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- PDB-6wc5: Crystal Structure of a Ternary MEF2B/NKX2-5/myocardin enhancer DN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wc5
タイトルCrystal Structure of a Ternary MEF2B/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex
要素
  • (Myocardin enhancer DNA) x 2
  • Homeobox protein Nkx-2.5
  • Myocyte-specific enhancer factor 2B
キーワードTRANSCRIPTION / transcription complex / Cardiogenesis / Carcinogenesis / MADS-box and Homeobox
機能・相同性
機能・相同性情報


Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development / Nkx-2.5 complex / cardiac ventricle formation / apoptotic process involved in heart morphogenesis / atrioventricular node cell fate commitment / bundle of His development ...Purkinje myocyte differentiation / right ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / septum secundum development / proepicardium development / pulmonary myocardium development / Nkx-2.5 complex / cardiac ventricle formation / apoptotic process involved in heart morphogenesis / atrioventricular node cell fate commitment / bundle of His development / atrial cardiac muscle cell development / ventricular cardiac myofibril assembly / atrioventricular node cell development / embryonic heart tube left/right pattern formation / positive regulation of cardioblast differentiation / atrial cardiac muscle tissue development / atrioventricular node development / ventricular cardiac muscle cell development / regulation of cardiac muscle cell proliferation / atrial septum morphogenesis / positive regulation of heart contraction / negative regulation of myotube differentiation / Physiological factors / cardiac conduction system development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / pharyngeal system development / positive regulation of sodium ion transport / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / outflow tract septum morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / heart trabecula formation / adult heart development / cardiac muscle tissue morphogenesis / embryonic heart tube development / aortic valve morphogenesis / Cardiogenesis / cardiac muscle cell development / epithelial cell apoptotic process / cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / DNA-binding transcription activator activity / muscle organ development / ventricular septum morphogenesis / Myogenesis / cardiac septum morphogenesis / heart looping / hemopoiesis / thyroid gland development / regulation of cardiac conduction / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / regulation of cardiac muscle contraction / vasculogenesis / heart morphogenesis / spleen development / cardiac muscle contraction / epithelial cell differentiation / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein-DNA complex / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell junction / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site ...: / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein Nkx-2.5 / Myocyte-specific enhancer factor 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen, L. / Lei, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)5U54DK107981 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Crystal Structures of Ternary Complexes of MEF2 and NKX2-5 Bound to DNA Reveal a Disease Related Protein-Protein Interaction Interface.
著者: Lei, X. / Zhao, J. / Sagendorf, J.M. / Rajashekar, N. / Xu, J. / Dantas Machado, A.C. / Sen, C. / Rohs, R. / Feng, P. / Chen, L.
履歴
登録2020年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myocyte-specific enhancer factor 2B
B: Myocyte-specific enhancer factor 2B
C: Myocyte-specific enhancer factor 2B
D: Myocyte-specific enhancer factor 2B
E: Myocardin enhancer DNA
F: Myocardin enhancer DNA
G: Myocardin enhancer DNA
H: Myocardin enhancer DNA
I: Homeobox protein Nkx-2.5
N: Homeobox protein Nkx-2.5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,03610
ポリマ－84,03610
非ポリマー00
水543
1
A: Myocyte-specific enhancer factor 2B
B: Myocyte-specific enhancer factor 2B
E: Myocardin enhancer DNA
F: Myocardin enhancer DNA
I: Homeobox protein Nkx-2.5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0185
ポリマ－42,0185
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13110 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area18170 Å2
手法PISA
2
C: Myocyte-specific enhancer factor 2B
D: Myocyte-specific enhancer factor 2B
G: Myocardin enhancer DNA
H: Myocardin enhancer DNA
N: Homeobox protein Nkx-2.5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0185
ポリマ－42,0185
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13550 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.040, 93.240, 136.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D
17E
27G
18F
28H
19I
29N

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLYSLYSAA2 - 891 - 88
21GLYGLYLYSLYSBB2 - 891 - 88
12GLYGLYLYSLYSAA2 - 891 - 88
22GLYGLYLYSLYSCC2 - 891 - 88
13GLYGLYLYSLYSAA2 - 891 - 88
23GLYGLYLYSLYSDD2 - 891 - 88
14GLYGLYARGARGBB2 - 911 - 90
24GLYGLYARGARGCC2 - 911 - 90
15GLYGLYARGARGBB2 - 911 - 90
25GLYGLYARGARGDD2 - 911 - 90
16GLYGLYARGARGCC2 - 911 - 90
26GLYGLYARGARGDD2 - 911 - 90
17DADADTDTEE1 - 201 - 20
27DADADTDTGG1 - 201 - 20
18DCDCDTDTFF1 - 202 - 21
28DCDCDTDTHH1 - 202 - 21
19ARGARGSERSERII142 - 1933 - 54
29ARGARGSERSERNJ142 - 1933 - 54

