PDB-6wcx: FphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wcx

タイトル

FphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases F, substrate bound

要素

Esterase family protein

キーワード

HYDROLASE / FphF / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / heptanoate / heptan-1-ol

機能・相同性

機能・相同性情報

S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / formaldehyde catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.89 Å

データ登録者

Fellner, M. / Mace, P.D.

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Inhibitor and Substrate Specificity of the Unique Fph Serine Hydrolases of Staphylococcus aureus .
著者: Fellner, M. / Lentz, C.S. / Jamieson, S.A. / Brewster, J.L. / Chen, L. / Bogyo, M. / Mace, P.D.

履歴

登録	2020年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	6vh9SC 6vhdC 6vheC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4cno-2 4dno-1 6pht-1 5tnf-1 5tnm-1 7l0a-d 3aio-4 5hkb-1 6ku0-2 3n4q-1 4clm-d 5hk9-1 5jyc-1 5hk9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Esterase family protein

B: Esterase family protein

C: Esterase family protein

D: Esterase family protein

ヘテロ分子

117 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Esterase family protein

D: Esterase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
58.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Esterase family protein

C: Esterase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.957, 86.957, 454.712
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...
2	1	(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...
3	1	(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...
4	1	(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...	A	A	-1 - 42	1 - 44
1	2	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...	A	A	44 - 55	46 - 57
1	3	ARG	ARG	LYS	LYS	(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...	A	A	57 - 110	59 - 112
1	4	LYS	LYS	LYS	LYS	(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...	A	A	111	113
1	5	GLY	GLY	HE4	HE4	(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...	A	A - E	-1 - 301	1
1	6	GLY	GLY	HE4	HE4	(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...	A	A - E	-1 - 301	1
1	7	GLY	GLY	HE4	HE4	(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...	A	A - E	-1 - 301	1
1	8	GLY	GLY	HE4	HE4	(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...	A	A - E	-1 - 301	1
2	1	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...	B	B	-1 - 26	1 - 28
2	2	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...	B	B	27	29
2	3	GLY	GLY	HE4	HE4	(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...	B	B - F	-1 - 301	1
2	4	GLY	GLY	HE4	HE4	(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...	B	B - F	-1 - 301	1
2	5	GLY	GLY	HE4	HE4	(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...	B	B - F	-1 - 301	1
2	6	GLY	GLY	HE4	HE4	(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...	B	B - F	-1 - 301	1
3	1	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...	C	C	-1 - 26	1 - 28
3	2	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...	C	C	27	29
3	3	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...	C	C	-1 - 253	1 - 255
3	4	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...	C	C	-1 - 253	1 - 255
3	5	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...	C	C	-1 - 253	1 - 255
3	6	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...	C	C	-1 - 253	1 - 255
4	1	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...	D	D	-1 - 26	1 - 28
4	2	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...	D	D	27	29
4	3	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...	D	D	-1 - 253	1 - 255
4	4	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...	D	D	-1 - 253	1 - 255
4	5	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...	D	D	-1 - 253	1 - 255
4	6	GLY	GLY	ASP	ASP	(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...	D	D	-1 - 253	1 - 255

#1: タンパク質	Esterase family protein / Putative esterase / Tributyrin esterase 分子量: 29205.822 Da / 分子数: 4 / 変異: N-terminal GPG from expression tag / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: EP54_00010, EQ90_02595, HMPREF3211_01237, NCTC10654_02801, NCTC10702_04070, RK64_00235 プラスミド: M1366 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D6GS23, UniProt: Q2FUY3*PLUS, S-formylglutathione hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-HE4 / HEPTAN-1-OL / 1-ヘプタノ-ル分子量: 116.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.09 % / Mosaicity: 0.35 °
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.4 uL ~8.0 mg/mL FphF (10 mM HEPES pH 7.5, 10 mM NaCl) were mixed with 0.07 uL ligand solution (~0.5 mM 4-Methylumbelliferyl heptanoate in 100% DMSO) and 0.4 uL of reservoir solution. ...詳細: 0.4 uL ~8.0 mg/mL FphF (10 mM HEPES pH 7.5, 10 mM NaCl) were mixed with 0.07 uL ligand solution (~0.5 mM 4-Methylumbelliferyl heptanoate in 100% DMSO) and 0.4 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 50 uL of 0.8 M Sodium formate, 0.1 M Tris pH 7.5, 10 % w/v PEG 8000 and 10 % w/v PEG 1000. Crystals were soaked for ~15 seconds in 75% reservoir solution and 25% glycerol prior to freezing in liquid nitrogen

