PDB-6wop: Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase PuuE fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wop

タイトル

Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase PuuE from Acinetobacter baumannii

要素

4-aminobutyrate transaminase

キーワード

TRANSFERASE / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES

機能・相同性

機能・相同性情報

4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase PuuE from Acinetobacter baumannii
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2020年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wop.cif.gz	390.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wop.ent.gz	279.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wop_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wop_full_validation.pdf.gz	465.8 KB	表示
XML形式データ	6wop_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	6wop_validation.cif.gz	64.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6wop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6wop	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1sffS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7jh3-2 1sf2-d 7jh3-1 1szk-d 6wj8-d 1sff-d 1szu-d 1szs-d 4atp-1 6rl5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP96275

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-aminobutyrate transaminase

B: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-aminobutyrate transaminase

B: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

A: 4-aminobutyrate transaminase

B: 4-aminobutyrate transaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.379, 188.453, 114.113
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-738- HOH
2	1	B-1042- HOH

#1: タンパク質	4-aminobutyrate transaminase / PuuE 分子量: 45967.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81 遺伝子: gabT, HMPREF0010_02436 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Magic 参照: UniProt: D0CCF6, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2M potassium sodium tartrate, 5 mM Glutamic acid

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年8月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→20 Å / Num. obs: 84930 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 21.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / R_merge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 4194 / CC_1/2: 0.919 / R_pim(I) all: 0.272 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15_3448	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SFF

1sff

解像度: 1.85→19.96 Å / SU ML: 0.1797 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.906
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2223	1998	2.36 %	RANDOM
R_work	0.1809	82789	-	-
obs	0.1819	84787	99.77 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6280	0	41	941	7262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0176	6483
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4127	8800
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	994
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0106	1162
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.7349	2326

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.2712	139	0.2356	5753	X-RAY DIFFRACTION	98.51
1.9-1.95	0.2456	142	0.2151	5885	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.95-2	0.2555	141	0.2063	5866	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2-2.07	0.2364	143	0.1944	5885	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.07-2.14	0.2376	140	0.1861	5858	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.14-2.23	0.2255	143	0.1797	5883	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.23-2.33	0.2429	142	0.1825	5898	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.33-2.45	0.2524	141	0.1818	5875	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.45-2.61	0.2158	142	0.1791	5891	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.61-2.81	0.2494	143	0.1841	5939	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.81-3.09	0.2036	144	0.1806	5959	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.09-3.53	0.1835	143	0.174	5931	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.53-4.44	0.2078	145	0.1587	6003	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.44-19.96	0.2198	150	0.1821	6163	X-RAY DIFFRACTION	99.51

