PDB-5irq: Human cytochrome P450 17A1 bound to inhibitors (R)- and (S)- orteronel

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5irq

タイトル

Human cytochrome P450 17A1 bound to inhibitors (R)- and (S)- orteronel

要素

Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / LYASE/INHIBITOR / Inhibitor complex / LYASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Defective CYP17A1 causes AH5 / steroid 17alpha-monooxygenase / 17alpha-hydroxyprogesterone deacetylase / steroid 17-alpha-monooxygenase activity / glucocorticoid biosynthetic process / Androgen biosynthesis / hormone biosynthetic process / Glucocorticoid biosynthesis / androgen biosynthetic process / sex differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Scott, E.E. / Petrunak, E.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Drug Metab. Dispos. / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Evaluation of Clinically Relevant Inhibitors of Steroidogenic Cytochrome P450 17A1.
著者: Petrunak, E.M. / Rogers, S.A. / Aube, J. / Scott, E.E.

履歴

登録	2016年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5irq.cif.gz	718.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5irq.ent.gz	603.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5irq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5irq_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5irq_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	5irq_validation.xml.gz	70.5 KB	表示
CIF形式データ	5irq_validation.cif.gz	95.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5irq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/5irq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5irvC 3swzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6wr0-2 5uys-1 5irv-1 5irv-2 3ruk-2 4nkx-2 6cir-1 4nkx-1 3ruk-1 4nkz-2 6wr0-1 4nky-1 4nky-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

227 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.168, 153.204, 168.119
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Steroid 17-alpha-hydroxylase/17,20 lyase / 17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / ...17-alpha-hydroxyprogesterone aldolase / CYPXVII / Cytochrome P450 17A1 / Cytochrome P450-C17 / Cytochrome P450c17 / Steroid 17-alpha-monooxygenase 分子量: 55740.141 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYP17A1, CYP17, S17AH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P05093, steroid 17alpha-monooxygenase, EC: 4.1.2.30
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-6D7 / (R)-orteronel / 6-[(7R)-7-hydroxy-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[1,2-c]imidazol-7-yl]-N-methylnaphthalene-2-carboxamide 分子量: 307.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇N₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-7D6 / (S)-orteronel / 6-[(7S)-7-hydroxy-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[1,2-c]imidazol-7-yl]-N-methylnaphthalene-2-carboxamide 分子量: 307.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₇N₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 175 mM Tris-HCl, pH 8.0, 30% w/v PEG3350, 200 mM lithium sulfate, 12% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月11日
放射	モノクロメーター: Side-scattering I-beam bent single crystal, asymmetric cut 4.9650 degrees プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.202→39.285 Å / Num. obs: 118120 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 37.19 Å² / R_sym value: 0.134 / Net I/av σ(I): 5.511 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.202→2.32 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10pre_2124: ???)	精密化
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3SWZ

3swz

解像度: 2.202→39.285 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2486	5913	5.01 %	5
R_work	0.2013	-	-	-
obs	0.2037	117964	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→39.285 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14901	0	264	525	15690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	15531
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.618	21095
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.466	9291
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	2352
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2670

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2024-2.2275	0.3356	208	0.3083	3504	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2275-2.2537	0.3135	191	0.2921	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2537-2.2812	0.3094	194	0.28	3663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2812-2.31	0.3465	215	0.2746	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.3404	0.2877	187	0.2628	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3404-2.3725	0.3014	221	0.2636	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3725-2.4064	0.3118	194	0.2606	3676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4064-2.4423	0.2997	189	0.252	3744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4423-2.4804	0.3154	216	0.2532	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4804-2.5211	0.3099	195	0.2445	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5211-2.5646	0.3125	195	0.243	3666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5646-2.6112	0.2798	205	0.2383	3710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6112-2.6614	0.2801	196	0.2363	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6614-2.7157	0.3112	184	0.2363	3728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7157-2.7747	0.3267	196	0.2369	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7747-2.8393	0.269	190	0.2232	3734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8393-2.9103	0.2685	190	0.2163	3739	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9103-2.9889	0.2707	195	0.2173	3708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9889-3.0768	0.28	218	0.2225	3713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0768-3.1761	0.2645	193	0.2197	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1761-3.2896	0.275	204	0.2223	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2896-3.4212	0.2657	183	0.2107	3751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4212-3.5768	0.2415	199	0.1943	3763	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5768-3.7652	0.1987	176	0.1942	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7652-4.0009	0.2297	188	0.1725	3755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0009-4.3095	0.2002	213	0.1626	3784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3095-4.7425	0.1979	182	0.1512	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7425-5.4272	0.2124	194	0.1584	3802	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4272-6.8319	0.2419	193	0.1962	3868	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8319-39.291	0.188	209	0.1593	4005	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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