PDB-4ku8: Structures of PKGI Reveal a cGMP-Selective Activation Mechanism

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ku8

タイトル

Structures of PKGI Reveal a cGMP-Selective Activation Mechanism

要素

cGMP-dependent Protein Kinase 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / cyclic nucleotide binding domain / cGMP

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of glutamate secretion / negative regulation of inositol phosphate biosynthetic process / cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / cell growth involved in cardiac muscle cell development / regulation of testosterone biosynthetic process / collateral sprouting / negative regulation of platelet aggregation / positive regulation of circadian rhythm / relaxation of vascular associated smooth muscle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.994 Å

データ登録者

Huang, G.Y. / Kim, J.J. / Reger, A.S. / Lorenz, R. / Moon, E.W. / Casteel, D.E. / Sankaran, B. / Herberg, F.W. / Kim, C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Cyclic-Nucleotide Selectivity and cGMP-Selective Activation of PKG I.
著者: Huang, G.Y. / Kim, J.J. / Reger, A.S. / Lorenz, R. / Moon, E.W. / Zhao, C. / Casteel, D.E. / Bertinetti, D. / Vanschouwen, B. / Selvaratnam, R. / Pflugrath, J.W. / Sankaran, B. / Melacini, G. ...

履歴

登録	2013年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ku8.cif.gz	170.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ku8.ent.gz	136.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ku8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4ku8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4ku8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ku7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a4t-d 3wi3-3 2g8w-d 3iil-d 4qxo-d 2f9j-1 6ul0-d 6ccr-d 4f0e-4 4tuw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (12) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (8) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (7) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (12)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (8)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
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#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
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フォトトロピン (Phototropin)
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#235 - 2019年7月
AMPA受容体 (AMPA Receptor)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: cGMP-dependent Protein Kinase 1

B: cGMP-dependent Protein Kinase 1

C: cGMP-dependent Protein Kinase 1

ヘテロ分子

51.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cGMP-dependent Protein Kinase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cGMP-dependent Protein Kinase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: cGMP-dependent Protein Kinase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.766, 78.766, 147.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	cGMP-dependent Protein Kinase 1 / cGK 1 / cGK1 / cGMP-dependent protein kinase I / cGKI 分子量: 16945.816 Da / 分子数: 3 断片: Carboxyl Cyclic Nucleotide Binding Domain, UNP residues 204-354 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKG1, PRKG1B, PRKGR1A, PRKGR1B / プラスミド: pQTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13976
#2: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 344 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.5 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M SPG buffer, 25% PEG1500, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月20日
放射	モノクロメーター: Diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.994→36.9 Å / Num. all: 36736 / Num. obs: 36516 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.994→2.0476 Å / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.994→34.107 Å / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2447	1812	4.97 %	5.0% of the observed intensities were excluded from refinement for cross validation purposes.
R_work	0.1974	-	-	-
all	0.2441	36781	-	-
obs	0.1997	36450	99.14 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 54.177 Å² / k_sol: 0.357 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.4847 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	4.4847 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.9694 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.994→34.107 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2910	0	15	344	3269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.98	4066
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.969	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	465
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	531

