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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wrn | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of Mj 3-nitro-tyrosine tRNA synthetase (5B) C70A variant bound to 3-nitro-tyrosine | ||||||||||||
![]() | Tyrosine--tRNA ligase | ||||||||||||
![]() | LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / 3-nitro-tyrosine | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Beyer, J.N. / Hosseinzadeh, P. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A. / Cooley, R.B. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Overcoming Near-Cognate Suppression in a Release Factor 1-Deficient Host with an Improved Nitro-Tyrosine tRNA Synthetase. 著者: Beyer, J.N. / Hosseinzadeh, P. / Gottfried-Lee, I. / Van Fossen, E.M. / Zhu, P. / Bednar, R.M. / Karplus, P.A. / Mehl, R.A. / Cooley, R.B. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 146.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36055.805 Da / 分子数: 1 / 変異: Y32H, H70A, D158S, I159A, L162R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: tyrS, MJ0389 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-NIY / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.47 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 22-23% PEG 300, 5% PEG 8000, 10% glycerol and 100 mM Tris pH 7.9-8.2 PH範囲: 7.9-8.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Si / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→41.57 Å / Num. obs: 50272 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 30 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.99 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 30.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.98 / Num. unique obs: 15778 / CC1/2: 0.492 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4NDA 解像度: 1.6→41.57 Å / SU ML: 0.2311 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.8078 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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