結晶

マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.09 % / Mosaicity: 0.35 °

結晶化

温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.4 uL ~8.0 mg/mL FphF (10 mM HEPES pH 7.5, 10 mM NaCl) were mixed with 0.07 uL ligand solution (~0.5 mM 4-Methylumbelliferyl heptanoate in 100% DMSO) and 0.4 uL of reservoir solution. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.954 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.89→49.19 Å / Num. obs: 23922 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.223 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 7.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.89-3.07	7.2	1.137	26252	3641	0.524	0.38	1.213	1.6	97.4
8.68-49.19	14.8	0.107	15977	1082	0.995	0.029	0.112	26.8	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.28 Å	49.19 Å
Translation	7.28 Å	49.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.18rc1-3769	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6VH9

6vh9

解像度: 2.89→49.19 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2606	2067	4.96 %
R_work	0.2253	-	-
obs	0.2271	23797	97.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.41 Å² / B_iso mean: 43.9473 Å² / B_iso min: 23.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.89→49.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8152	0	32	17	8201
B_iso mean	-	-	42.39	35.96	-
残基数	-	-	-	-	1020

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4548	X-RAY DIFFRACTION	8.205	TORSIONAL
1	2	B	4548	X-RAY DIFFRACTION	8.205	TORSIONAL
1	3	C	4548	X-RAY DIFFRACTION	8.205	TORSIONAL
1	4	D	4548	X-RAY DIFFRACTION	8.205	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.89-2.96	0.2716	117	0.3048	2397	2514	90
2.96-3.04	0.3186	117	0.299	2608	2725	95
3.04-3.12	0.3483	139	0.2976	2620	2759	95
3.12-3.21	0.3119	164	0.2927	2572	2736	96
3.21-3.31	0.3006	130	0.2706	2580	2710	96
3.31-3.43	0.282	138	0.2533	2631	2769	97
3.43-3.57	0.3322	121	0.2218	2616	2737	96
3.57-3.73	0.251	144	0.2154	2673	2817	98
3.73-3.93	0.2642	133	0.2027	2711	2844	99
3.93-4.17	0.2077	157	0.1896	2678	2835	98
4.17-4.49	0.1839	151	0.163	2648	2799	99
4.5-4.95	0.2254	125	0.1684	2713	2838	99
4.95-5.66	0.2057	141	0.1818	2734	2875	100
5.66-7.13	0.2408	159	0.2247	2707	2866	100
7.13-49.19	0.3178	131	0.2634	2704	2835	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.552	0.4651	0.4292	0.4274	0.1461	1.3715	-0.0583	-0.0986	0.0045	-0.0775	0.0006	-0.1582	0.1276	0.1486	0.0464	0.2915	0.1166	0.0386	0.3706	0.061	0.4584	-35.5093	33.5248	-11.7112
2	0.5831	-0.4905	0.6344	1.9194	-2.7988	4.0935	-0.0571	-0.2276	-0.4941	-0.0242	-0.0143	-0.0954	0.6286	-0.1802	0.0648	0.8051	0.0223	0.2069	0.3674	0.1114	0.5517	-44.5666	23.317	-28.1503
3	0.6409	-0.2302	0.2049	0.8081	0.3033	1.1287	-0.0288	0.0455	-0.0761	0.1191	0.0809	-0.0399	0.6239	0.469	-0.0576	0.5133	0.2635	0.0938	0.4617	0.1904	0.422	-26.9556	23.8965	-13.005
4	0.8358	0.3278	0.4461	0.8997	0.2734	2.1741	0.1232	-0.1073	-0.092	0.2442	-0.0866	0.1369	0.5135	-0.0276	-0.0394	0.3661	0.0077	0.0274	0.3317	0.0982	0.2806	-36.6169	24.4213	-4.1004
5	1.7376	-0.2551	0.6805	2.047	0.8569	1.5716	0.1367	-0.2055	0.0614	0.0786	-0.0008	-0.3239	0.6407	0.3344	-0.1222	0.4276	0.0719	0.0258	0.5488	0.1506	0.3355	-27.0588	20.7696	3.8653
6	3.0215	2.8223	-3.1625	6.5933	-3.5437	3.3999	-0.1571	-0.5054	-0.101	0.6514	-0.0929	-0.3032	0.0801	0.1508	0.2351	0.5964	-0.0896	-0.0897	0.55	0.069	0.3637	-30.4212	24.079	15.1443
7	1.8922	-0.135	-0.7343	2.262	0.0388	2.8931	-0.2822	-0.4864	-0.5375	0.2411	-0.0532	-0.2626	1.0824	0.1938	0.3286	0.7041	0.0736	-0.0049	0.375	0.118	0.3897	-29.2539	9.1892	4.2218
8	1.8544	0.6434	-0.0526	2.5106	-1.0004	1.9875	0.2895	-0.0297	-0.5726	0.2214	-0.1771	-0.3154	0.5919	0.389	-0.0878	0.5067	0.0781	-0.0092	0.3683	0.0718	0.3896	-24.2734	11.4039	-8.7213
