ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.18rc5-3822 | 精密化 | PDB_EXTRACT | 3.25 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | XDS | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3F2Q 解像度: 3.8→41.79 Å / SU ML: 0.77 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.93
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.3275 | 258 | 4.57 % |
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Rwork | 0.2701 | - | - |
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obs | 0.2724 | 5642 | 97.51 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 239.41 Å2 / Biso mean: 131.2073 Å2 / Biso min: 80.33 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.8→41.79 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 2342 | 5 | 0 | 2347 |
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Biso mean | - | - | 111.47 | - | - |
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残基数 | - | - | - | - | 109 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.002 | 2627 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.846 | 4097 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d20.311 | 1305 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.083 | 545 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.002 | 109 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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3.8-3.94 | 0.3551 | 27 | 0.395 | 531 | 558 | 99 | 3.94-4.09 | 0.3839 | 38 | 0.3402 | 526 | 564 | 99 | 4.09-4.28 | 0.5276 | 20 | 0.3212 | 504 | 524 | 98 | 4.28-4.5 | 0.466 | 31 | 0.3358 | 550 | 581 | 98 | 4.51-4.79 | 0.2791 | 13 | 0.2785 | 514 | 527 | 97 | 4.79-5.15 | 0.326 | 36 | 0.2614 | 549 | 585 | 99 | 5.16-5.67 | 0.3242 | 28 | 0.2183 | 524 | 552 | 99 | 5.67-6.49 | 0.2721 | 21 | 0.1971 | 540 | 561 | 97 | 6.49-8.17 | 0.2683 | 21 | 0.1949 | 556 | 577 | 96 | 8.18-41.79 | 0.294 | 23 | 0.2896 | 590 | 613 | 95 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.504 Å / Origin y: -15.607 Å / Origin z: -30.141 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 | - | 0 Å2 | 0 Å2 | - | - | 0 Å2 |
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L | 0 °2 | 0 °2 | 0 °2 | - | 0 °2 | 0 °2 | - | - | 0 °2 |
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S | 0 Å ° | 0 Å ° | 0 Å ° | 0 Å ° | 0 Å ° | 0 Å ° | 0 Å ° | 0 Å ° | 0 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: ( CHAIN X AND RESID 1:109 ) |
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