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.26689503074	1.19881141543	-0.612968495478	0.546459966093	-1.07183262768	2.94350376296	0.201254252895	-0.362809422003	-0.00224608026189	0.503561577757	-0.154130867576	-0.222757813061	-0.272076462234	0.289152103251	-0.0341980995031	0.350695924581	-0.0287406281314	-0.0395758353725	0.264707631733	-0.016446621218	0.131337579073	7.64291462685	30.393840219	22.022984517
2	1.92824558054	0.0586668756732	0.878596462112	1.76364551784	0.234439911477	0.753687589621	0.015674303346	-0.0425220937389	0.0662154297599	-0.0188664202504	-0.0399065729162	-0.128512651294	-0.0486519594096	-0.0456531084987	0.03510763606	0.133384477081	-0.00958950353689	0.0389041174311	0.132035457964	-0.00783311876667	0.0960938481765	8.25345139226	38.1570725505	-2.29106347659
3	0.402270156893	0.0449209195126	0.148463236595	1.74795088728	-0.242083110374	0.350488006895	0.0306038246775	-0.0570171398985	-0.029218331965	0.0631780216776	-0.0260071880484	-0.0815113517538	0.00161157970731	-0.0493295862549	-0.00208131133973	0.135356798344	0.00361173729388	0.0133230450225	0.194664517644	-0.0361350425814	0.127911079094	8.62209302013	12.8938530287	-3.83042648682
4	2.83221906996	1.38542247839	0.172085650344	2.8047448309	-0.0198899838327	0.0551495674433	-0.0155473383128	-0.0347375348454	-0.22375316685	-0.183844381798	0.0235401090569	-0.573244126904	0.0345814654517	0.150223059888	-0.0148211887254	0.145014506067	0.00963096027441	0.0378945440275	0.194547263708	-0.00635181217362	0.227455875845	21.6417926877	7.40789311514	-5.72733522631
5	0.197169622396	-0.0584769209074	0.142599603167	2.25310761647	0.158282361748	0.198054704406	0.0516718066233	0.0907116814265	-0.0291414189074	-0.328201916075	-0.0215437042508	-0.291706524621	-0.0317003411106	0.0108476114121	-0.0270845679809	0.194447262985	-0.0118729608718	0.0558553893695	0.208661072572	-0.0315379229061	0.142814270527	13.7121272576	19.8845040364	-12.3087936244
6	4.729050727	-0.82628212622	1.52843394023	2.1259264748	-0.671660677598	2.54515556722	-0.0453852463785	0.473466414757	0.249292377995	-0.0391826926111	-0.0781965313463	-0.694651035046	-0.11110754706	0.340505721344	0.126609311183	0.226496985844	-0.0263063990992	0.0495634795571	0.121003435874	-0.0571444725844	0.310040698646	24.472976495	35.4020894177	-4.36277977477
7	2.89852407618	-0.446109634337	0.201237218198	0.962848303429	0.376647865452	3.57223188956	-0.0957844980723	-0.404756870959	-0.123060491224	0.402483998619	0.108805550874	-0.573554075672	-0.0134352563405	0.192178975077	-0.0208379258846	0.282532134674	-0.0160333394509	-0.171881899671	0.231897886533	0.00755458506233	0.454461934379	30.5364173594	24.5766267078	11.6769573513
8	2.19431926811	-0.449723396226	0.295674804936	1.96792848782	-0.110116786172	1.37303764102	-0.0138659826009	-0.218804769731	-0.0356440371612	0.408906008778	-0.042559416705	-0.82384483458	0.024144376051	0.169365716465	0.0496586022194	0.224805252396	-0.00816572197013	-0.0913615032512	0.217816634961	-0.0262222237895	0.388684259728	28.2222444617	31.5698558304	9.27208346167
9	5.56090999227	0.389272565944	-2.8958315709	2.52667766653	2.28202990686	3.97740848384	0.0855331646987	0.375570558667	0.159606759193	-0.510054962596	-0.0843655373402	0.213287726453	-0.267506017126	-0.172783269205	-0.00927222626848	0.317102505437	0.0308738389263	-0.0725863917095	0.203581956478	-0.0290733221954	0.108012442492	-5.50660354925	30.0018674205	-21.5008641272
10	1.60937966942	-0.057320050504	0.728563920263	1.25371316137	-0.166698152999	0.766967775084	-0.0110714318704	0.0441313303152	0.125253462626	0.0546403939417	-0.020219395202	0.0728070117485	-0.153220879324	0.0359373296292	0.0182841828941	0.151679582881	0.0199942240667	0.0263516043919	0.146505979953	-0.0516633886466	0.0970036725417	-5.8684126559	38.1822543663	2.42605926537
11	0.67187156121	-0.141305495002	-0.166298030078	1.83435018678	0.2900272712	1.11786308263	-0.00415751192321	0.00835726556096	-0.0147531449883	0.10909159848	0.0415978875847	0.165329273565	-0.109344537973	-0.0162929555153	-0.0230282183855	0.155390534268	0.000597809168269	0.0223384680249	0.166534451731	-0.0168634002772	0.117956714171	-6.30667120664	12.9972864327	3.73495321321
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16	1.80983243123	0.813006911413	0.320377231363	2.10234987743	-0.484412762545	0.965577039468	0.0419725727451	0.157781001988	0.0304841084874	-0.355825656477	-0.0931871755231	0.670162467227	-0.0727086997383	-0.211710499624	0.0703316672057	0.159235059823	0.0204500911548	-0.0794330629664	0.225626233651	-0.0276870899922	0.378710067254	-26.0376401907	31.5026595313	-9.47927386686

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 28 through 97 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 98 through 170 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 171 through 219 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 220 through 302 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 303 through 342 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 343 through 377 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 378 through 419 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 4 through 27 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 28 through 97 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 98 through 170 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 171 through 219 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 220 through 302 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 303 through 342 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 343 through 377 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 378 through 420 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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