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Yorodumi- PDB-6wop: Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase PuuE fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wop | ||||||
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Title | Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase PuuE from Acinetobacter baumannii | ||||||
Components | 4-aminobutyrate transaminase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES | ||||||
Function / homology | Function and homology information 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase / 4-aminobutyrate:2-oxoglutarate transaminase activity / gamma-aminobutyric acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of gamma-aminobutyrate aminotransferase PuuE from Acinetobacter baumannii Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wop.cif.gz | 390.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wop.ent.gz | 279.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wop.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wop_validation.pdf.gz | 457.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wop_full_validation.pdf.gz | 465.8 KB | Display | |
Data in XML | 6wop_validation.xml.gz | 41.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6wop_validation.cif.gz | 64.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6wop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6wop | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1sffS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45967.270 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (bacteria) Strain: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81 Gene: gabT, HMPREF0010_02436 / Plasmid: pMCSG68SBPTEV / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): -Magic References: UniProt: D0CCF6, 4-aminobutyrate-2-oxoglutarate transaminase #2: Chemical | ChemComp-TAR / #3: Chemical | ChemComp-CL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.46 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 20% (w/v) PEG3350, 0.2M potassium sodium tartrate, 5 mM Glutamic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Aug 11, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→20 Å / Num. obs: 84930 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 8 % / Biso Wilson estimate: 21.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 20.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 4194 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.272 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1SFF Resolution: 1.85→19.96 Å / SU ML: 0.1797 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.906 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.96 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→19.96 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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