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- PDB-6wjs: Apo structure of the FMN riboswitch aptamer domain in the presenc... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wjs | ||||||
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Title | Apo structure of the FMN riboswitch aptamer domain in the presence of phosphate | ||||||
![]() | RNA (112-MER) | ||||||
![]() | RNA / riboswitch / RNA conformation / apo | ||||||
Function / homology | PHOSPHATE ION / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wilt, H.M. / Wang, Y.-X. / Stagno, J.R. | ||||||
![]() | ![]() Title: FMN riboswitch aptamer symmetry facilitates conformational switching through mutually exclusive coaxial stacking configurations. Authors: Wilt, H.M. / Yu, P. / Tan, K. / Wang, Y.X. / Stagno, J.R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 131.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 103.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6wjrC ![]() 3f2qS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 36229.492 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-PO4 / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.81 Å3/Da / Density % sol: 67.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 0.1 M SPG (succinic acid, sodium phosphate monobasic monohydrate, glycine; 2:7:7 ratio), pH 9.0, and 25 % PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 17, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.60747 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.8→41.79 Å / Num. obs: 5669 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 3.09 % / Biso Wilson estimate: 133.182 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rrim(I) all: 0.177 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 5.16 / Num. measured all: 17520 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3F2Q Resolution: 3.8→41.79 Å / SU ML: 0.77 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.93
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 239.41 Å2 / Biso mean: 131.2073 Å2 / Biso min: 80.33 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.8→41.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 11.504 Å / Origin y: -15.607 Å / Origin z: -30.141 Å
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Refinement TLS group | Selection details: ( CHAIN X AND RESID 1:109 ) |