PDB-6wt4: Structure of a bacterial STING receptor from Flavobacteriaceae sp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wt4

タイトル

Structure of a bacterial STING receptor from Flavobacteriaceae sp. in complex with 3',3'-cGAMP

要素

Bacterial STING

キーワード

IMMUNE SYSTEM / CBASS / cyclic dinucleotide receptor / CD-NTase / immune effector

機能・相同性

defense response to virus / membrane => GO:0016020 / nucleotide binding / plasma membrane / Chem-4BW / CD-NTase-associated protein 13

機能・相同性情報

生物種

Flavobacteriaceae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: STING cyclic dinucleotide sensing originated in bacteria.
著者: Morehouse, B.R. / Govande, A.A. / Millman, A. / Keszei, A.F.A. / Lowey, B. / Ofir, G. / Shao, S. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2020年5月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen / struct Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title
改定 1.2	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

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類似構造データ	1xto-d 4z67-d 3jxp-d 4z60-d 6e13-d 4r7o-4 4z6x-d 2iqt-d 1odf-d 4z5z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bacterial STING

B: Bacterial STING

ヘテロ分子

38.2 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.848, 121.848, 48.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4
Space group name Hall	I4
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Bacterial STING 分子量: 18669.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flavobacteriaceae (バクテリア) / 株: Flavobacteriaceae sp. genome bin 11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DUD7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-4BW / 2-amino-9-[(2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-9-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecin-2-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one / 3',3' cGAMP / c-GMP-AMP / c[G(3',5')pA(3',5')p] / cGAMP 分子量: 674.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→44.79 Å / Num. obs: 34093 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 37.2 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 1.78→1.82 Å / Num. unique obs: 1916 / CC_1/2: 0.68 / R_pim(I) all: 0.531

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.78→43.08 Å / SU ML: 0.231 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.7541
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2303	2003	5.9 %
R_work	0.1985	31926	-
obs	0.2004	33929	99.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→43.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2343	0	55	98	2496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	2521
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6322	3421
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427	385
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	413
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.6047	923

