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- PDB-6wcx: FphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wcx
タイトルFphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases F, substrate bound
要素Esterase family protein
キーワードHYDROLASE / FphF / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / heptanoate / heptan-1-ol
機能・相同性
機能・相同性情報


S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / formaldehyde catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-formylglutathione hydrolase / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HEPTAN-1-OL / S-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Fellner, M. / Mace, P.D.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for the Inhibitor and Substrate Specificity of the Unique Fph Serine Hydrolases of Staphylococcus aureus .
著者: Fellner, M. / Lentz, C.S. / Jamieson, S.A. / Brewster, J.L. / Chen, L. / Bogyo, M. / Mace, P.D.
履歴
登録2020年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase family protein
B: Esterase family protein
C: Esterase family protein
D: Esterase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2888
ポリマ－116,8234
非ポリマー4654
水30617
1
A: Esterase family protein
D: Esterase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6444
ポリマ－58,4122
非ポリマー2322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
2
B: Esterase family protein
C: Esterase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6444
ポリマ－58,4122
非ポリマー2322
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.957, 86.957, 454.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...
21(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...
31(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...
41(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEU(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA-1 - 421 - 44
12LEULEUTYRTYR(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA44 - 5546 - 57
13ARGARGLYSLYS(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA57 - 11059 - 112
14LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA111113
15GLYGLYHE4HE4(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA - E-1 - 3011
16GLYGLYHE4HE4(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA - E-1 - 3011
17GLYGLYHE4HE4(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA - E-1 - 3011
18GLYGLYHE4HE4(chain A and (resid -1 through 42 or resid 44...AA - E-1 - 3011
21GLYGLYASPASP(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...BB-1 - 261 - 28
22GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...BB2729
23GLYGLYHE4HE4(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...BB - F-1 - 3011
24GLYGLYHE4HE4(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...BB - F-1 - 3011
25GLYGLYHE4HE4(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...BB - F-1 - 3011
26GLYGLYHE4HE4(chain B and (resid -1 through 26 or (resid 27...BB - F-1 - 3011
31GLYGLYASPASP(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...CC-1 - 261 - 28
32GLNGLNGLNGLN(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...CC2729
33GLYGLYASPASP(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...CC-1 - 2531 - 255
34GLYGLYASPASP(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...CC-1 - 2531 - 255
35GLYGLYASPASP(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...CC-1 - 2531 - 255
36GLYGLYASPASP(chain C and (resid -1 through 26 or (resid 27...CC-1 - 2531 - 255
41GLYGLYASPASP(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...DD-1 - 261 - 28
42GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...DD2729
43GLYGLYASPASP(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...DD-1 - 2531 - 255
44GLYGLYASPASP(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...DD-1 - 2531 - 255
45GLYGLYASPASP(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...DD-1 - 2531 - 255
46GLYGLYASPASP(chain D and (resid -1 through 26 or (resid 27...DD-1 - 2531 - 255

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要素

#1: タンパク質
Esterase family protein / Putative esterase / Tributyrin esterase


分子量: 29205.822 Da / 分子数: 4 / 変異: N-terminal GPG from expression tag / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: EP54_00010, EQ90_02595, HMPREF3211_01237, NCTC10654_02801, NCTC10702_04070, RK64_00235
プラスミド: M1366 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D6GS23, UniProt: Q2FUY3*PLUS, S-formylglutathione hydrolase
#2: 化合物
ChemComp-HE4 / HEPTAN-1-OL


分子量: 116.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.09 % / Mosaicity: 0.35 °
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.4 uL ~8.0 mg/mL FphF (10 mM HEPES pH 7.5, 10 mM NaCl) were mixed with 0.07 uL ligand solution (~0.5 mM 4-Methylumbelliferyl heptanoate in 100% DMSO) and 0.4 uL of reservoir solution. ...詳細: 0.4 uL ~8.0 mg/mL FphF (10 mM HEPES pH 7.5, 10 mM NaCl) were mixed with 0.07 uL ligand solution (~0.5 mM 4-Methylumbelliferyl heptanoate in 100% DMSO) and 0.4 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 50 uL of 0.8 M Sodium formate, 0.1 M Tris pH 7.5, 10 % w/v PEG 8000 and 10 % w/v PEG 1000. Crystals were soaked for ~15 seconds in 75% reservoir solution and 25% glycerol prior to freezing in liquid nitrogen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→49.19 Å / Num. obs: 23922 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.1 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.89-3.077.21.1372625236410.5240.381.2131.697.4
8.68-49.1914.80.1071597710820.9950.0290.11226.899.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.28 Å49.19 Å
Translation7.28 Å49.19 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.18rc1-3769精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6VH9

