[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6wpz: The structure of Pf4r from a superinfective isolate of the filame... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wpz | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | The structure of Pf4r from a superinfective isolate of the filamentous phage Pf4 of Pseudomonas aeruginosa PA01 | |||||||||
Components | Pf4r | |||||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.993 Å | |||||||||
Authors | Michie, K.A. / Norrian, P. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A. | |||||||||
Funding support | Singapore, Australia, 2items
| |||||||||
Citation | Journal: Viruses / Year: 2021 Title: The Repressor C Protein, Pf4r, Controls Superinfection of Pseudomonas aeruginosa PAO1 by the Pf4 Filamentous Phage and Regulates Host Gene Expression. Authors: Ismail, M.H. / Michie, K.A. / Goh, Y.F. / Noorian, P. / Kjelleberg, S. / Duggin, I.G. / McDougald, D. / Rice, S.A. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wpz.cif.gz | 108.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6wpz.ent.gz | 84.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wpz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wpz_validation.pdf.gz | 425.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6wpz_full_validation.pdf.gz | 427 KB | Display | |
Data in XML | 6wpz_validation.xml.gz | 8.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6wpz_validation.cif.gz | 10.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/6wpz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6wnmSC 6x6fC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 10496.806 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: CGU42_23305 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 DE3 Rosetta T1R #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.63 Å3/Da / Density % sol: 33.88 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: Polyethylene glycol monomethyl ether 550 25% (v/v) 50 mM HEPES; pH 7.0 10 mM Magnesium chloride Protein at 50 mg/ml. Frozen in cryo protectant 20 % PEG200 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX1 / Wavelength: 0.9537 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Feb 23, 2019 |
Radiation | Monochromator: silicon double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→39.93 Å / Num. obs: 9885 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Net I/σ(I): 4.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2.03 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.052 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1417 / CC1/2: 0.513 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6WNM Resolution: 1.993→28.353 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.98
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.993→28.353 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|