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- PDB-6wv3: Human VKOR with warfarin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wv3
タイトルHuman VKOR with warfarin
要素Vitamin K epoxide reductase, termini restrained by green fluorescent protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLUORESCENT PROTEIN / Vitamin K epoxide Reductase (VKOR) / Vitamin K / warfarin / superwarfarin / vitamin K expoxide(KO) / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-glutamic acid carboxylation / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-insensitive) activity / Metabolism of vitamin K / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) activity / vitamin K metabolic process / positive regulation of coagulation / quinone binding / xenobiotic metabolic process / bioluminescence ...peptidyl-glutamic acid carboxylation / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-insensitive) activity / Metabolism of vitamin K / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) / vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) activity / vitamin K metabolic process / positive regulation of coagulation / quinone binding / xenobiotic metabolic process / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / bone development / blood coagulation / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 / VKOR domain / Vitamin K epoxide reductase / VKOR domain superfamily / Vitamin K epoxide reductase family / VKc / de novo design (two linked rop proteins) / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein ...Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 / VKOR domain / Vitamin K epoxide reductase / VKOR domain superfamily / Vitamin K epoxide reductase family / VKc / de novo design (two linked rop proteins) / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / S-WARFARIN / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Vitamin K epoxide reductase complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.197 Å
データ登録者Liu, S. / Sukumar, N. / Li, W.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL121718 米国
Other privateForefront of Science Award 米国
Other privateMCII 2020-854 米国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R21 EY028705 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM131008 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM124165 米国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: Structural basis of antagonizing the vitamin K catalytic cycle for anticoagulation.
著者: Liu, S. / Li, S. / Shen, G. / Sukumar, N. / Krezel, A.M. / Li, W.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Termini restraining of small membrane proteins enables structure determination at atomic resolution
著者: Liu, S. / Li, S. / Yang, Y. / Li, W.
履歴
登録2020年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin K epoxide reductase, termini restrained by green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5755
ポリマ－44,1971
非ポリマー1,3784
水2,594144
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area19050 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)153.161, 70.854, 47.356
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

OLC

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要素

#1: タンパク質 Vitamin K epoxide reductase, termini restrained by green fluorescent protein / Vitamin K1 2 / 3-epoxide reductase subunit 1


分子量: 44197.434 Da / 分子数: 1
断片: GPF (UNP residues 1-144) + VKOR + GFP (UNP residues 146-231)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: gfp, VKORC1, VKOR, MSTP134, MSTP576, UNQ308/PRO351
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: A0A059PIQ0, UniProt: Q9BQB6, UniProt: P42212*PLUS, vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive)
#2: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物 ChemComp-SWF / S-WARFARIN / (S)-ワルファリン


分子量: 308.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗凝固剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.5 / 詳細: 37% PEG400, 0.1 M MES, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.197→50 Å / Num. obs: 24909 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.163 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.242.20.51912010.7080.4060.6631.01990.3
2.24-2.282.30.48112190.6170.3750.6141.27491.4
2.28-2.322.30.44712380.7660.3430.5671.0794.3
2.32-2.372.30.38213030.7750.2920.4841.07695.5
2.37-2.422.30.33512370.7860.2590.4261.10796.8
2.42-2.482.40.29712730.8460.2270.3771.14395.4
2.48-2.542.40.28712740.8660.2180.3631.16694.6
2.54-2.612.40.23712990.9070.1810.31.23497.2
2.61-2.692.30.22812730.9010.1770.2911.27895.5
2.69-2.772.30.18412380.9220.1410.2331.33292.8
2.77-2.872.20.15811980.930.1240.2021.389.8
2.87-2.992.50.14313030.9540.1040.1781.25495.8
2.99-3.122.60.10812780.9820.0770.1331.14395
3.12-3.292.60.09412670.9760.0670.1161.12994.5
3.29-3.492.50.08212700.9820.0590.1021.12193.9
3.49-3.762.50.0712470.9860.0510.0881.26991.7
3.76-4.142.30.0611850.9890.0460.0761.08386.5
4.14-4.742.50.05112080.9940.0360.0621.1385.6
4.74-5.972.70.04812270.9940.0320.0581.08587.7
5.97-502.60.04411710.9940.0320.0551.0778.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B3P

2b3p


解像度: 2.197→32.153 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2227 1205 4.84 %
Rwork0.2009 --
obs0.2019 24903 91.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.21 Å2 / Biso mean: 46.3503 Å2 / Biso min: 14.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.197→32.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3026 0 52 144 3222
Biso mean--57.56 46.64 -
残基数----381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033149
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5774257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044473
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003533
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7791822
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.197-2.28450.29041400.2704245788
2.2845-2.38840.27351280.2418269696
2.3884-2.51430.28651300.2295272896
2.5143-2.67170.22851480.2237269196
2.6717-2.87790.25051380.225259792
2.8779-3.16730.24241360.2094274495
3.1673-3.62510.19621360.1944268394
3.6251-4.56510.20081260.1722255688
4.5651-32.1530.19831230.184254683
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8475-0.1902-0.3272.74970.58423.97580.05120.0591-0.1559-0.11380.0058-0.07950.24730.2058-0.07040.15120.0367-0.03760.17770.0060.17238.45712.736656.4163
23.39051.0340.9362.60470.42562.78020.39350.2875-0.9525-0.1395-0.14480.25580.18670.0139-0.17170.2703-0.0119-0.1370.3834-0.02670.5556-5.593823.962157.5501
33.1875-0.9176-1.77332.33291.73635.28490.05310.19250.0503-0.3650.0703-0.1253-0.14260.2079-0.15770.23710.0053-0.01550.24810.03790.171534.906119.910347.4291
42.8029-0.64660.90094.2637-1.17952.31820.14770.1972-0.18590.00620.1740.32890.1225-0.2369-0.31110.18560.04860.00530.1914-0.03250.222530.72158.70654.6495
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 151 )A3 - 151
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 152 through 298 )A152 - 298
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 299 through 350 )A299 - 350
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 351 through 385 )A351 - 385

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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