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.994-2.0476	0.2733	127	0.2338	2449	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0476-2.1078	0.2838	143	0.2283	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1078-2.1758	0.2898	137	0.2154	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1758-2.2536	0.2684	139	0.2243	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2536-2.3438	0.2548	134	0.2199	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3438-2.4504	0.2881	141	0.2136	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4504-2.5796	0.2984	136	0.2118	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5796-2.7411	0.268	141	0.2037	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7411-2.9527	0.2377	135	0.1977	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9527-3.2496	0.267	146	0.2095	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2496-3.7193	0.2215	143	0.1907	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7193-4.684	0.2186	142	0.1576	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.684-34.1118	0.2228	148	0.2035	2787	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.565	4.5341	0.4653	6.9802	2.3981	5.1218	0.375	-0.4435	-0.4099	0.3175	-0.5601	-0.2912	-0.2675	0.1404	0.0872	0.2977	-0.0089	-0.0017	0.1902	0.132	0.2879	-28.2929	36.5138	-17.8799
2	2.3604	-1.5946	1.9095	8.008	-5.919	4.6354	0.1306	0.1968	-1.3502	-1.4728	-0.0014	-0.1441	1.9937	0.5898	-0.0034	0.7232	0.113	0.0544	0.1704	0.0177	0.4134	-32.767	27.735	-28.6915
3	2.1858	-4.2291	-0.1515	8.9811	1.0596	2.049	0.1754	0.7356	0.5176	-0.6258	-0.2643	-0.5831	-0.3431	0.1747	0.0925	0.3219	-0.0184	0.0593	0.2458	0.0715	0.2789	-32.249	37.8432	-27.9983
4	9.5665	8.7162	-6.6721	8.9443	-6.1927	4.6693	0.9035	0.1378	0.5493	1.1123	0.0498	0.5749	-1.1809	-0.1454	-1.0706	0.4242	0.0624	0.0911	0.2608	0.0269	0.3045	-40.5689	36.1421	-13.6677
5	2.5036	0.4055	-0.3322	4.1454	-0.832	4.2378	0.2199	0.029	-0.0601	0.1107	-0.1935	0.242	-0.1899	-0.8504	-0.1022	0.1572	-0.0412	-0.0025	0.2508	0.0881	0.1117	-46.8888	24.8657	-13.0621
6	0.5034	-1.6366	-0.8631	6.8068	1.0172	3.6462	0.5647	0.8736	-0.4344	-0.1356	-0.5276	1.8561	0.9173	-2.1543	0.0158	0.4452	-0.2601	-0.1341	0.9617	0.0554	0.4359	-57.4389	9.7462	-10.8451
7	5.2843	1.9159	0.2294	3.5085	-0.3267	1.0974	0.1397	0.2599	0.1941	-0.2467	-0.0945	0.1385	0.1773	-0.2717	-0.0354	0.2721	-0.0356	-0.0383	0.2412	0.055	0.1503	-44.6758	21.8292	-19.5273
8	1.651	1.8973	-1.0848	4.3277	-4.52	7.795	0.0568	0.0486	0.0598	-0.0006	0.2109	0.1781	-0.2723	-0.5861	-0.2593	0.2351	0.0712	0.017	0.2133	0.0314	0.1987	-42.8718	32.2113	-21.6058
9	8.7218	5.8814	-4.4376	4.1626	-3.6538	4.5081	-0.0944	-0.5458	-0.455	0.0242	-0.4208	-0.0835	0.9689	0.5456	0.3879	0.56	0.1167	0.0747	0.3105	-0.0066	0.1991	-39.9187	20.7659	-36.1277
10	2.4331	0.7302	-0.509	1.7427	2.21	3.9045	-0.2283	-0.7972	0.0405	1.0923	-0.8266	1.5625	0.879	-0.7054	0.3524	0.8296	0.1113	0.4173	0.7094	-0.0315	0.7256	-39.6484	54.6383	-13.9533
11	2.7877	0.2739	0.7819	2.5804	0.0513	2.2291	0.2989	0.0039	1.1656	0.4201	-0.2014	0.4208	-1.0809	0.3092	0.0014	0.6128	-0.0863	0.1915	0.0654	0.0382	0.4154	-24.1858	56.7441	-20.2795
12	6.317	0.6934	0.9164	0.0848	0.0928	0.1031	0.3954	-0.3946	-0.2511	0.1633	-0.161	0.0242	0.0886	-0.0316	-0.171	0.4512	-0.0928	-0.1422	0.2065	0.0831	0.2767	-20.5658	23.6499	-4.015
13	6.2419	0.1209	-1.1095	1.9083	-0.3029	2.5899	0.4159	-0.6254	-0.3605	0.0823	-0.0921	0.1648	0.3279	0.1131	-0.2237	0.5315	-0.1781	-0.1919	0.2033	0.0406	0.305	-12.2199	26.5342	0.558
14	0.3806	0.5827	-0.2001	0.9486	-0.2267	0.1859	-0.0542	-0.1364	-0.3441	0.0626	-0.2146	0.027	-0.061	0.2505	-0.1737	0.3834	-0.1169	-0.0631	0.5572	0.2755	1.2875	-25.7462	34.4442	-25.1473

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 217:232 )	A	217 - 232
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 233:241 )	A	233 - 241
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 242:249 )	A	242 - 249
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 250:257 )	A	250 - 257
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 258:285 )	A	258 - 285
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 286:293 )	A	286 - 293
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 294:318 )	A	294 - 318
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 319:344 )	A	319 - 344
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 345:366 )	A	345 - 366
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 225:257 )	B	225 - 257
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 258:338 )	B	258 - 338
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 217:278 )	C	217 - 278
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 279:344 )	C	279 - 344
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN A AND RESID 401:402 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:401 )	A	401 - 402
15	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN A AND RESID 401:402 ) OR ( CHAIN B AND RESID 401:401 )	B	401

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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