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- PDB-4nkv: Human steroidogenic cytochrome P450 17A1 mutant A105L with inhibi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nkv
タイトルHuman steroidogenic cytochrome P450 17A1 mutant A105L with inhibitor abiraterone
要素Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
キーワードOXIDOREDUCTASE / LYASE/INHIBITOR / heme protein / monooxygenase / steroid 17alpha-hydroxylase / steroid C17 / 20 lyase / NADPH-cytochrome P450 reductase / cytochrome b5 / endoplasmic reticulum membrane / LYASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process ...Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / : / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation / progesterone metabolic process / steroid biosynthetic process / steroid metabolic process / oxygen binding / iron ion binding / axon / neuronal cell body / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Abiraterone / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.646 Å
データ登録者Scott, E.E. / Petrunak, E.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structures of Human Steroidogenic Cytochrome P450 17A1 with Substrates.
著者: Petrunak, E.M. / DeVore, N.M. / Porubsky, P.R. / Scott, E.E.
履歴
登録2013年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,99312
ポリマ－223,1294
非ポリマー3,8648
水2,504139
1
A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7483
ポリマ－55,7821
非ポリマー9662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7483
ポリマ－55,7821
非ポリマー9662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7483
ポリマ－55,7821
非ポリマー9662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7483
ポリマ－55,7821
非ポリマー9662
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.670, 153.251, 167.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase


分子量: 55782.223 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-508 / 変異: A105L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17, CYP17A1, CYPc17, S17AH / プラスミド: pCWori17A1delta19H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P05093, EC: 1.14.99.9, EC: 4.1.2.30
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-AER / Abiraterone / (3S,8R,9S,10R,13S,14S)-10,13-dimethyl-17-pyridin-3-yl-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15-decahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthren-3-ol / アビラテロン


分子量: 349.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31NO / コメント: 薬剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris-HCl, 150 mM magnesium chloride hexahydrate, 25% PEG4000, 6% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日 / 詳細: Rh coated mirror, K-B focusing mirror
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.646→39.31 Å / Num. obs: 68380 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 %
反射 シェル解像度: 2.646→2.79 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique all: 9523 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SWZ

3swz


解像度: 2.646→38.592 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 3462 5.08 %RANDOM
Rwork0.1907 ---
obs0.1934 68166 99.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.646→38.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14913 0 276 139 15328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01115554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1721139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3695827
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052668
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.646-2.68220.4105980.38092123222182
2.6822-2.72060.3871420.323725582700100
2.7206-2.76110.39351390.297525662705100
2.7611-2.80430.34771430.268625782721100
2.8043-2.85020.31731390.25262565270499
2.8502-2.89940.32441330.231625802713100
2.8994-2.95210.29711420.233925802722100
2.9521-3.00880.30571370.229125822719100
3.0088-3.07020.27931480.236725942742100
3.0702-3.1370.28141530.235325652718100
3.137-3.20990.3131400.24452559269999
3.2099-3.29010.35551430.230326042747100
3.2901-3.3790.35291210.215125912712100
3.379-3.47840.25851400.205626182758100
3.4784-3.59060.25631470.198725812728100
3.5906-3.71880.2611380.193226022740100
3.7188-3.86760.24781640.180525682732100
3.8676-4.04340.20361370.172926252762100
4.0434-4.25640.22381130.16972617273099
4.2564-4.52270.21971220.163526642786100
4.5227-4.87120.20721420.151626132755100
4.8712-5.36030.19451440.162826282772100
5.3603-6.13330.24111320.1926982830100
6.1333-7.71710.21531440.17692672281699
7.7171-38.59640.16561610.15122773293499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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