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- PDB-6wko: Structure of an influenza C virus hemagglutinin-esterase-fusion (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wko
タイトルStructure of an influenza C virus hemagglutinin-esterase-fusion (HEF2) intermediate
要素Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / viral fusion / fusion intermediate / influenza C virus / hemagglutinin-esterase-fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...sialate 9-O-acetylesterase activity / sialate 4-O-acetylesterase activity / sialate O-acetylesterase / viral budding from plasma membrane / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin stalk, influenza C / Influenza C hemagglutinin stalk / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, haemagglutinin domain / Haemagglutinin-esterase glycoprotein, core / Hemagglutinin domain of haemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / Hemagglutinin esterase / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza C virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.401 Å
データ登録者Serrao, V.H.B. / Lee, J.E.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2019-057 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-115066 カナダ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Snapshot of an influenza virus glycoprotein fusion intermediate.
著者: Serrao, V.H.B. / Cook, J.D. / Lee, J.E.
履歴
登録2020年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2922
ポリマ－10,2571
非ポリマー351
水724
1
A: Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8766
ポリマ－30,7703
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_455y-1/2,-z+1/2,-x1
Buried area6510 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area15460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.142, 65.142, 65.142
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

CL

21A-703-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin-esterase-fusion glycoprotein / HEF


分子量: 10256.511 Da / 分子数: 1 / 変異: C583S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
株: C/Johannesburg/1/1966 / 遺伝子: HEF, HE / プラスミド: pET46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8E060, sialate O-acetylesterase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: 85 mM tri-sodium citrate pH 5.6, 29.75% (v/v) tert-butanol and 15% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9397 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9397 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→65.14 Å / Num. obs: 3791 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.6 % / Biso Wilson estimate: 60.02 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.4-2.4921.61.8963910.7620.4141.941100
8.98-65.1416.50.0439110.010.04499.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.11.1-2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DIALS1.12.0データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NKJ chain A

4nkj


解像度: 2.401→46.062 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.51
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2546 191 5.06 %Random selection
Rwork0.1971 ---
obs0.2002 3776 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 164.77 Å2 / Biso mean: 77.2259 Å2 / Biso min: 36.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.401→46.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数662 0 1 4 667
Biso mean--92.98 57.27 -
残基数----90
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.972906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.427406
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2546 191 -
Rwork0.1971 3585 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0621-2.10691.27011.7774-2.38627.02010.31761.2309-0.4206-0.3427-0.36052.89632.5292-1.2287-0.15360.8496-0.30010.12841.1132-0.13160.9856-40.9392-1.910632.0954
25.37020.5408-1.66975.4129-1.78258.6358-0.37850.75350.3381-0.60040.48360.07820.0582-0.7189-0.13770.4865-0.0095-0.01020.53450.03660.579-29.57468.895320.7786
31.808-1.66760.92185.5606-5.68036.23690.20122.2224-0.1285-1.38682.67362.89370.9084-0.6887-2.78350.6659-0.1727-0.12390.9630.23360.7481-19.193316.56068.9859
44.12753.7338-3.87133.6615-3.67763.7859-0.16261.306-1.8177-1.9022-0.0052-0.21080.0174-0.02610.22610.6301-0.091-0.0120.6454-0.06210.5985-10.615221.92083.1628
54.93814.70011.75125.7744-0.52684.3276-0.7006-1.1250.4295-0.9921-0.10750.308-0.7211-0.78590.80090.4149-0.0718-0.04030.51870.02630.6392-3.838528.9127-3.0922
65.61920.40294.69548.3183-1.05774.1040.27110.98340.5297-1.00210.10970.08470.72790.69890.00310.58380.03250.0530.5402-0.05140.3774.251734.9247-12.1393
74.79412.9186-5.32584.9741-1.41997.0548-0.8152.7678-0.9236-1.3450.3523-1.3571-0.08020.62010.67110.5065-0.040.03120.8462-0.06480.861713.141133.6966-11.9925
85.2774.1169-2.91144.6269-0.46953.65631.7060.3934-0.80421.079-1.6053-0.76180.01380.7243-0.35920.80720.0014-0.02420.75550.01780.87697.67524.944-6.8788
99.29287.16215.25455.54124.09373.1121-1.36471.202-1.4556-1.75981.2284-0.6943-2.415-0.8788-0.16011.39180.235-0.18760.8331-0.15510.9113-0.184218.6012-2.7869
105.41453.9559-3.3989.31871.55924.651-0.8699-2.35051.02030.53030.52170.04841.7021.30290.62141.07720.3351-0.23091.09290.06461.086-2.983929.0477-16.4654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 496:501)A496 - 501
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 502:520)A502 - 520
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 521:525)A521 - 525
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 526:535)A526 - 535
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 536:541)A536 - 541
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 542:552)A542 - 552
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 553:561)A553 - 561
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 562:569)A562 - 569
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 570:576)A570 - 576
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 577:585)A577 - 585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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