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- PDB-6wmi: ZNF410 zinc fingers 1-5 with 17 mer blunt DNA Oligonucleotide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wmi
タイトルZNF410 zinc fingers 1-5 with 17 mer blunt DNA Oligonucleotide
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*G)-3')
  • Zinc finger protein 410
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / transcription factor / Zinc finger / Complex / DNA / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription coregulator activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / chromosome / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein 410
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Ren, R. / Horton, J.R. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: ZNF410 Uniquely Activates the NuRD Component CHD4 to Silence Fetal Hemoglobin Expression.
著者: Lan, X. / Ren, R. / Feng, R. / Ly, L.C. / Lan, Y. / Zhang, Z. / Aboreden, N. / Qin, K. / Horton, J.R. / Grevet, J.D. / Mayuranathan, T. / Abdulmalik, O. / Keller, C.A. / Giardine, B. / ...著者: Lan, X. / Ren, R. / Feng, R. / Ly, L.C. / Lan, Y. / Zhang, Z. / Aboreden, N. / Qin, K. / Horton, J.R. / Grevet, J.D. / Mayuranathan, T. / Abdulmalik, O. / Keller, C.A. / Giardine, B. / Hardison, R.C. / Crossley, M. / Weiss, M.J. / Cheng, X. / Shi, J. / Blobel, G.A.
履歴
登録2020年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein 410
D: Zinc finger protein 410
B: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,91518
ポリマ－56,1366
非ポリマー77812
水2,468137
1
A: Zinc finger protein 410
E: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4579
ポリマ－28,0683
非ポリマー3896
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5870 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13140 Å2
手法PISA
2
D: Zinc finger protein 410
B: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4579
ポリマ－28,0683
非ポリマー3896
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.257, 186.257, 46.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Space group name HallP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Zinc finger protein 410 / Another partner for ARF 1 / Zinc finger protein APA-1


分子量: 17656.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZNF410, APA1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86VK4

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*G)-3')


分子量: 5139.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*GP*AP*TP*GP*TP*G)-3')


