PDB-6wh9: Ketoreductase from module 1 of the 6-deoxyerythronolide B synthas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wh9

タイトル

Ketoreductase from module 1 of the 6-deoxyerythronolide B synthase (KR1) in complex with antibody fragment (Fab) 1D10

要素

1D10 (Fab heavy chain)
1D10 (Fab light chain)
KR1

キーワード

OXIDOREDUCTASE/IMMUNE SYSTEM / ketoreductase / antibody fragment / OXIDOREDUCTASE-IMMUNE SYSTEM complex

機能・相同性

機能・相同性情報

erythronolide synthase activity / 6-deoxyerythronolide-B synthase / macrolide biosynthetic process / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Cogan, D.P. / Mathews, I.I. / Khosla, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Antibody Probes of Module 1 of the 6-Deoxyerythronolide B Synthase Reveal an Extended Conformation During Ketoreduction.
著者: Cogan, D.P. / Li, X. / Sevillano, N. / Mathews, I.I. / Matsui, T. / Craik, C.S. / Khosla, C.

履歴

登録	2020年4月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年9月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6wh9.ent.gz	828 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wh9_validation.pdf.gz	531.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wh9_full_validation.pdf.gz	600.6 KB	表示
XML形式データ	6wh9_validation.xml.gz	91.9 KB	表示
CIF形式データ	6wh9_validation.cif.gz	125.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6wh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6wh9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6w7sC 2fr0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u7y-d 4s1r-d 6n6b-d 4jkp-d 3se9-d 4om1-d 4olz-d 4olw-d 4ydk-d 6iek-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (15) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
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脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (15)
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ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)

登録構造単位

G: KR1

E: 1D10 (Fab heavy chain)

F: 1D10 (Fab light chain)

B: 1D10 (Fab heavy chain)

C: 1D10 (Fab light chain)

H: 1D10 (Fab heavy chain)

I: 1D10 (Fab light chain)

D: KR1

A: KR1

ヘテロ分子

305 kDa, 9 ポリマー
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1

G: KR1

B: 1D10 (Fab heavy chain)

C: 1D10 (Fab light chain)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, 1D10 heterodimer co-elutes with KR1 monomer in SEC
102 kDa, 3 ポリマー
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2

E: 1D10 (Fab heavy chain)

F: 1D10 (Fab light chain)

D: KR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 3 ポリマー
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3

H: 1D10 (Fab heavy chain)

I: 1D10 (Fab light chain)

A: KR1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	186.030, 114.810, 186.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.530, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	G
2	1	A
3	1	D
1	2	E
2	2	B
3	2	H
1	3	F
2	3	C
3	3	I

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLU	GLU	G	A	1448 - 1909	5 - 466
2	1	ASP	ASP	GLU	GLU	A	I	1448 - 1909	5 - 466
3	1	ASP	ASP	GLU	GLU	D	H	1448 - 1909	5 - 466
1	2	ALA	ALA	LYS	LYS	E	B	2 - 224	2 - 224
2	2	ALA	ALA	LYS	LYS	B	D	2 - 224	2 - 224
3	2	ALA	ALA	LYS	LYS	H	F	2 - 224	2 - 224
1	3	GLN	GLN	CYS	CYS	F	C	16 - 230	16 - 230
2	3	GLN	GLN	CYS	CYS	C	E	16 - 230	16 - 230
3	3	GLN	GLN	CYS	CYS	I	G	16 - 230	16 - 230

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	KR1 / 6-deoxyerythronolide B synthase 分子量: 50888.957 Da / 分子数: 3 / 断片: module 1 (UNP residues 1448-1928) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア) 遺伝子: eryAI / プラスミド: pAYC59 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5UNP6, UniProt: Q03131*PLUS
#2: 抗体	1D10 (Fab heavy chain) 分子量: 26135.020 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体	1D10 (Fab light chain) 分子量: 24516.455 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.02 %
結晶化	温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.19499 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月19日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.19499 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→92.6 Å / Num. obs: 95801 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 14 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 23.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.75-2.94	13.8	0.994	14053	0.913	0.277	1.032	99.9
8.82-92.43	14.3	0.034	3177	0.999	0.009	0.035	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2FR0

2fr0

解像度: 2.75→39.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 39.716 / SU ML: 0.354 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.664 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2709	5043	5 %	RANDOM
R_work	0.2283	-	-	-
obs	0.2305	95801	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 236.15 Å² / B_iso mean: 97.859 Å² / B_iso min: 30 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.07 Å²	0 Å²	0.9 Å²
2-	-	-1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.75→39.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19245	0	35	146	19426
B_iso mean	-	-	113.5	70.83	-
残基数	-	-	-	-	2635

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	19709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	17929
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.639	26953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.197	1.568	41394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.412	5	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.539	21.408	852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.212	15	2820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.495	15	126
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	22516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	4130

