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Yorodumi- PDB-6vhd: FphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6vhd | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | FphF, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases F, KT129 bound | ||||||
Components | Esterase family protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / FphF / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / sodium bound / acyl / KT129 / intermediate | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationS-formylglutathione hydrolase / S-formylglutathione hydrolase activity / formaldehyde catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.98 Å | ||||||
Authors | Fellner, M. / Mace, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Acs Infect Dis. / Year: 2020Title: Structural Basis for the Inhibitor and Substrate Specificity of the Unique Fph Serine Hydrolases of Staphylococcus aureus . Authors: Fellner, M. / Lentz, C.S. / Jamieson, S.A. / Brewster, J.L. / Chen, L. / Bogyo, M. / Mace, P.D. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6vhd.cif.gz | 428.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6vhd.ent.gz | 355.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6vhd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6vhd_validation.pdf.gz | 465.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6vhd_full_validation.pdf.gz | 468.3 KB | Display | |
| Data in XML | 6vhd_validation.xml.gz | 2 KB | Display | |
| Data in CIF | 6vhd_validation.cif.gz | 13 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vh/6vhd | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6vh9SC ![]() 6vheC ![]() 6wcxC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1
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Components
| #1: Protein | Mass: 29205.822 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: EP54_00010, EQ90_02595, HMPREF3211_01237, NCTC10654_02801, NCTC10702_04070, RK64_00235 Plasmid: M1366 / Production host: ![]() References: UniProt: A0A0D6GS23, UniProt: Q2FUY3*PLUS, S-formylglutathione hydrolase #2: Chemical | ChemComp-6WG / ( #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.48 % / Mosaicity: 0.07 ° |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.2 uL ~7.5 mg/ml FphF+KT129 (0.12mM KT129, 12% DMSO, 18 mM HEPES pH 7.5, 8 mM NaCl) were mixed with 0.2 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 50 uL of 0.2 M Sodium ...Details: 0.2 uL ~7.5 mg/ml FphF+KT129 (0.12mM KT129, 12% DMSO, 18 mM HEPES pH 7.5, 8 mM NaCl) were mixed with 0.2 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 50 uL of 0.2 M Sodium citrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/v PEG 3350. Crystals were soaked for ~20 seconds in 75% reservoir solution and 25% glycerol prior to freezing in liquid nitrogen |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.954 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 31, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.954 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.98→49.28 Å / Num. obs: 73040 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 27.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 16.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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| Phasing MR |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6VH9 Resolution: 1.98→49.28 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / Phase error: 23.04
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 107.92 Å2 / Biso mean: 46.9353 Å2 / Biso min: 20.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.98→49.28 Å
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| Refine LS restraints NCS |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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