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- PDB-6nkm: Structure of PhqE D166N Reductase/Diels-Alderase from Penicillium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nkm
タイトルStructure of PhqE D166N Reductase/Diels-Alderase from Penicillium fellutanum in complex with NADP+ and substrate
要素Short chain dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reductase / Diels-Alderase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く / alkaloid metabolic process / oxidoreductase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
SDR-like rossmann domain / : / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Chem-ZWP / Short-chain dehydrogenase/reductase phqE
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium fellutanum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.896 Å
データ登録者Newmister, S.A. / Dan, Q. / Smith, J.L. / Sherman, D.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA070375 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM118101 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01DK042303 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2019
タイトル: Fungal indole alkaloid biogenesis through evolution of a bifunctional reductase/Diels-Alderase.
著者: Dan, Q. / Newmister, S.A. / Klas, K.R. / Fraley, A.E. / McAfoos, T.J. / Somoza, A.D. / Sunderhaus, J.D. / Ye, Y. / Shende, V.V. / Yu, F. / Sanders, J.N. / Brown, W.C. / Zhao, L. / Paton, R.S. ...著者: Dan, Q. / Newmister, S.A. / Klas, K.R. / Fraley, A.E. / McAfoos, T.J. / Somoza, A.D. / Sunderhaus, J.D. / Ye, Y. / Shende, V.V. / Yu, F. / Sanders, J.N. / Brown, W.C. / Zhao, L. / Paton, R.S. / Houk, K.N. / Smith, J.L. / Sherman, D.H. / Williams, R.M.
履歴
登録2019年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
C: Short chain dehydrogenase
D: Short chain dehydrogenase
E: Short chain dehydrogenase
F: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,11413
ポリマ－165,3226
非ポリマー4,7927
水3,531196
1
A: Short chain dehydrogenase
B: Short chain dehydrogenase
C: Short chain dehydrogenase
D: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,5209
ポリマ－110,2154
非ポリマー3,3055
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17560 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area35500 Å2
手法PISA
2
E: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

E: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

F: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子

F: Short chain dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,1888
ポリマ－110,2154
非ポリマー2,9744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1,-z+11
Buried area14580 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area38780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)209.484, 117.194, 63.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.440, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-953-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 9 through 265 or resid 801))
21chain B
31chain C
41chain D
51chain E
61chain F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 9 through 265 or resid 801))A0
211chain BB9 - 265
311chain CC9 - 265
411chain DD9 - 265
511chain EE9 - 265
611chain FF9 - 265

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要素

#1: タンパク質
Short chain dehydrogenase


分子量: 27553.627 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Penicillium fellutanum (菌類) / 遺伝子: phqE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0E2Z4
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ZWP / 3-{[2-(2-methylbut-3-en-2-yl)-1H-indol-3-yl]methyl}-8H-pyrrolo[1,2-a]pyrazin-5-ium-1-olate


分子量: 331.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H21N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.75
詳細: 18% PEG 3350, 200 mM NaCl, 50 mM BisTris pH 6.75, 2.5% ethylene glycol, 1 mM ZWP, 4 mM NADP+, 1% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月14日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→48.76 Å / Num. obs: 112785 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.896→48.758 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 41.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3062 5561 4.93 %
Rwork0.2739 --
obs0.2755 112779 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 234.81 Å2 / Biso mean: 68.3677 Å2 / Biso min: 27.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.896→48.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11192 0 313 196 11701
Biso mean--61.17 50.79 -
残基数----1542
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4788X-RAY DIFFRACTION7.575TORSIONAL
12B4788X-RAY DIFFRACTION7.575TORSIONAL
13C4788X-RAY DIFFRACTION7.575TORSIONAL
14D4788X-RAY DIFFRACTION7.575TORSIONAL
15E4788X-RAY DIFFRACTION7.575TORSIONAL
16F4788X-RAY DIFFRACTION7.575TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8959-1.91740.52111640.51083198336288
1.9174-1.940.46341460.46723437358392
1.94-1.96360.45011500.44293442359293
1.9636-1.98850.46841870.42773495368295
1.9885-2.01470.50221830.38883500368396
2.0147-2.04230.41482180.38793521373997
2.0423-2.07140.40272090.3843556376597
2.0714-2.10240.40781950.35033492368797
2.1024-2.13520.37391820.32133602378497
2.1352-2.17020.33541900.32243514370497
2.1702-2.20760.32821840.32013604378897
2.2076-2.24780.38371780.31543563374197
2.2478-2.2910.32611810.31313582376398
2.291-2.33780.34261790.29523604378398
2.3378-2.38860.36521880.30623574376298
2.3886-2.44420.31721710.31313610378198
2.4442-2.50530.35531940.31673591378598
2.5053-2.5730.37611590.30513607376698
2.573-2.64870.34241880.31033606379498
2.6487-2.73420.36151940.31763637383198
2.7342-2.83190.37161970.31173578377598
2.8319-2.94530.32072010.3173612381398
2.9453-3.07930.33481710.30133655382698
3.0793-3.24170.35452270.30293584381199
3.2417-3.44470.31871950.28183637383299
3.4447-3.71060.29221920.25793634382699
3.7106-4.08380.27771860.24593656384299
4.0838-4.67440.24571780.21773693387199
4.6744-5.88760.23561740.24013707388199
5.8876-48.77410.24742000.21723727392799
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.2139 Å / Origin y: 40.1272 Å / Origin z: 34.2437 Å
111213212223313233
T0.2852 Å20.1153 Å20.0679 Å2-0.3673 Å2-0.1125 Å2--0.2816 Å2
L0.8115 °2-0.0612 °20.5316 °2-0.6421 °2-0.1536 °2--0.8351 °2
S0.149 Å °0.1761 Å °-0.0124 Å °-0.0431 Å °-0.1092 Å °0.0442 Å °0.0426 Å °0.1807 Å °0.0014 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA9 - 265
2X-RAY DIFFRACTION1allA801 - 901
3X-RAY DIFFRACTION1allB9 - 265
4X-RAY DIFFRACTION1allB801
5X-RAY DIFFRACTION1allC9 - 265
6X-RAY DIFFRACTION1allC801
7X-RAY DIFFRACTION1allD9 - 265
8X-RAY DIFFRACTION1allD801
9X-RAY DIFFRACTION1allE9 - 265
10X-RAY DIFFRACTION1allE801
11X-RAY DIFFRACTION1allF9 - 265
12X-RAY DIFFRACTION1allF801
13X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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