+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wve | |||||||||||||||||||||
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Title | Chicken SPCS1 | |||||||||||||||||||||
Components | Green fluorescent protein,Chicken Signal Peptidase Complex Subunit 1,Green fluorescent protein | |||||||||||||||||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Signal Peptidase Complex Subunit 1(SPCS1) | |||||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information signal peptidase complex / : / signal peptide processing / protein targeting to ER / virion assembly / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / ribosome binding / viral protein processing Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
Biological species | Aequorea victoria (jellyfish) Gallus gallus (chicken) | |||||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.429 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Liu, S. / Li, W. | |||||||||||||||||||||
Funding support | United States, 6items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2020 Title: Termini restraining of small membrane proteins enables structure determination at near-atomic resolution. Authors: Liu, S. / Li, S. / Yang, Y. / Li, W. | |||||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wve.cif.gz | 138.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wve.ent.gz | 105.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wve.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wve_validation.pdf.gz | 435.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6wve_full_validation.pdf.gz | 439.8 KB | Display | |
Data in XML | 6wve_validation.xml.gz | 14.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6wve_validation.cif.gz | 18.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wve ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/6wve | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wvdC 6wvfC 2b3pS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35606.410 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aequorea victoria (jellyfish), (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) Gene: GFP, SPCS1 / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: P42212, UniProt: E1BX11 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.53 Å3/Da / Density % sol: 65.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6 Details: 25% PEG 400, 100 mM ammonium acetate, 0.1 M MES pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9791 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jul 15, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9791 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.429→50 Å / Num. obs: 18471 / % possible obs: 98 % / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.143 / Χ2: 1.134 / Net I/σ(I): 9.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2B3P Resolution: 2.429→49.024 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.29 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 126.27 Å2 / Biso mean: 48.3334 Å2 / Biso min: 7.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.429→49.024 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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