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- PDB-6rl5: The first crystal structure of the DABA aminotransferase EctB in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rl5
タイトルThe first crystal structure of the DABA aminotransferase EctB in the ectoine biosynthesis pathway of the model organism Chromohalobacter salexigens DSM 3034
要素Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
キーワードTRANSFERASE / Ectoine / DABA aminotransferase / osmoadaptation
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminobutyrate-pyruvate transaminase activity / diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase activity / ectoine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Ectoine biosynthetic protein / 2,4-diaminobutyrate 4-transaminase / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromohalobacter salexigens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Hillier, H.T. / Altermark, B. / Leiros, I.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of the tetrameric DABA-aminotransferase EctB, a rate-limiting enzyme in the ectoine biosynthesis pathway.
著者: Hillier, H.T. / Altermark, B. / Leiros, I.
履歴
登録2019年5月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
B: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
C: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
D: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
E: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
F: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
G: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
H: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,66616
ポリマ－376,6898
非ポリマー1,9778
水5,585310
1
A: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
B: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
C: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
D: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,3338
ポリマ－188,3454
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27720 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area47550 Å2
手法PISA
2
E: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
F: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
G: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
H: Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,3338
ポリマ－188,3454
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27850 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area47200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.055, 124.782, 145.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminase / DABA aminotransferase / Diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase / L-2 / 4-diaminobutyric ...DABA aminotransferase / Diaminobutyrate--2-oxoglutarate aminotransferase / L-2 / 4-diaminobutyric acid transaminase


分子量: 47086.125 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Synthetic construct containing a 6xHIS C-terminal purification tag
由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (strain DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768) (バクテリア)
株: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / 遺伝子: ectB, Csal_1877 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21*(DE3)
参照: UniProt: Q9ZEU7, diaminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium malonate, 0.1M BisTris propane pH 6.5, 30% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.99187 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月26日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si (111) silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99187 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→49.073 Å / Num. obs: 136967 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 6796 / Rpim(I) all: 1.07 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1sf2

1sf2


解像度: 2.45→49.073 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 2703 1.97 %
Rwork0.1849 --
obs0.1861 136907 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→49.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25722 0 120 310 26152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00926404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99835668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0916241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064701
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.49460.37521340.34937058X-RAY DIFFRACTION100
2.4946-2.54250.38691310.3317105X-RAY DIFFRACTION100
2.5425-2.59440.38131410.32567047X-RAY DIFFRACTION99
2.5944-2.65080.33641510.30447054X-RAY DIFFRACTION99
2.6508-2.71250.37711340.30336841X-RAY DIFFRACTION96
2.7125-2.78030.33631540.28577100X-RAY DIFFRACTION99
2.7803-2.85550.36111540.27167060X-RAY DIFFRACTION100
2.8555-2.93950.31571390.25277085X-RAY DIFFRACTION100
2.9395-3.03440.3151480.25437131X-RAY DIFFRACTION100
3.0344-3.14280.31091590.23467085X-RAY DIFFRACTION99
3.1428-3.26860.31761290.22967035X-RAY DIFFRACTION99
3.2686-3.41730.28871480.21466971X-RAY DIFFRACTION98
3.4173-3.59750.2431430.18597082X-RAY DIFFRACTION99
3.5975-3.82280.23811360.15587125X-RAY DIFFRACTION99
3.8228-4.11780.2211350.1437050X-RAY DIFFRACTION98
4.1178-4.53190.17681300.13356967X-RAY DIFFRACTION97
4.5319-5.18710.181490.13187138X-RAY DIFFRACTION99
5.1871-6.53270.22471340.16677066X-RAY DIFFRACTION98
6.5327-49.08330.18011540.1417204X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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