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- PDB-6wnv: 70S ribosome without free 5S rRNA and with a perturbed PTC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wnv
タイトル70S ribosome without free 5S rRNA and with a perturbed PTC
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S ribosomal RNA
  • 23s-5s joint ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / 23S-cp5S rRNA / engineering
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / translational initiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site ...Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Loveland, A.B. / Korostelev, A.A. / Mankin, A.S. / Huang, S. / Aleksashin, N.A. / Klepacki, D. / Reier, K. / Kefi, A. / Szal, A. / Remme, J. ...Loveland, A.B. / Korostelev, A.A. / Mankin, A.S. / Huang, S. / Aleksashin, N.A. / Klepacki, D. / Reier, K. / Kefi, A. / Szal, A. / Remme, J. / Jaeger, L. / Vazquez-Laslop, N.
資金援助 米国, Estonia, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127134 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127094 米国
Estonian Research CouncilPUT669 Estonia
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)80NSSC17K0031 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Ribosome engineering reveals the importance of 5S rRNA autonomy for ribosome assembly.
著者: Shijie Huang / Nikolay A Aleksashin / Anna B Loveland / Dorota Klepacki / Kaspar Reier / Amira Kefi / Teresa Szal / Jaanus Remme / Luc Jaeger / Nora Vázquez-Laslop / Andrei A Korostelev / Alexander S Mankin /
要旨: 5S rRNA is an indispensable component of cytoplasmic ribosomes in all species. The functions of 5S rRNA and the reasons for its evolutionary preservation as an independent molecule remain unclear. ...5S rRNA is an indispensable component of cytoplasmic ribosomes in all species. The functions of 5S rRNA and the reasons for its evolutionary preservation as an independent molecule remain unclear. Here we used ribosome engineering to investigate whether 5S rRNA autonomy is critical for ribosome function and cell survival. By linking circularly permutated 5S rRNA with 23S rRNA we generated a bacterial strain devoid of free 5S rRNA. Viability of the engineered cells demonstrates that autonomous 5S rRNA is dispensable for cell growth under standard conditions and is unlikely to have essential functions outside the ribosome. The fully assembled ribosomes carrying 23S-5S rRNA are highly active in translation. However, the engineered cells accumulate aberrant 50S subunits unable to form stable 70S ribosomes. Cryo-EM analysis revealed a malformed peptidyl transferase center in the misassembled 50S subunits. Our results argue that the autonomy of 5S rRNA is preserved due to its role in ribosome biogenesis.
履歴
登録2020年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21857
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: 50S ribosomal protein L2
c: 50S ribosomal protein L3
d: 50S ribosomal protein L4
e: 50S ribosomal protein L5
f: 50S ribosomal protein L6
g: 50S ribosomal protein L9
h: 50S ribosomal protein L10
i: 50S ribosomal protein L11
j: 50S ribosomal protein L13
k: 50S ribosomal protein L14
l: 50S ribosomal protein L15
n: 50S ribosomal protein L17
o: 50S ribosomal protein L18
p: 50S ribosomal protein L19
q: 50S ribosomal protein L20
r: 50S ribosomal protein L21
s: 50S ribosomal protein L22
t: 50S ribosomal protein L23
u: 50S ribosomal protein L24
v: 50S ribosomal protein L25
w: 50S ribosomal protein L27
x: 50S ribosomal protein L28
y: 50S ribosomal protein L29
z: 50S ribosomal protein L30
A: 50S ribosomal protein L31
B: 50S ribosomal protein L32
D: 50S ribosomal protein L34
E: 50S ribosomal protein L35
F: 50S ribosomal protein L36
G: 30S ribosomal protein S2
H: 30S ribosomal protein S3
I: 30S ribosomal protein S4
J: 30S ribosomal protein S5
K: 30S ribosomal protein S6
L: 30S ribosomal protein S7
M: 30S ribosomal protein S8
N: 30S ribosomal protein S9
O: 30S ribosomal protein S10
P: 30S ribosomal protein S11
Q: 30S ribosomal protein S12
R: 30S ribosomal protein S13
S: 30S ribosomal protein S14
T: 30S ribosomal protein S15
U: 30S ribosomal protein S16
V: 30S ribosomal protein S17
W: 30S ribosomal protein S18
X: 30S ribosomal protein S19
Y: 30S ribosomal protein S20
Z: 30S ribosomal protein S21
a: 50S ribosomal protein L1
3: 16S ribosomal RNA
4: 23s-5s joint ribosomal RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,147,11752
ポリマ－2,147,11752
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 bcdefghijklnopqrstuvwxyzABDEFa

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60422
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60438
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60723
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P62399
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG55
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R1
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / 50S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL10


分子量: 14112.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7J3
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7J7
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AA10
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY3
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02413
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG44
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0C018
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L3
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG48
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61175
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60624
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68919
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 8174.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L8
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M2
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M6
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG51
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 7887.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M9
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N4
#27: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7P5
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q6
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL1


分子量: 23735.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L0

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#30: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 25015.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V0
#31: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG59
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG63
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679

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RNA鎖 , 2種, 2分子 34

#51: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1126835768
#52: RNA鎖 23s-5s joint ribosomal RNA


分子量: 982729.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Engineered 23S rRNA with inserted circularly permuted 5S rRNA
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S ribosome without free 5S rRNA and with perturbed PTC
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 2.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS TALOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
10cisTEM1.0.0-beta初期オイラー角割当
11FREALIGN9.11初期オイラー角割当
12cisTEM1.0.0-beta最終オイラー角割当
13FREALIGN9.11最終オイラー角割当
14FREALIGN9.11分類
15FREALIGN9.11３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 489732
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9620 / 対称性のタイプ: POINT
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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