登録	2013年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月3日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nky.cif.gz	703.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nky.ent.gz	594.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nky_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nky_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	4nky_validation.xml.gz	66.6 KB	表示
CIF形式データ	4nky_validation.cif.gz	87.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nky	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nkvC 4nkwC 4nkxC 4nkzC 3swzS 3ruk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nkw-2 3swz-2 6cir-2 5uys-2 4nkx-2 6wr0-1 4nkz-2 4nkz-1 4nkw-1 6cir-1 5irq-1 6wr0-2 5irv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.285, 151.778, 168.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase 分子量: 55782.223 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-508 / 変異: A105L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17, CYP17A1, S17AH / プラスミド: pCWori17A1delta19H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P05093, EC: 1.14.99.9, EC: 4.1.2.30
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-3QZ / (9beta)-17-hydroxypregn-4-ene-3,20-dione 分子量: 330.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 175 mM Tris-HCl, 250 mM lithium sulfate, 30% PEG3350, 3% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月22日 / 詳細: Rh coated mirror, K-B focusing mirror
放射	モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→39.153 Å / Num. obs: 76008 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.7 %
反射シェル	解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 6.7 % / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SWZ

3swz

解像度: 2.55→39.153 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2441	3806	5.02 %
R_work	0.1782	-	-
obs	0.1816	75825	98.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→39.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14832	0	268	161	15261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15459
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.226	21015
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.344	5752
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	2367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2646

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5502-2.5824	0.3203	110	0.2618	2232	X-RAY DIFFRACTION	83
2.5824-2.6164	0.3217	158	0.2608	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6164-2.6523	0.3011	150	0.2506	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6523-2.6901	0.3293	112	0.2516	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6901-2.7303	0.336	133	0.2466	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7303-2.7729	0.3272	136	0.2419	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7729-2.8184	0.3227	164	0.2417	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8184-2.867	0.2939	130	0.2317	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.867-2.9191	0.3327	149	0.2182	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9191-2.9752	0.3119	144	0.2217	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9752-3.0359	0.2916	157	0.2224	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0359-3.1019	0.3402	128	0.2105	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1019-3.174	0.2739	153	0.2038	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.174-3.2534	0.2944	130	0.1927	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2534-3.3413	0.2352	121	0.1934	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3413-3.4396	0.284	135	0.1902	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4396-3.5505	0.2906	162	0.1941	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5505-3.6773	0.2593	132	0.1761	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6773-3.8244	0.2612	143	0.1625	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8244-3.9983	0.2138	151	0.1503	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9983-4.2089	0.1824	110	0.146	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2089-4.4722	0.2014	142	0.1489	2675	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4722-4.817	0.1798	129	0.141	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
4.817-5.3007	0.2205	147	0.1462	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3007-6.0652	0.2449	167	0.1779	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0652-7.6323	0.228	153	0.1852	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
7.6323-39.1575	0.1813	160	0.1466	2842	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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