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.78-1.82	0.341	139	0.2978	2225	X-RAY DIFFRACTION	98.38
1.82-1.87	0.3186	142	0.2837	2301	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.87-1.93	0.383	136	0.3086	2147	X-RAY DIFFRACTION	95.8
1.93-1.99	0.2902	144	0.2595	2292	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.99-2.06	0.2772	139	0.2363	2247	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.06-2.15	0.2444	143	0.217	2299	X-RAY DIFFRACTION	99.75
2.15-2.24	0.2609	144	0.219	2268	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.24-2.36	0.2629	142	0.2204	2272	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.36-2.51	0.2625	144	0.2231	2304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.7	0.2501	145	0.2252	2288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.97	0.3014	141	0.2324	2303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.4	0.2069	148	0.212	2284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-4.29	0.2244	143	0.1661	2323	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.29-43.08	0.1738	153	0.161	2373	X-RAY DIFFRACTION	99.96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0534177803375	0.0453841066885	-0.130861020638	0.127119551538	-0.172082907667	0.254915336442	-0.331403415162	0.261979687677	-0.232925825229	-0.0564120923438	0.383504339394	-0.109474825776	0.504253417571	-0.0869351907561	-0.000102356446217	0.499850957447	-0.0390364309974	-0.0149998856639	0.38552642579	-0.0153169857989	0.436499730637	35.1678536715	20.5466447186	28.7551287059
2	-0.000998081479824	-0.0997335909907	-0.0338489393302	-0.0544773981879	-0.11253460099	0.0508992638532	-0.180706167573	-0.538903780432	-0.0768888200839	0.0361505409603	-0.0435726791904	-0.373358802078	0.304204555356	-0.135892040095	-0.000247157004697	0.412372694415	0.0984686225195	-0.0160289277329	0.443473151341	-0.0177620108108	0.5620927393	59.2154185723	24.8452312818	28.6212075662
3	0.15784410041	0.222498052944	-0.160657849413	0.349972351574	-0.233637661546	0.152839860323	0.249881461586	-1.00918101136	0.0772520937552	0.492657216674	-0.190181329467	-0.769370970697	0.400975581061	0.311414112033	-0.0170163089197	0.42257892212	-0.0299530153524	-0.0941648553327	0.788406220052	-0.0258833260985	0.472014280904	51.8151717893	26.4285850407	39.7855313276
4	0.0214473738265	-0.046363596017	0.0104347259862	0.0531527629812	-0.0502135052765	0.00433579727075	0.225130834289	-0.742664446426	0.101274060444	0.330882833676	-0.189385533693	0.211283165882	-0.306619153369	-0.892109827944	0.0139581363901	0.461306175038	0.122809402888	-0.0309166024939	0.831627647283	-0.193558920944	0.430048496369	35.9407329797	28.1557616041	42.7377897434
5	-0.00263209984595	0.0334736956842	-0.0903233647954	0.0254678643792	-0.044790080655	0.0380316121831	-0.315442719401	-0.722471744079	-0.843720714211	0.223784400983	0.0612598589215	-0.169125077572	0.548220957646	-0.180102697318	0.000581581552541	0.60366019241	-0.00185570029958	-0.00860039433294	0.490295478613	0.0695056072457	0.621770118079	42.2401363678	15.1719890531	35.1113350166
6	0.642214222561	0.213852788344	-0.666474831379	0.418568009711	-0.41957661078	0.442957861286	-0.13578428086	-0.0145329847749	-0.480127543038	0.0355140599964	0.0826057045338	-0.265294961048	0.238264570237	0.324110473532	-0.282053787907	0.29044087825	-0.0128748112554	0.0522957058546	0.366642132794	-0.179748802619	0.382945790074	55.4304556583	32.4169093079	17.4003778822
7	0.792976014906	-0.0146360666647	0.263262262923	0.619493508152	-0.528612296633	0.429472433793	-0.124591858065	0.505793564432	0.290684895286	-0.0652368759479	0.0372152005161	-0.129251342389	-0.426732459101	-0.249371034518	-0.00694874785885	0.348071127951	-0.104343779883	0.000277326878159	0.443851109191	-0.136835562575	0.3405015381	51.7106224922	45.4282921161	16.9420352863
8	0.547789147971	0.0479120556028	0.607485560789	-0.10276002768	-0.00157104207483	0.470507293422	-0.218681053717	-0.0349059690982	0.0924369674158	-0.21822759464	0.177526800255	0.269909139584	-0.0773746696413	0.0675958961179	-8.19567246215E-5	0.409474131653	-0.0482037561718	-0.0674757990422	0.325646557085	-0.0600343253977	0.364204017705	40.7451167532	44.7405366281	14.0657932191
9	-0.0394740485051	0.0170355710874	-0.0986641553134	0.0290058291087	-0.11904567137	0.0150432272602	-0.675880118902	0.251403269379	-1.18908166672	0.137654442631	0.618660674032	0.259486788836	0.240606660714	0.265396395929	-0.000425095869927	0.542502722018	0.117860747449	-0.00263700833525	0.450454288228	-0.0934586863372	0.591853192018	49.7956175657	23.0877165489	16.5683305206
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18	0.0943974383033	0.0675065832207	0.10078370477	-0.000268004821317	-0.00500884311352	0.152221268804	-0.0784815477417	0.502744125878	-0.201364881168	0.487779338538	0.241272310187	0.45606056086	0.452261758228	-0.104810466026	-0.000233440514982	0.504945924372	-0.0693410526898	-0.00640533838031	0.379108087809	0.0377754902421	0.495134388958	33.5662684175	21.943222251	23.1355388079
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20	0.0680096372172	-0.0220568650943	0.125511423404	-0.00462425067307	0.0578446912762	0.146492777958	-0.0423399312676	-0.1290911664	-0.0107714948861	-0.829383046285	-0.144073687728	-0.19085008504	0.435975825085	-0.153149200894	-7.677469018E-5	0.461738404473	-0.0781884018291	0.000422322467638	0.305613527701	0.042856737912	0.499196734536	35.3841978153	25.1212350275	24.5443292764

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 162 through 171 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 172 through 199 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 200 through 218 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 219 through 224 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 225 through 234 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 79 through 103 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 104 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 123 through 144 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 145 through 154 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 155 through 171 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 172 through 193 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 194 through 228 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 229 through 235 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 79 through 91 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 92 through 102 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 103 through 122 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 123 through 135 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 136 through 144 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 145 through 154 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 155 through 161 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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