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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wgw | ||||||
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タイトル | CYP101D1 D259E Hydroxycamphor bound | ||||||
要素 | Cytochrome P450 101D1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / P450cam / D251E / camphor / PdX / PdR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Amaya, J.A. / Poulos, T.L. / Batabyal, D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020 タイトル: Proton Relay Network in the Bacterial P450s: CYP101A1 and CYP101D1. 著者: Amaya, J.A. / Batabyal, D. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wgw.cif.gz | 261.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wgw.ent.gz | 175.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wgw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wgw_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wgw_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wgw_validation.xml.gz | 40.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wgw_validation.cif.gz | 62.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49108.867 Da / 分子数: 2 / 変異: D259E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Novosphingobium aromaticivorans (バクテリア) 遺伝子: Saro_0514 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q2GB12 |
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-非ポリマー , 5種, 911分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-CAM / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 / 詳細: 1.6 M ammonium sulfate; 0.1 M Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→48.36 Å / Num. obs: 278914 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 26.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.46 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.792 Å / Num. unique obs: 13748 / CC1/2: 0.453 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4C9K 解像度: 1.73→48.36 Å / SU ML: 0.2677 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6595
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.73→48.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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