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- PDB-6wpz: The structure of Pf4r from a superinfective isolate of the filame... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wpz
タイトルThe structure of Pf4r from a superinfective isolate of the filamentous phage Pf4 of Pseudomonas aeruginosa PA01
要素Pf4r
キーワードDNA BINDING PROTEIN
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.993 Å
データ登録者Michie, K.A. / Norrian, P. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A.
資金援助 シンガポール, オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
Australian Research Council (ARC)FT160100010 オーストラリア
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2021
タイトル: The Repressor C Protein, Pf4r, Controls Superinfection of Pseudomonas aeruginosa PAO1 by the Pf4 Filamentous Phage and Regulates Host Gene Expression.
著者: Ismail, M.H. / Michie, K.A. / Goh, Y.F. / Noorian, P. / Kjelleberg, S. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A.
履歴
登録2020年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pf4r
B: Pf4r
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0293
ポリマ－20,9942
非ポリマー351
水75742
1
A: Pf4r

A: Pf4r


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration shows this protein is monomeric via gel filtration in a biological buffer., light scattering, MALS analysis also shows this protein is monomeric in a biological buffer.
  • 21 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9942
ポリマ－20,9942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8280 Å2
手法PISA
2
B: Pf4r
ヘテロ分子

B: Pf4r
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Gel filtration shows this protein is monomeric via gel filtration in a biological buffer., light scattering, MALS analysis also shows this protein is monomeric in a biological buffer.
  • 21.1 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0654
ポリマ－20,9942
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area1830 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.444, 45.128, 168.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

CL

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要素

#1: タンパク質 Pf4r


分子量: 10496.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: CGU42_23305 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Rosetta T1R
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Polyethylene glycol monomethyl ether 550 25% (v/v) 50 mM HEPES; pH 7.0 10 mM Magnesium chloride Protein at 50 mg/ml. Frozen in cryo protectant 20 % PEG200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月23日
放射モノクロメーター: silicon double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→39.93 Å / Num. obs: 9885 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1417 / CC1/2: 0.513 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WNM

6wnm


解像度: 1.993→28.353 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.98
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2314 989 10.01 %random
Rwork0.1858 ---
obs0.1903 9882 99.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.993→28.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1298 0 1 42 1341
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041333
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6551809
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.019963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005230
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9934-2.09850.28191380.2431238X-RAY DIFFRACTION99
2.0985-2.22990.28941410.21021265X-RAY DIFFRACTION100
2.2299-2.4020.25591390.19661254X-RAY DIFFRACTION100
2.402-2.64350.26171400.1791261X-RAY DIFFRACTION100
2.6435-3.02570.22471390.17561248X-RAY DIFFRACTION100
3.0257-3.81060.20571430.1741287X-RAY DIFFRACTION100
3.8106-28.3530.21181490.18041340X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40232.2979-0.69562.5739-0.65323.3622-0.57250.33751.01330.13410.11170.6995-0.48620.05210.2140.3970.0099-0.04870.295-0.03720.29413.24734.3487-9.7639
22.7226-0.48451.19434.4627-0.35863.2812-0.0338-0.51570.48570.5258-0.26850.16010.4251-0.5180.2530.2953-0.08690.04920.4567-0.09530.3141-2.1491-7.7357-13.3241
33.73630.68510.13891.383-1.32541.82610.0871-0.63140.32480.0355-0.15490.93-0.0036-0.6910.2180.5309-0.11030.04750.4907-0.0850.50690.9877-4.0764-5.3758
42.3282-0.453-0.59912.264-0.86522.37470.0726-0.0166-0.0616-0.161-0.1166-0.02530.01250.2421-0.00760.3250.0092-0.02380.23070.02240.148614.9020.6214-5.7897
50.2559-0.43430.1633.70630.11645.51170.21010.16580.0255-0.4672-0.0209-0.2940.05380.1995-0.0020.4560.00770.02590.3438-0.00320.286119.3232.8006-17.2106
61.7131-0.1776-1.34031.45910.54244.73980.16340.1384-0.03750.0089-0.14770.1164-0.2283-0.24250.32340.29-0.0216-0.01140.20060.00450.27738.49768.0487-36.2929
73.32850.73540.48493.1033-0.25623.13320.2155-0.26770.19890.4058-0.09690.44840.0115-0.1844-0.07420.2236-0.00250.03680.179-0.02180.191713.869213.0619-25.693
81.3993-0.14740.55743.6803-0.78581.3906-0.21-0.01930.1448-0.10070.1552-0.04750.10750.01290.02130.2107-0.0142-0.00280.2207-0.02890.233516.737812.8881-35.3832
91.27390.6403-0.54890.3799-0.60521.5289-0.0639-0.0029-0.06950.08420.001-0.09860.0546-0.02280.04840.18430.0020.03540.1633-0.01280.202812.5761-3.2401-36.296
100.6568-0.4884-0.69240.37540.61040.91810.0786-0.1080.0930.09410.1369-0.01480.3739-0.1421-0.26790.41270.01030.03370.2538-0.02120.312114.2865-17.9856-31.5105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 14 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 33 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 34 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 52 through 72 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 82 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 16 through 34 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 35 through 51 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 52 through 78 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 79 through 95 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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