分子量: 5272.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 149分子

#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium formate, 20% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→41.92 Å / Num. obs: 47241 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 51.45 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4697 / CC1/2: 0.498 / CC star: 0.815 / Rpim(I) all: 0.82 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.75→41.92 Å / SU ML: 0.3211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5442
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1941 2365 5.01 %
Rwork0.1591 --
obs0.1609 47202 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→41.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2266 1382 18 137 3803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00473882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6835508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384583
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004475
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.47471506
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.810.33241300.30552599X-RAY DIFFRACTION99.85
2.81-2.870.31151380.28292643X-RAY DIFFRACTION99.89
2.87-2.940.32721340.28312725X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.010.30411370.27022542X-RAY DIFFRACTION99.96
3.01-3.090.38091380.2732665X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.180.23481380.20282626X-RAY DIFFRACTION99.96
3.18-3.280.17481420.15932644X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.40.18341360.13792661X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.540.24041460.15032641X-RAY DIFFRACTION100
3.54-3.70.27141440.16772629X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.890.16241400.1462668X-RAY DIFFRACTION100
3.89-4.140.19051420.13732598X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.460.1681420.12812635X-RAY DIFFRACTION99.96
4.46-4.90.15631460.13522643X-RAY DIFFRACTION99.96
4.9-5.610.15561380.12162638X-RAY DIFFRACTION99.93
5.61-7.060.15981370.13662644X-RAY DIFFRACTION99.86
7.07-41.920.11321370.12842636X-RAY DIFFRACTION99.46
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.056962846660.873549621372-5.259000762126.396960960750.3517464242417.43043701045-0.2335951190180.651985586995-0.424790419428-1.05996308216-0.180386393352-0.644448458560.4554021475560.5738422641240.3394916506240.4241274299470.1023629765780.05573667046790.801444041236-0.02544287848360.38631032636-20.858911893266.4672728273-19.0451996392
22.98227209208-1.42573798873-0.9649902696887.297668014311.644987810145.735511304150.1053681227930.4002951566930.381950911084-0.416816972893-0.0091511683385-0.907208693294-0.6675317368670.718845763292-0.008142355477320.324035252066-0.1555340531960.04691904294640.7129919534750.03362858688130.354889943112-20.203367318986.1376974389-8.68987755431
32.05676020114.23433806236-5.600082517555.55437083646-3.273880927972.017933136860.1823766884-0.1548881771820.4434832248960.2918063188320.3138369719550.195106490686-0.3304441002830.0277866555524-0.6166351367090.314324130814-0.0829404966446-0.02662323117090.629540644935-0.01702942484370.321944695063-26.035801752583.304239633912.6136287444
44.64499769406-4.03149875512-0.9387155749542.099326014790.6496229099682.10724622785-0.513055734887-0.305895294586-0.7183301348090.2054805812720.486482733930.108726312790.694449586124-0.0607203502703-0.06953138173330.486993358457-0.006425332662720.01524520304090.6070185874820.04880987106050.410325153968-17.833616882666.406067744513.3891248386
59.99249195734-0.623093079629-4.956973125042.009375022032.959100434697.25553008308-0.465458087620.64054897744-1.70370538819-0.736308578997-0.188474635103-1.317442417241.03148186951.115504976580.6127553874950.5617519347020.1865428524740.09021781107391.0544009544-0.01307594686670.728244877871-7.697612378664.20591561577.30734315634
62.031711378420.203032484769-1.795864446670.0633876864127-0.261086276711.76157369023-0.6669798243390.954670858887-0.565385169935-0.377248442987-0.109907144269-0.904571641424-0.009878539499680.4518136308920.6828467427820.4317240833810.0753233417671-0.01324509656011.712604312090.1709233720441.378850891285.2823352963772.15486054973.26850304012
70.425175738423-2.01106615306-1.107293979.512074611945.251304620562.89722412704-0.7662429776661.02900830027-0.677922995709-0.2547871582951.08486751997-3.11720379418-1.46173176412.25592521937-0.3305210996770.756200095259-0.386656274524-0.21310288681.871037418640.303768647781.413812372985.4601811980980.72051867326.97501462239
88.623927796725.46267252319-5.358026187262.08189254489-4.106796289533.634654762340.0792615488407-0.437411723517-0.5017238991590.684855126853-0.238559038488-0.1202339895830.2288709144580.006562335240180.1829826321140.575985808108-0.0627791575463-5.19534236507E-50.53809690075-0.004751029204550.281447916213-40.930454552257.026786779529.2131831746
97.20409851667-5.003281283563.003080785556.68898037484-3.426768903477.49732401630.0103387630544-0.35269857177-0.4239187927470.2208254167180.250334757950.5836212706390.0587932163143-0.749007698785-0.2371718220690.321524583203-0.1930018811250.04105808357570.445822886531-0.05274892005140.301508365206-56.968562728868.261737595718.5968940219
109.760818115241.42002073219-2.261459655765.836775962760.3862997392957.557464473210.3074561517660.2635041288570.711730838169-0.760273383545-0.331560257856-0.0518812774645-0.8059575415480.01504885261940.01819367584830.354519080124-0.0699929879662-0.0592481104090.4997028249430.1476078956940.381323564201-49.64087375572.168610084-2.38280238645
117.34221589529-4.75736377712-2.579971309919.636147823571.88670163025.75027214309-0.1497692136520.243184843564-0.349848737764-0.1257247003190.0134211656042-0.1284822697640.6300296049210.3680626482210.113996031370.365953950718-0.1505795307820.009777433690060.440946268424-0.06383239840770.268330725936-44.164417628857.2078474055-2.76972608316
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 217 through 244 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 245 through 274 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 275 through 292 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 293 through 322 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 323 through 334 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 335 through 350 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 351 through 362 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 217 through 244 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 245 through 274 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 275 through 284 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 285 through 322 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 323 through 350 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 351 through 362 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1 through 5 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 6 through 17 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 5 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 6 through 10 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 11 through 15 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 16 through 17 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 1 through 5 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 6 through 17 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 1 through 5 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 6 through 10 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 11 through 15 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 16 through 17 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る