6vh9


解像度: 2.89→49.19 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 24.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 2067 4.96 %
Rwork0.2253 --
obs0.2271 23797 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.41 Å2 / Biso mean: 43.9473 Å2 / Biso min: 23.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→49.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8152 0 32 17 8201
Biso mean--42.39 35.96 -
残基数----1020
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4548X-RAY DIFFRACTION8.205TORSIONAL
12B4548X-RAY DIFFRACTION8.205TORSIONAL
13C4548X-RAY DIFFRACTION8.205TORSIONAL
14D4548X-RAY DIFFRACTION8.205TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.89-2.960.27161170.30482397251490
2.96-3.040.31861170.2992608272595
3.04-3.120.34831390.29762620275995
3.12-3.210.31191640.29272572273696
3.21-3.310.30061300.27062580271096
3.31-3.430.2821380.25332631276997
3.43-3.570.33221210.22182616273796
3.57-3.730.2511440.21542673281798
3.73-3.930.26421330.20272711284499
3.93-4.170.20771570.18962678283598
4.17-4.490.18391510.1632648279999
4.5-4.950.22541250.16842713283899
4.95-5.660.20571410.181827342875100
5.66-7.130.24081590.224727072866100
7.13-49.190.31781310.26342704283599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5520.46510.42920.42740.14611.3715-0.0583-0.09860.0045-0.07750.0006-0.15820.12760.14860.04640.29150.11660.03860.37060.0610.4584-35.509333.5248-11.7112
20.5831-0.49050.63441.9194-2.79884.0935-0.0571-0.2276-0.4941-0.0242-0.0143-0.09540.6286-0.18020.06480.80510.02230.20690.36740.11140.5517-44.566623.317-28.1503
30.6409-0.23020.20490.80810.30331.1287-0.02880.0455-0.07610.11910.0809-0.03990.62390.469-0.05760.51330.26350.09380.46170.19040.422-26.955623.8965-13.005
40.83580.32780.44610.89970.27342.17410.1232-0.1073-0.0920.2442-0.08660.13690.5135-0.0276-0.03940.36610.00770.02740.33170.09820.2806-36.616924.4213-4.1004
51.7376-0.25510.68052.0470.85691.57160.1367-0.20550.06140.0786-0.0008-0.32390.64070.3344-0.12220.42760.07190.02580.54880.15060.3355-27.058820.76963.8653
63.02152.8223-3.16256.5933-3.54373.3999-0.1571-0.5054-0.1010.6514-0.0929-0.30320.08010.15080.23510.5964-0.0896-0.08970.550.0690.3637-30.421224.07915.1443
71.8922-0.135-0.73432.2620.03882.8931-0.2822-0.4864-0.53750.2411-0.0532-0.26261.08240.19380.32860.70410.0736-0.00490.3750.1180.3897-29.25399.18924.2218
81.85440.6434-0.05262.5106-1.00041.98750.2895-0.0297-0.57260.2214-0.1771-0.31540.59190.389-0.08780.50670.0781-0.00920.36830.07180.3896-24.273411.4039-8.7213
91.76490.2513-0.8092.60810.162.76090.00420.3021-0.2464-0.3023-0.099-0.6058-0.30980.45850.10030.20170.0029-0.00460.47840.0430.3664-16.76648.513-15.0326
101.1229-0.33860.35291.105-0.40963.55840.028-0.0575-0.08090.0473-0.106-0.1483-0.450.57550.04210.1879-0.0453-0.01930.35910.04490.2771-23.761851.5733-4.1949
110.80160.10481.28592.66230.61532.11070.0737-0.12430.05610.1730.1190.1190.1101-0.2523-0.18780.26080.03330.0650.34570.03760.2464-28.982753.428711.028
122.43880.1431.16142.48241.15644.2635-0.0537-0.36030.43830.2391-0.11770.1507-0.9164-0.49610.18430.55190.07740.0290.3674-0.03090.3787-31.94665.25531.456
131.66750.7023-0.44070.70210.07561.17770.1353-0.5211-0.0450.260.007-0.0119-0.08410.5732-0.10440.22490.0606-0.0120.7009-0.05260.4555-13.637843.0879-17.1989
140.5226-0.09570.0350.11810.1090.55750.0493-0.15010.0036-0.01210.2094-0.1068-0.07910.7368-0.16330.04710.28510.06460.98160.050.3736-12.18935.985-29.1858
156.9571-2.33121.31461.5285-0.08780.41980.0860.1241-0.5622-0.1225-0.20540.18180.27161.24680.13380.34870.16590.03630.95290.02680.3934-13.863731.8343-47.6272
161.75920.1348-1.02980.8655-0.07281.4464-0.1008-0.1189-0.25660.16360.1423-0.13450.07750.0391-0.06490.43570.31980.00310.8855-0.00870.3801-5.478522.4216-34.1816
170.13350.16330.08510.4457-0.22630.8253-0.02970.0413-0.01730.08670.0027-0.07840.03480.01150.0190.2360.1221-0.00710.45960.0560.405-41.316340.93-26.827
182.7082-0.47571.09451.29670.30091.6709-0.06510.17520.2565-0.1576-0.0978-0.0156-0.3685-0.27020.15020.3650.13810.07020.37650.09930.3652-40.068450.126-44.4771
191.65020.09951.07480.69670.2091.7082-0.1340.16650.237-0.15750.09740.2307-0.4678-0.33620.05830.47050.1982-0.04670.51180.08610.4557-48.628357.9522-33.8507
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 24 )A-1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 25 through 39 )A25 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 68 )A40 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 69 through 133 )A69 - 133
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 134 through 162 )A134 - 162
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 163 through 179 )A163 - 179
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 180 through 221 )A180 - 221
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 222 through 253 )A222 - 253
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid -1 through 40 )B-1 - 40
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 41 through 133 )B41 - 133
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 134 through 189 )B134 - 189
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 190 through 253 )B190 - 253
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid -1 through 40 )C-1 - 40
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 41 through 146 )C41 - 146
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 147 through 189 )C147 - 189
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 190 through 253 )C190 - 253
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid -1 through 133 )D-1 - 133
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 134 through 189 )D134 - 189
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 190 through 253 )D190 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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