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	G	5955	MEDIUM POSITIONAL	0.71	0.5
1	2	A	5955	MEDIUM POSITIONAL	0.73	0.5
1	3	D	5955	MEDIUM POSITIONAL	0.69	0.5
1	1	G	5955	MEDIUM THERMAL	7.91	2
1	2	A	5955	MEDIUM THERMAL	9.64	2
1	3	D	5955	MEDIUM THERMAL	7.66	2
2	1	E	2964	MEDIUM POSITIONAL	0.89	0.5
2	2	B	2964	MEDIUM POSITIONAL	0.92	0.5
2	3	H	2964	MEDIUM POSITIONAL	0.79	0.5
2	1	E	2964	MEDIUM THERMAL	11.08	2
2	2	B	2964	MEDIUM THERMAL	7.1	2
2	3	H	2964	MEDIUM THERMAL	7.24	2
3	1	F	2914	MEDIUM POSITIONAL	0.8	0.5
3	2	C	2914	MEDIUM POSITIONAL	0.7	0.5
3	3	I	2914	MEDIUM POSITIONAL	0.81	0.5
3	1	F	2914	MEDIUM THERMAL	5.61	2
3	2	C	2914	MEDIUM THERMAL	5.23	2
3	3	I	2914	MEDIUM THERMAL	5.27	2

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.443	363	-
R_work	0.435	6895	-
all	-	7258	-
obs	-	-	97.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2396	-2.0624	0.8237	5.3391	1.3239	1.5248	0.5665	0.9695	-0.0853	-0.5311	-0.7261	1.0801	0.0376	-0.3397	0.1596	0.2272	0.4797	-0.1905	1.4277	-0.2194	0.4181	61.324	-30.824	13.22
2	1.5224	1.6252	-0.4153	1.8465	0.1404	4.1737	-0.1754	0.4492	0.0811	-0.2191	0.201	0.1528	-0.0428	-0.5499	-0.0255	0.0987	0.2746	-0.1358	1.5441	-0.3767	0.2382	66.843	-30.139	12.382
3	2.7133	0.7878	-2.0531	0.2418	-0.5799	1.5751	-0.5696	-0.646	-0.9549	-0.2608	-0.1823	-0.264	0.3085	0.4572	0.7519	0.8393	0.2027	0.1243	1.2806	-0.1259	0.7492	80.743	-28.654	4.961
4	3.1517	1.7893	-0.057	1.6448	1.4986	3.8225	-0.0311	0.1029	-0.1482	-0.1968	0.4801	-0.2222	-0.4981	0.7688	-0.449	0.1199	0.0641	0.204	0.8399	0.0683	0.8459	90.928	-12.042	35.829
5	1.5365	0.1986	-0.715	0.4425	0.7968	2.4017	0.5372	0.8428	-0.0866	0.0021	-0.0813	-0.1832	-0.3937	-0.4002	-0.4559	0.2774	0.4809	0.1138	1.2712	0.1019	0.5087	79.059	-17.041	25.819
6	45.4481	23.1503	3.9647	30.8402	-6.7923	4.4371	2.7067	-0.7053	-1.4806	1.8735	-1.442	1.6932	-0.0408	0.4226	-1.2647	0.3798	0.1633	-0.0581	0.7594	-0.1392	0.8991	87.667	-40.874	26.545
7	1.5939	-2.6271	-1.3479	9.2788	3.7837	1.6341	0.5993	0.2141	-0.2697	-1.7677	-0.0986	-1.8711	-0.7594	-0.1367	-0.5007	0.4194	0.3514	0.2561	1.4996	-0.2042	1.1322	89.059	-31.768	16.825
8	2.7505	3.0293	-3.1457	3.4199	-3.1715	7.6153	0.0454	0.0509	0.2927	-0.0382	-0.1373	0.5096	-0.3054	-0.7512	0.0918	0.0953	0.2331	-0.1682	0.7397	-0.1848	0.6754	10.361	-9.587	52.828
9	5.0627	1.5792	2.0799	0.5632	1.5608	12.9587	-0.0285	-0.3081	-0.0192	0.0281	-0.1346	-0.0149	0.3883	-0.3716	0.1631	0.3645	0.0797	-0.0426	0.5444	-0.1199	0.6076	20.155	-18.009	57.67
10	8.4937	-0.896	3.9819	0.1668	-0.0214	7.7359	0.053	0.2233	-0.0715	0.0307	-0.2441	0.0612	1.2709	-0.4782	0.1911	0.3769	0.0029	0.0272	0.9096	-0.3721	0.6889	12.135	-23.188	48.531
11	1.1252	-0.2501	-0.3556	6.6073	-2.6675	1.7874	0.0631	-0.1703	0.1538	-0.2897	-0.3311	0.1754	0.2764	-0.4434	0.268	0.1517	-0.1773	0.0142	1.0762	-0.3972	0.7199	8.676	-17.098	56.217
12	0.4272	-0.5592	-0.2945	0.7879	0.1971	2.2651	-0.0243	0.1525	-0.1075	0.0285	-0.3292	0.2268	-0.0839	-0.1191	0.3534	0.0245	0.0019	-0.0324	0.7324	-0.1477	0.6738	18.998	-9.988	67.249
13	0.4596	0.8246	1.1281	3.8326	2.6747	2.9608	-0.0344	-0.1606	0.2073	-0.0478	-0.5382	0.6033	-0.1161	-0.4271	0.5726	0.1938	0.154	-0.0014	0.6043	-0.1212	0.7153	20.107	-2.172	88.048
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56	4.0483	-2.0986	-1.8298	3.3052	-0.0289	3.121	0.1003	0.0561	-0.413	0.102	-0.0466	0.2849	0.2664	-0.3163	-0.0537	0.2141	0.0004	-0.0608	0.3674	0.0886	0.7148	61.233	-40.516	88.916
57	33.5528	-2.1577	-19.7735	1.9824	-1.4005	15.7747	-0.336	-1.3863	0.5042	0.0548	0.281	-0.2338	0.4086	0.7714	0.055	0.43	0.0815	0.0512	0.4947	0.0406	0.6331	77.684	-14.855	54.179
58	2.6694	-0.4578	-2.1634	1.196	-0.0284	1.9047	0.158	0.274	0.0173	0.0676	-0.1984	-0.1339	-0.1302	-0.122	0.0404	0.1657	0.1185	-0.1	0.6283	-0.0123	0.6315	64.011	-17.296	53.841
59	9.9388	-0.0923	-1.2514	2.471	-3.2598	4.6894	0.2406	0.6624	-0.5759	0.0045	-0.2227	0.1466	-0.1238	-0.1624	-0.0178	0.2226	0.148	-0.0792	0.7235	-0.1716	0.6119	57.322	-23.399	47.065
60	4.2764	-1.0749	-1.7462	1.1159	-0.8957	2.8221	-0.0453	0.0959	-0.2363	0.0489	-0.1019	0.013	-0.0585	0.0579	0.1473	0.2181	0.0684	-0.0838	0.4923	-0.0469	0.6761	62.757	-17.884	55.839
61	1.1598	0.6174	0.548	0.4255	0.914	5.1019	-0.1157	-0.4532	0.1116	-0.0368	-0.2524	0.0414	-0.4962	-0.3884	0.3681	0.4393	0.1522	-0.247	0.27	0.0028	0.8072	66.624	-24.758	87.747
62	10.8882	-0.2782	7.1224	1.1894	-0.5606	7.299	-0.3625	0.7021	0.1615	0.5077	0.18	0.1435	-0.8579	0.2905	0.1825	0.4189	0.0709	-0.0554	0.2979	0.0404	0.6642	65.616	-24.632	78.967
63	9.8859	-2.2083	4.8341	0.5766	-0.6106	5.4439	-0.6311	-0.6274	0.5207	0.0456	0.1978	-0.1709	-1.0819	-0.0282	0.4332	0.6854	0.0608	-0.212	0.1773	-0.0692	0.6136	69.356	-20.449	92.935

