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万見
- PDB-6wi7: RING1B-BMI1 fusion in closed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wi7
タイトルRING1B-BMI1 fusion in closed conformation
要素E3 ubiquitin-protein ligase RING2, Polycomb complex protein BMI-1 chimera
キーワードLIGASE / E3 ubiquitin ligase / Ring1b / Bmi1
機能・相同性
機能・相同性情報


: / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / segment specification / rostrocaudal neural tube patterning / ubiquitin-protein transferase activator activity / somatic stem cell division / embryonic skeletal system morphogenesis / PcG protein complex ...: / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / RING-like zinc finger domain binding / PRC1 complex / segment specification / rostrocaudal neural tube patterning / ubiquitin-protein transferase activator activity / somatic stem cell division / embryonic skeletal system morphogenesis / PcG protein complex / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / negative regulation of gene expression, epigenetic / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Transcriptional Regulation by E2F6 / negative regulation of apoptotic signaling pathway / humoral immune response / hemopoiesis / MLL1 complex / heterochromatin / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / ubiquitin ligase complex / positive regulation of B cell proliferation / SUMOylation of chromatin organization proteins / SUMOylation of transcription cofactors / Regulation of PTEN gene transcription / promoter-specific chromatin binding / apoptotic signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / brain development / positive regulation of fibroblast proliferation / regulation of gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / in utero embryonic development / nuclear body / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase RING2 / E3 ubiquitin-protein ligase RING1/RING2 / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycomb complex protein BMI-1 / E3 ubiquitin-protein ligase RING2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.702 Å
データ登録者Cho, H.J. / Cierpicki, T.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Small-molecule inhibitors targeting Polycomb repressive complex 1 RING domain.
著者: Shukla, S. / Ying, W. / Gray, F. / Yao, Y. / Simes, M.L. / Zhao, Q. / Miao, H. / Cho, H.J. / Gonzalez-Alonso, P. / Winkler, A. / Lund, G. / Purohit, T. / Kim, E. / Zhang, X. / Ray, J.M. / He, ...著者: Shukla, S. / Ying, W. / Gray, F. / Yao, Y. / Simes, M.L. / Zhao, Q. / Miao, H. / Cho, H.J. / Gonzalez-Alonso, P. / Winkler, A. / Lund, G. / Purohit, T. / Kim, E. / Zhang, X. / Ray, J.M. / He, S. / Nikolaidis, C. / Ndoj, J. / Wang, J. / Jaremko, L. / Jaremko, M. / Ryan, R.J.H. / Guzman, M.L. / Grembecka, J. / Cierpicki, T.
履歴
登録2020年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase RING2, Polycomb complex protein BMI-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9157
ポリマ－24,3231
非ポリマー5926
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.311, 54.353, 82.266
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RING2, Polycomb complex protein BMI-1 chimera / Polycomb group RING finger protein 4 / RING finger protein 51


分子量: 24322.715 Da / 分子数: 1
断片: RING-2 (UNP residues 10-116) + BMI-1 (UNP residues 1-104)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF2, BMI1, PCGF4, RNF51 / プラスミド: PET32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X6RFN3, UniProt: P35226, 異性化酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.5, 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月19日 / 詳細: NULL
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 24900 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 24.18
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Num. unique obs: 24900 / Rsym value: 0.575

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.702→36.521 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1957 1240 4.99 %
Rwork0.1646 --
obs0.1662 24843 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.46 Å2 / Biso mean: 25.2751 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.702→36.521 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1631 0 25 273 1929
Biso mean--38.5 35.9 -
残基数----206
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9432327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059273
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005288
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.1421484
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.702-1.77010.32261240.2337252598
1.7701-1.85070.25261370.19242569100
1.8507-1.94820.2071470.17582593100
1.9482-2.07030.18261530.16552581100
2.0703-2.23010.18521410.15492604100
2.2301-2.45450.19581290.16332637100
2.4545-2.80950.20771270.16112630100
2.8095-3.53930.18711430.16572670100
3.5393-36.520.17861390.15332794100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0275-0.4011-0.50220.8962-0.35670.7459-0.0603-0.00240.00620.0930.0653-0.0389-0.03790.0784-0.01550.13480.0069-0.00720.0787-0.01840.12095.48781.2442-4.2727
22.409-0.53460.69282.4771-0.59361.7378-0.075-0.1044-0.07010.12340.148-0.089-0.0432-0.0853-0.04990.08860.0230.02060.09670.00020.0943-2.3388-4.12011.3453
34.7651-2.0019-4.27112.70452.62574.1979-0.0126-0.18510.06450.15770.08510.011-0.12240.2327-0.05240.18320.04930.01030.15820.03190.1722-15.287411.04087.873
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 113 )A12 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 1085 )A114 - 1085
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1086 through 1102 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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