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万見
- PDB-6wpp: HUMAN NIK IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND X -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wpp
タイトルHUMAN NIK IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND X
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
キーワードIMMUNE SYSTEM / NF-KappaB Signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / cellular response to mechanical stimulus / fibrillar center ...TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / MAP kinase kinase kinase activity / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / cellular response to mechanical stimulus / fibrillar center / MAPK cascade / defense response to virus / protein kinase activity / immune response / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PZ4 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Shih, A.Y. / Hack, M. / Mirzadegan, T.
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2020
タイトル: Impact of Protein Preparation on Resulting Accuracy of FEP Calculations.
著者: Shih, A.Y. / Hack, M. / Mirzadegan, T.
履歴
登録2020年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs ..._reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.22020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4114
ポリマ－75,9232
非ポリマー4882
水2,126118
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2062
ポリマ－37,9611
非ポリマー2441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2062
ポリマ－37,9611
非ポリマー2441
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.483, 81.521, 78.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / HsNIK / Serine/threonine-protein kinase NIK


分子量: 37961.324 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN residues 343-686 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K14, NIK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q99558, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-PZ4 / 5-fluoro-N-methyl-2-(7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)pyrimidin-4-amine


分子量: 244.228 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H9FN6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG1500, pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001049042 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001049042 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→73 Å / Num. obs: 23150 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 52.738 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 17.11 / Num. measured all: 86810 / Scaling rejects: 100
反射 シェル解像度: 2.55→2.65 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Num. measured obs: 295 / Num. possible: 99 / Num. unique obs: 92 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.36 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.55→73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 10.205 / SU ML: 0.224 / SU R Cruickshank DPI: 0.8038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.804 / ESU R Free: 0.315
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1011 4.4 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.2073 22138 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.39 Å2 / Biso mean: 41.104 Å2 / Biso min: 19.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å2-0.84 Å2
2---1.04 Å20 Å2
3---1.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.55→73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4816 0 36 118 4970
Biso mean--34.74 41.53 -
残基数----627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194984
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0251.9776749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94538351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9625625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.84623.411214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.515836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8341538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02991
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 67 -
Rwork0.279 1578 -
all-1645 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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