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1448 - 1541
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1542 - 1641
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1642 - 1653
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1664 - 1731
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1732 - 1842
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1855 - 1861
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1862 - 1909
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2 - 36
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	37 - 51
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	52 - 71
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	72 - 95
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	96 - 143
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	144 - 174
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	175 - 226
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	16 - 55
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	56 - 69
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	70 - 85
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	86 - 102
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	103 - 170
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	171 - 176
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	177 - 230
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	1446 - 1458
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	1459 - 1537
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	1538 - 1613
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	1614 - 1628
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	1629 - 1662
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	1663 - 1859
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	1860 - 1910
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	2 - 31
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	32 - 134
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	135 - 144
32	X-RAY DIFFRACTION	32	E	145 - 179
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	180 - 203
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	205 - 213
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	214 - 226
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	14 - 20
37	X-RAY DIFFRACTION	37	F	21 - 124
38	X-RAY DIFFRACTION	38	F	125 - 146
39	X-RAY DIFFRACTION	39	F	148 - 162
40	X-RAY DIFFRACTION	40	F	163 - 172
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	173 - 203
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	204 - 230
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	1448 - 1509
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	1510 - 1541
45	X-RAY DIFFRACTION	45	G	1542 - 1663
46	X-RAY DIFFRACTION	46	G	1664 - 1722
47	X-RAY DIFFRACTION	47	G	1723 - 1842
48	X-RAY DIFFRACTION	48	G	1843 - 1861
49	X-RAY DIFFRACTION	49	G	1862 - 1910
50	X-RAY DIFFRACTION	50	H	2 - 12
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56	X-RAY DIFFRACTION	56	H	183 - 224
57	X-RAY DIFFRACTION	57	I	15 - 21
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62	X-RAY DIFFRACTION	62	I	173 - 196
63	X-RAY DIFFRACTION	63	I	197 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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