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Yorodumi- PDB-6wrw: Crystal structure of computationally designed protein 2DS25.5 in ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6wrw | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of computationally designed protein 2DS25.5 in complex with the human Transferrin receptor ectodomain | ||||||
Components |
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Keywords | DE NOVO PROTEIN / Complex / Beta sheet / Receptor | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtransferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / response to manganese ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle ...transferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / response to manganese ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / response to copper ion / RHOB GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / response to retinoic acid / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / transport across blood-brain barrier / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / clathrin-coated pit / RAC1 GTPase cycle / response to nutrient / Hsp70 protein binding / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / transferrin transport / acute-phase response / iron ion transport / positive regulation of protein-containing complex assembly / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / receptor internalization / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of protein localization to nucleus / cellular response to xenobiotic stimulus / recycling endosome membrane / melanosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / extracellular vesicle / double-stranded RNA binding / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / cytoplasmic vesicle / blood microparticle / basolateral plasma membrane / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / response to hypoxia / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome / endosome membrane / intracellular signal transduction / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Homo sapiens (human)synthetic construct (others) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.84 Å | ||||||
Authors | Abraham, J. / Coscia, A. / Olal, D. / Sahtoe, D.D. / Baker, D. / Clark, L. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2021Title: Transferrin receptor targeting by de novo sheet extension. Authors: Sahtoe, D.D. / Coscia, A. / Mustafaoglu, N. / Miller, L.M. / Olal, D. / Vulovic, I. / Yu, T.Y. / Goreshnik, I. / Lin, Y.R. / Clark, L. / Busch, F. / Stewart, L. / Wysocki, V.H. / Ingber, D.E. ...Authors: Sahtoe, D.D. / Coscia, A. / Mustafaoglu, N. / Miller, L.M. / Olal, D. / Vulovic, I. / Yu, T.Y. / Goreshnik, I. / Lin, Y.R. / Clark, L. / Busch, F. / Stewart, L. / Wysocki, V.H. / Ingber, D.E. / Abraham, J. / Baker, D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6wrw.cif.gz | 712.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6wrw.ent.gz | 499.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6wrw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6wrw_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6wrw_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
| Data in XML | 6wrw_validation.xml.gz | 48.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 6wrw_validation.cif.gz | 66.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/6wrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/6wrw | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6wrvC ![]() 6wrxC ![]() 3kasS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 71807.258 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TFRC / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 10175.582 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() |
|---|
-Sugars , 3 types, 6 molecules
| #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source |
|---|
-Non-polymers , 1 types, 2 molecules 
| #6: Chemical |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 4.72 Å3/Da / Density % sol: 73.93 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1M BICINE pH 8.5, 12% (w/v) monomethyl ether 550 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-E / Wavelength: 0.97918 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 19, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.77→200 Å / Num. obs: 72437 / % possible obs: 97.7 % / Redundancy: 4.03 % / Biso Wilson estimate: 86.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 11.38 |
| Reflection shell | Resolution: 2.77→2.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.147 / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 4459 / CC1/2: 0.338 / Rpim(I) all: 0.74 / % possible all: 97.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3KAS Resolution: 2.84→69.2 Å / SU ML: 0.4952 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.1044 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 88.92 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.84→69.2 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Movie
Controller
About Yorodumi



Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation












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