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Yorodumi- PDB-6wgp: The crystal structure of a beta lactamase from Xanthomonas campes... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6wgp | ||||||
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Title | The crystal structure of a beta lactamase from Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xanthomonas campestris pv. campestris (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of a beta lactamase from Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 Authors: Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6wgp.cif.gz | 146.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6wgp.ent.gz | 93.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6wgp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6wgp_validation.pdf.gz | 454 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6wgp_full_validation.pdf.gz | 454 KB | Display | |
Data in XML | 6wgp_validation.xml.gz | 13.6 KB | Display | |
Data in CIF | 6wgp_validation.cif.gz | 19.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/6wgp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5x5gS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29809.896 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthomonas campestris pv. campestris (bacteria) Gene: bla, D0A42_09675 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Gold(DE3) / References: UniProt: H9AXM7, beta-lactamase |
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#2: Chemical | ChemComp-TRS / |
#3: Chemical | ChemComp-FMT / |
#4: Chemical | ChemComp-EDO / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.2 M sodium chloride 0.1 M Tris:HCl 1.0 M sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 4, 2020 |
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→45 Å / Num. obs: 40433 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 17.45 Å2 / CC1/2: 0.989 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 2.58 / Net I/σ(I): 32.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.53 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 1682 / CC1/2: 0.788 / CC star: 0.939 / Rpim(I) all: 0.282 / Rrim(I) all: 0.565 / Χ2: 1.072 / % possible all: 80.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5X5G Resolution: 1.5→44.88 Å / SU ML: 0.1205 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 20.6062
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→44.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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