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- PDB-6wvs: Hyperstable de novo TIM barrel variant DeNovoTIM15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wvs
タイトルHyperstable de novo TIM barrel variant DeNovoTIM15
要素DeNovoTIM15 hyperstable de novo TIM barrel
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / TIM barrel (TIMバレル) / hyperstable / symmetric (対称性) / de novo (De novo) / repeat protein
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Bick, M.J. / Haydon, I.C. / Caldwell, S.J. / Zeymer, C. / Huang, P. / Fernandez-Velasco, D.A. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)HDTRA1-19-1-0003 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Tight and specific lanthanide binding in a de novo TIM barrel with a large internal cavity designed by symmetric domain fusion.
著者: Caldwell, S.J. / Haydon, I.C. / Piperidou, N. / Huang, P.S. / Bick, M.J. / Sjostrom, H.S. / Hilvert, D. / Baker, D. / Zeymer, C.
履歴
登録2020年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity / struct
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.pdbx_description / _struct.title
改定 1.22020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DeNovoTIM15 hyperstable de novo TIM barrel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8241
ポリマ－21,8241
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.199, 53.199, 64.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 DeNovoTIM15 hyperstable de novo TIM barrel


分子量: 21824.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 10% w/v PEG 20 000, 20% v/v PEG MME 550, 0.02 M each of each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2-propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol, 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.202→37.44 Å / Num. obs: 10232 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.2038 / Rpim(I) all: 0.07193 / Rrim(I) all: 0.2163 / Net I/σ(I): 8.32
反射 シェル解像度: 2.202→2.281 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 2.759 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 7829 / CC1/2: 0.558 / CC star: 0.846 / Rpim(I) all: 1.015 / Rrim(I) all: 2.943 / % possible all: 97.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18rc2_3793精密化
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Rosetta design model of protein

解像度: 2.202→37.44 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.686
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2046 982 9.61 %
Rwork0.192 9238 -
obs0.2025 10220 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.202→37.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1291 0 0 19 1310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00271296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50941764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7919189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.320.57341460.51561286X-RAY DIFFRACTION88.08
2.32-2.460.26451330.3011307X-RAY DIFFRACTION90.58
2.46-2.650.28151410.28281346X-RAY DIFFRACTION90.4
2.66-2.920.26811460.26591303X-RAY DIFFRACTION89.86
2.92-3.340.20351490.21931329X-RAY DIFFRACTION89.86
3.34-4.210.19351410.16441328X-RAY DIFFRACTION90.4
4.21-37.440.17371260.15111339X-RAY DIFFRACTION90.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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