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

#1: タンパク質
Myocyte-specific enhancer factor 2B / RSRFR2 / Serum response factor-like protein 2


分子量: 10737.450 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEF2B, XMEF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02080
#2: DNA鎖 Myocardin enhancer DNA


分子量: 6774.417 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Myocardin enhancer DNA


分子量: 6725.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: タンパク質 Homeobox protein Nkx-2.5 / Cardiac-specific homeobox / Homeobox protein CSX / Homeobox protein NK-2 homolog E


分子量: 7043.146 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NKX2-5, CSX, NKX2.5, NKX2E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52952
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 18% PEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.032 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.032 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→77 Å / Num. obs: 18336 / % possible obs: 94.29 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Num. unique obs: 1904 / CC1/2: 0.815

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N6J

1n6j


解像度: 2.9→76.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 39.751 / SU ML: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.43 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2509 884 4.8 %RANDOM
Rwork0.2052 ---
obs0.2074 17451 94.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 175.13 Å2 / Biso mean: 70.396 Å2 / Biso min: 15.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å20 Å2-0 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---1.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→76.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3952 1751 0 3 5706
Biso mean---23.72 -
残基数----555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0125967
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1711.4898376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2231.87811360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4685463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.18219.73259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.88915828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2061554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1530.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021340
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A23850.16
12B23850.16
21A24390.13
22C24390.13
31A23880.15
32D23880.15
41B24660.17
42C24660.17
51B24710.15
52D24710.15
61C24670.15
62D24670.15
71E18260.02
72G18260.02
81F17740.05
82H17740.05
91I16110.18
92N16110.18
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 66 -
Rwork0.343 1325 -
all-1391 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3135-0.3188-1.75856.4290.7364.4470.04350.24050.50070.24360.3091-0.2216-0.1691-0.1139-0.35260.30790.0063-0.05890.42290.14960.1231-22.662-9.108-3.377
24.9895-0.0873-1.99793.5027-1.3165.32850.02450.2470.31670.13070.25750.4786-0.1803-0.3907-0.28190.38820.0345-0.01350.33910.0980.1304-27.691-8.4221.278
33.7405-0.70180.44264.9975-1.56463.9925-0.21720.0963-0.5029-0.08480.07750.28610.1271-0.0130.13970.3362-0.00770.04380.2303-0.02660.0959-45.78613.713-27.506
45.2930.15552.14356.00460.59924.8144-0.24140.121-0.4013-0.0420.1797-0.2410.18860.18520.06170.30380.05820.10650.17930.03770.0784-40.83411.681-23.02
51.22080.0714-0.91470.89440.82478.42830.14990.0141-0.13240.06170.2525-0.12720.24220.2945-0.40240.41840.008-0.04670.33070.01850.0646-25.05-25.05512.323
61.3723-0.5408-2.16041.70270.04016.96030.03550.03480.05640.05210.2218-0.16140.2699-0.0833-0.25730.4504-0.04330.00060.33360.00590.0429-25.109-24.99612.783
71.0914-0.29361.92071.1378-0.881110.1240.08760.04120.06010.01520.1086-0.1409-0.3618-0.0157-0.19620.402-0.0167-0.0140.3201-0.02510.0418-38.42728.247-14.539
80.9841-0.25872.10781.6443-0.99548.5784-0.0048-0.02480.03110.01390.104-0.133-0.02140.4134-0.09930.3297-0.0341-0.03930.335-0.02290.0258-38.54527.708-13.94
96.7008-1.51480.45838.6492-0.15936.6714-0.06390.0164-0.37890.2225-0.00140.22520.2442-0.20290.06540.36010.05560.04830.1709-0.0030.0294-32.688-33.60729.651
105.18062.56150.56977.732-0.50474.522-0.12740.14010.3573-0.13580.0302-0.8393-0.35310.14170.09720.48280.0529-0.18550.3729-0.11330.334-29.20735.5774.857
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 21
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 22
8X-RAY DIFFRACTION8H0 - 21
9X-RAY DIFFRACTION9I142 - 196
10X-RAY DIFFRACTION10N140 - 194

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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