PDB-6wo6: Structure of RavA (lpp0008) E38A/K39A surface entropy reduction mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wo6

タイトル

Structure of RavA (lpp0008) E38A/K39A surface entropy reduction mutant

要素

RavA

キーワード

CELL INVASION / Legionella pneumophila Effector

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Legionella pneumophila str. Paris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Cygler, M. / Chung, I.Y.W.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2021
タイトル: Structural and functional study of Legionella pneumophila effector RavA.
著者: Chung, I.Y.W. / Li, L. / Tyurin, O. / Gagarinova, A. / Wibawa, R. / Li, P. / Hartland, E.L. / Cygler, M.

履歴

登録	2020年4月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wo6.cif.gz	296.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wo6.ent.gz	216.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wo6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wo6_validation.pdf.gz	428.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wo6_full_validation.pdf.gz	430.9 KB	表示
XML形式データ	6wo6_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	6wo6_validation.cif.gz	30.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6wo6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/6wo6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6sa6-d 5j6p-d 2bez-1 2xt4-d 2xt2-d 5dra-1 4ywt-1 4bwe-1 3lnr-1 4ywt-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RavA

B: RavA

74.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RavA

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RavA

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.460, 62.670, 286.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁
Space group name Hall	P2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-413- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 1 through 25 or (resid 26...	A	1 - 327
2	1	1	(chain 'B' and (resid 1 through 15 or (resid 16...	B	1 - 327

#1: タンパク質	RavA 分子量: 37289.211 Da / 分子数: 2 / 変異: E38A/K39A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila str. Paris (バクテリア) 遺伝子: D1H98_04490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A6VZ03
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 8000 and 15% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→47.82 Å / Num. obs: 22566 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 63.55 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.96
反射シェル	解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 3.82 % / Num. unique obs: 1679 / CC_1/2: 0.835 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→47.82 Å / SU ML: 0.3471 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.2982

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	1129	5.01 %
R_work	0.2025	-	-
obs	0.2039	22555	94.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5070	0	0	36	5106

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	5154
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5348	6974
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0385	799
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	933
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.4691	1892

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.93	0.3561	140	0.3034	2660	X-RAY DIFFRACTION	96.49
2.93-3.08	0.3507	142	0.2691	2689	X-RAY DIFFRACTION	96.23
3.08-3.27	0.3182	140	0.2621	2663	X-RAY DIFFRACTION	95.93
3.27-3.53	0.3025	141	0.2466	2674	X-RAY DIFFRACTION	95.65
3.53-3.88	0.2263	141	0.2028	2677	X-RAY DIFFRACTION	95.17
3.88-4.44	0.201	139	0.1724	2638	X-RAY DIFFRACTION	93.69
4.44-5.6	0.1895	140	0.1774	2671	X-RAY DIFFRACTION	93.11
5.6-47.82	0.1824	146	0.1739	2754	X-RAY DIFFRACTION	90.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.28843137085	-2.07943625839	-2.20839194423	2.3272355659	1.18666025459	4.6772725619	0.190238358613	0.571228596347	0.135754570718	-0.118781821189	-0.00618725787569	-0.111013365935	-0.128124089399	0.28826052802	-0.112292190927	0.421640482569	0.0177144700313	0.0491449090231	0.731424075638	-0.0213062206815	0.455015413368	54.4022803221	6.30348621704	-25.8032873845
2	5.50625673739	-1.04015705772	-3.98223860558	0.760286864602	-0.0670664037978	2.55487559732	0.348570359629	0.494931213354	0.734815484325	-0.166864031168	0.0520596459124	-0.160160410387	-0.557490175195	-0.109155929625	-0.370764164152	0.66153366092	-0.00836708773747	0.10731523898	0.705553255079	-0.0348308945183	0.640311347182	42.5646201914	16.2029020515	-17.2657137901
3	0.521938440172	0.126025788225	-1.87699805045	0.860272584422	0.0578264508055	5.81485794112	0.182539527183	0.050238347031	0.101867819638	-0.0105422167578	-0.0346612922243	0.0393411288134	-0.310905440789	-0.210942908493	-0.129616767071	0.321138209305	-0.00369339194418	-0.00278572513691	0.586837018714	-0.0749406985189	0.405488041425	23.9404199068	10.5409173169	7.50052793814
4	3.65601358336	-0.513697142752	-0.294953026955	3.59670109641	0.133012536789	5.76900158241	0.165766546589	-0.142352768654	0.119102908809	0.715781944431	-0.109183609991	0.408655331681	-0.166140536768	-0.534526441794	-0.00882710413894	0.483188581954	-0.115050416086	0.0948058541021	0.480569880914	-0.0808413718663	0.457043661084	14.9351049202	14.539897177	39.1645978366
5	4.03855838352	-1.81783476599	2.10251223108	6.59628860106	-2.12247298014	6.16418229911	0.0830860301505	-0.0385848218495	-0.50107409493	-0.367094294732	0.0785526633562	-0.468032777466	1.10027745478	0.293389540812	-0.191154674001	0.724026856804	0.0556709591035	0.0482507537662	0.352041532321	0.0409611442719	0.756425859582	48.8143809219	-25.2599130903	92.9368793981
6	5.48015680473	-2.04010773138	3.32456332213	8.4426083327	-1.18608300361	6.05092212726	0.246566821391	-0.56291474512	-0.825447282712	0.061669172286	0.451313783864	0.431998461338	0.809761590242	-1.15041099321	-0.36774225861	0.50642062473	-0.0694859494432	0.036979770171	0.488763222653	0.0908405270693	0.606597356493	38.6120455931	-17.7344677147	91.7901040104
7	3.14174112741	-1.68033389019	0.0590706549343	5.07774552661	-1.73797473955	3.59424124664	0.133928513728	-0.285753822384	-0.271459663192	0.503215989624	0.119273774649	0.125995590132	0.0743526985222	-0.487085725093	-0.133593333363	0.605689126443	-0.0285956904693	0.108628892906	0.423411979672	0.0418900126577	0.566055077631	40.2768647675	-4.17471408417	86.8047359717
8	0.485424682794	-0.306902377389	0.711504989311	3.34506311295	-3.89631860516	4.89247951258	-0.163166011188	-0.117081005332	-0.0293810881599	0.27841361412	0.169699734762	0.210352902364	-0.223388859083	-0.479883159356	-0.00282507490921	0.392407678763	0.0597932281049	0.0327862865737	0.310869899031	-0.00358884361099	0.38143115714	40.0903841676	11.5043318036	71.6911115445
9	6.38564908234	0.439060449725	1.98730445923	2.50654075031	-1.24326526492	5.39559218732	-0.292922106704	0.904344715635	1.09806074112	-0.56683892707	0.104023501144	0.223293328327	-0.532735591973	0.111340785449	0.0726775367272	0.613289798064	-0.0630592667256	-0.0408628077026	0.435448379077	0.107540300838	0.570471562784	35.1794004915	26.7465569779	45.3325263854

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 128 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 129 through 243 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 244 through 328 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 51 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 52 through 93 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 94 through 128 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 129 through 224 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 225 through 327 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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