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- PDB-6wgp: The crystal structure of a beta lactamase from Xanthomonas campes... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wgp
タイトルThe crystal structure of a beta lactamase from Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a beta lactamase from Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913
著者: Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2020年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0404
ポリマ－29,8101
非ポリマー2303
水3,693205
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.262, 66.894, 43.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.656, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-432-

HOH

21A-434-

HOH

31A-594-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 29809.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
遺伝子: bla, D0A42_09675 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: H9AXM7, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M sodium chloride 0.1 M Tris:HCl 1.0 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月4日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→45 Å / Num. obs: 40433 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 17.45 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 2.58 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 1682 / CC1/2: 0.788 / CC star: 0.939 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.565 / Χ2: 1.072 / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X5G

5x5g


解像度: 1.5→44.88 Å / SU ML: 0.1205 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.6062
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 2004 4.96 %
Rwork0.1595 --
obs0.1608 40408 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 15 206 2235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00862112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02412873
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0873329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.5407803
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.540.22491020.23492264X-RAY DIFFRACTION80.48
1.54-1.580.28011510.22412500X-RAY DIFFRACTION89.17
1.58-1.630.21191280.20322671X-RAY DIFFRACTION94.95
1.63-1.680.20331280.19052787X-RAY DIFFRACTION98.18
1.68-1.740.18761490.17772794X-RAY DIFFRACTION99.66
1.74-1.810.20531860.16752775X-RAY DIFFRACTION99.9
1.81-1.890.19031420.16112777X-RAY DIFFRACTION99.66
1.89-1.990.18961680.15772807X-RAY DIFFRACTION99.66
1.99-2.110.18271500.15442827X-RAY DIFFRACTION99.9
2.11-2.280.17851460.15352830X-RAY DIFFRACTION99.77
2.28-2.510.18191380.15632804X-RAY DIFFRACTION99.63
2.51-2.870.20581610.1672811X-RAY DIFFRACTION99.77
2.87-3.610.19341290.15672860X-RAY DIFFRACTION99.6
3.61-44.880.15521260.14292897X-RAY DIFFRACTION99.28
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.15534786621-0.2397122948050.6893471881114.657326292392.080001262063.51606134790.2063457730840.0499922243663-0.0972366017977-0.2466230231180.00828338693069-0.381342494507-0.08848131422260.332043179657-0.1685993551510.1079547074630.00389767410404-0.02044747374210.475286851592-0.0007881428847640.23421512602644.6497344137-5.977300680721.16460605194
21.196012843540.0129734168756-0.3454103477340.3120073980920.06500838534271.68683268928-0.0299654348511-0.13705158665-0.06471800163510.0459826250128-0.001313165319560.01077160903550.06347613297290.06495602513570.02670790053330.113001490798-0.0129677869919-0.01855208646370.1653774494650.01497767432260.15066189176819.6233662136-4.312209167386.31513722999
35.08492532335-0.457115854124-1.365004060315.48488654877-0.05296543094187.734630848760.213916988511-0.1561216073890.2200822243740.316385432115-0.100165459275-0.19634453722-0.6425452786620.249402490675-0.1287498173570.289407694636-0.02239180290730.02352365891570.192102922086-0.04054883639130.19198100777811.000452271716.026817710215.3430943298
41.65601560198-0.47961127114-0.6416038791692.60005765957-0.2730317631062.444347206170.0230807764862-0.1590826975580.01624408352130.0334694143398-0.03514026230340.006013677224060.00656741828039-0.06507199741710.00820716372920.111817742199-0.022567529395-0.006989650420010.186408320061-0.004492562399650.15398854361313.1357765859-0.34079045323511.9523301443
53.11341142158-1.27194777321-1.133399664673.629848634661.387018754342.65112811469-0.0679655210424-0.6099254480210.05110243223560.3484362124360.054207226722-0.306341668466-0.01595905266420.526755602308-0.003379229372380.211662019025-0.00269825681467-0.01951476691620.3537244303730.04590498435570.19001298946125.0248486832-3.2101883185119.208439277
63.26023884325-0.336340082703-0.223959600412.47281379441-0.2154825384382.56731806184-0.0271579600010.122033099847-0.18421814843-0.244676848357-0.01168279639280.1212676134260.0704803196836-0.2970050144750.02673791901830.102968181112-0.0037490811648-0.005175067590060.162181311123-0.01405068746070.12799169017416.3493235433-3.9621378264-1.28650835662
77.4700226345-2.27876986529-2.03114501192.538435215592.248441688396.346290750230.2088924705510.1991294343170.329981359572-0.1454930390220.0182298718202-0.0549992050503-0.4117569833880.20166355053-0.2483968810150.202702662957-0.04241095815810.00268135637560.1983114736960.02479313432620.20816772461628.77692181058.84718360376-2.81436604634
82.453786420340.3204107571180.09279585941571.58619489871-0.5102087059770.582277985030.0372586597667-0.1625616227630.08630221779470.04274318309320.0265169577443-0.082061740712-0.1676452952670.305266497896-0.07698493720830.0967141701596-0.0135669149788-0.01310274571890.212239613538-0.002844155663960.13564170594929.53618341121.388812796723.46764845551
93.57167925246-1.00911734207-1.667156364564.891101332162.360476068197.761284999220.02158667949260.1090174578080.113157833453-0.1765390917370.0274521090201-0.107828792328-0.2533477113530.627484985364-0.06933268099470.0955185288861-0.0226459478-0.01438274019940.3032997618220.02110476751890.16029504489837.86294971243.781687740830.605060617648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 29 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 102 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 122 through 171 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 172 through 189 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 190 through 218 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 219 through 235 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 236 through 276 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 277 through 296 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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