PDB-2llg: NMR structure of the protein NP_814968.1 from Enterococcus faecalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2llg

タイトル

NMR structure of the protein NP_814968.1 from Enterococcus faecalis

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Gut microbiome secreted protein / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / PSI-Biology

機能・相同性

Domain of unknown function DUF5067 / Domain of unknown function (DUF5067) / Immunoglobulin-like - #1240 / Immunoprotective extracellular, immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DUF5067 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

溶液NMR / molecular dynamics

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Susac, L. / Serrano, P. / Geralt, M. / Mohanty, B. / Wuthrich, K. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of the protein NP_814968.1 from Enterococcus faecalis
著者: Susac, L. / Serrano, P. / Geralt, M. / Mohanty, B. / Wuthrich, K.

履歴

登録	2011年11月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2llg.cif.gz	885.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2llg.ent.gz	740.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2llg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/2llg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/2llg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lzf-d 4e89-d 2z1g-d 2l73-d 2z1h-d 6pbs-9 2f4i-4 2xpp-d 6wpz-1 4xid-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 18047 TargetDB: 390297

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 16330.416 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-170 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 遺伝子: EF_1241 / Variant: V583 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q835X7

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D 1H-15N NOESY
1	3	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	4	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	5	1	4D APSY HACANH
1	6	1	5D APSY CBCA(CO)NH
1	7	1	5D APSY (HA)CA(CO)NH

-
試料調製

詳細

内容: 1.2 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1.2 mM	entity-1	[U-95% 13C; U-95% 15N]	1
50 mM	sodium chloride-2		1
20 mM	sodium phosphate-3		1
5 mM	sodium azide-4		1

試料状態

イオン強度: 0.083 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert P.	精密化
OPALp	Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich	精密化

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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