9	1.7649	0.2513	-0.809	2.6081	0.16	2.7609	0.0042	0.3021	-0.2464	-0.3023	-0.099	-0.6058	-0.3098	0.4585	0.1003	0.2017	0.0029	-0.0046	0.4784	0.043	0.3664	-16.766	48.513	-15.0326
10	1.1229	-0.3386	0.3529	1.105	-0.4096	3.5584	0.028	-0.0575	-0.0809	0.0473	-0.106	-0.1483	-0.45	0.5755	0.0421	0.1879	-0.0453	-0.0193	0.3591	0.0449	0.2771	-23.7618	51.5733	-4.1949
11	0.8016	0.1048	1.2859	2.6623	0.6153	2.1107	0.0737	-0.1243	0.0561	0.173	0.119	0.119	0.1101	-0.2523	-0.1878	0.2608	0.0333	0.065	0.3457	0.0376	0.2464	-28.9827	53.4287	11.028
12	2.4388	0.143	1.1614	2.4824	1.1564	4.2635	-0.0537	-0.3603	0.4383	0.2391	-0.1177	0.1507	-0.9164	-0.4961	0.1843	0.5519	0.0774	0.029	0.3674	-0.0309	0.3787	-31.946	65.2553	1.456
13	1.6675	0.7023	-0.4407	0.7021	0.0756	1.1777	0.1353	-0.5211	-0.045	0.26	0.007	-0.0119	-0.0841	0.5732	-0.1044	0.2249	0.0606	-0.012	0.7009	-0.0526	0.4555	-13.6378	43.0879	-17.1989
14	0.5226	-0.0957	0.035	0.1181	0.109	0.5575	0.0493	-0.1501	0.0036	-0.0121	0.2094	-0.1068	-0.0791	0.7368	-0.1633	0.0471	0.2851	0.0646	0.9816	0.05	0.3736	-12.189	35.985	-29.1858
15	6.9571	-2.3312	1.3146	1.5285	-0.0878	0.4198	0.086	0.1241	-0.5622	-0.1225	-0.2054	0.1818	0.2716	1.2468	0.1338	0.3487	0.1659	0.0363	0.9529	0.0268	0.3934	-13.8637	31.8343	-47.6272
16	1.7592	0.1348	-1.0298	0.8655	-0.0728	1.4464	-0.1008	-0.1189	-0.2566	0.1636	0.1423	-0.1345	0.0775	0.0391	-0.0649	0.4357	0.3198	0.0031	0.8855	-0.0087	0.3801	-5.4785	22.4216	-34.1816
17	0.1335	0.1633	0.0851	0.4457	-0.2263	0.8253	-0.0297	0.0413	-0.0173	0.0867	0.0027	-0.0784	0.0348	0.0115	0.019	0.236	0.1221	-0.0071	0.4596	0.056	0.405	-41.3163	40.93	-26.827
18	2.7082	-0.4757	1.0945	1.2967	0.3009	1.6709	-0.0651	0.1752	0.2565	-0.1576	-0.0978	-0.0156	-0.3685	-0.2702	0.1502	0.365	0.1381	0.0702	0.3765	0.0993	0.3652	-40.0684	50.126	-44.4771
19	1.6502	0.0995	1.0748	0.6967	0.209	1.7082	-0.134	0.1665	0.237	-0.1575	0.0974	0.2307	-0.4678	-0.3362	0.0583	0.4705	0.1982	-0.0467	0.5118	0.0861	0.4557	-48.6283	57.9522	-33.8507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 24 )	A	-1 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 25 through 39 )	A	25 - 39
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 68 )	A	40 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 133 )	A	69 - 133
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 134 through 162 )	A	134 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 163 through 179 )	A	163 - 179
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 180 through 221 )	A	180 - 221
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 222 through 253 )	A	222 - 253
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid -1 through 40 )	B	-1 - 40
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 41 through 133 )	B	41 - 133
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 134 through 189 )	B	134 - 189
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 190 through 253 )	B	190 - 253
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid -1 through 40 )	C	-1 - 40
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 41 through 146 )	C	41 - 146
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 147 through 189 )	C	147 - 189
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 190 through 253 )	C	190 - 253
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid -1 through 133 )	D	-1 - 133
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 134 through 189 )	D	134 - 189
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 190 through 253 )	D	190 - 253

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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