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- PDB-6wrw: Crystal structure of computationally designed protein 2DS25.5 in ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wrw | ||||||
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Title | Crystal structure of computationally designed protein 2DS25.5 in complex with the human Transferrin receptor ectodomain | ||||||
![]() |
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![]() | DE NOVO PROTEIN / Complex / Beta sheet / Receptor | ||||||
Function / homology | ![]() transferrin receptor activity / negative regulation of mitochondrial fusion / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / response to copper ion / response to iron ion / response to manganese ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle ...transferrin receptor activity / negative regulation of mitochondrial fusion / transferrin transport / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / response to copper ion / response to iron ion / response to manganese ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / transport across blood-brain barrier / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of bone resorption / response to retinoic acid / positive regulation of T cell proliferation / clathrin-coated pit / positive regulation of B cell proliferation / Hsp70 protein binding / RAC1 GTPase cycle / osteoclast differentiation / response to nutrient / cellular response to leukemia inhibitory factor / acute-phase response / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / positive regulation of protein-containing complex assembly / HFE-transferrin receptor complex / receptor internalization / recycling endosome / positive regulation of protein localization to nucleus / recycling endosome membrane / double-stranded RNA binding / extracellular vesicle / melanosome / cellular response to xenobiotic stimulus / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / blood microparticle / endosome membrane / response to hypoxia / intracellular signal transduction / endosome / positive regulation of protein phosphorylation / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Abraham, J. / Coscia, A. / Olal, D. / Sahtoe, D.D. / Baker, D. / Clark, L. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Transferrin receptor targeting by de novo sheet extension. Authors: Sahtoe, D.D. / Coscia, A. / Mustafaoglu, N. / Miller, L.M. / Olal, D. / Vulovic, I. / Yu, T.Y. / Goreshnik, I. / Lin, Y.R. / Clark, L. / Busch, F. / Stewart, L. / Wysocki, V.H. / Ingber, D.E. ...Authors: Sahtoe, D.D. / Coscia, A. / Mustafaoglu, N. / Miller, L.M. / Olal, D. / Vulovic, I. / Yu, T.Y. / Goreshnik, I. / Lin, Y.R. / Clark, L. / Busch, F. / Stewart, L. / Wysocki, V.H. / Ingber, D.E. / Abraham, J. / Baker, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 499.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 48.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6wrvC ![]() 6wrxC ![]() 3kasS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 71807.258 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 10175.582 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 6 molecules
#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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-Non-polymers , 1 types, 2 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
#6: Chemical |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.72 Å3/Da / Density % sol: 73.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1M BICINE pH 8.5, 12% (w/v) monomethyl ether 550 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 19, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.77→200 Å / Num. obs: 72437 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 4.03 % / Biso Wilson estimate: 86.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.38 |
Reflection shell | Resolution: 2.77→2.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 4459 / CC1/2: 0.338 / Rpim(I) all: 0.74 / % possible all: 97.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3KAS Resolution: 2.84→69.2 Å / SU ML: 0.4952 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.1044 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 88.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.84→69.2 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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