PDB-6wbt: 2.52 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wbt

タイトル

2.52 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Gut Microorganisms in Complex with NAD and Glucose-6-phosphate

要素

cellulase IBT99

キーワード

HYDROLASE / 6-phospho-alpha-glucosidase / Gut Microorganisms

機能・相同性

6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

metagenomes (その他)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.52 Å

データ登録者

Wu, R. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 2.52 Angstrom Resolution Crystal Structure of 6-phospho-alpha-glucosidase from Gut Microorganisms in Complex with NAD and Glucose-6-phosphate
著者: Wu, R. / Kim, Y. / Endres, M. / Joachimiak, J.

履歴

登録	2020年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wbt.cif.gz	742.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wbt.ent.gz	594 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6wbt_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wbt_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	6wbt_validation.xml.gz	63.9 KB	表示
CIF形式データ	6wbt_validation.cif.gz	84.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/6wbt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1u8xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oie-1 6ck1-d 6vc6-d 5oju-1 7a17-d 5ohz-d 5oi0-1 5oiw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: cellulase IBT99

B: cellulase IBT99

C: cellulase IBT99

D: cellulase IBT99

ヘテロ分子

209 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.797, 219.724, 97.978
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCD

#1: タンパク質

cellulase IBT99

分子量: 51384.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenomes (その他) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / Variant (発現宿主): gold

#3: 糖

ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ALPHA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / グルコ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 5種, 196分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Na/K phosphate pH 6.2, 20 %(w/v) PEG1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.52→75.09 Å / Num. obs: 70393 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 54.48 Å² / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 2.52→2.56 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.978 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3335 / CC_1/2: 0.402 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U8X

1u8x

解像度: 2.52→70.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	3582	5 %	random
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.229	66728	92.87 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.52→70.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14066	0	181	185	14432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0017	14539
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4893	19691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0417	2196
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	2487
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.8524	5593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.52-2.55	0.3423	106	0.3364	2619	X-RAY DIFFRACTION	95.38
2.55-2.59	0.3635	133	0.3533	2617	X-RAY DIFFRACTION	94.86
2.59-2.63	0.3891	127	0.3388	2596	X-RAY DIFFRACTION	95.54
2.63-2.66	0.4455	126	0.326	2621	X-RAY DIFFRACTION	95.08
2.66-2.71	0.3384	150	0.3282	2572	X-RAY DIFFRACTION	94.81
2.71-2.75	0.3378	133	0.2977	2579	X-RAY DIFFRACTION	94.86
2.75-2.8	0.3502	132	0.3053	2598	X-RAY DIFFRACTION	94.2
2.8-2.85	0.3329	138	0.2907	2602	X-RAY DIFFRACTION	95.14
2.85-2.9	0.3286	124	0.2889	2504	X-RAY DIFFRACTION	91.41
2.9-2.96	0.2992	124	0.2926	2589	X-RAY DIFFRACTION	93.49
2.96-3.03	0.3153	127	0.2771	2596	X-RAY DIFFRACTION	94.58
3.03-3.1	0.3463	145	0.2819	2568	X-RAY DIFFRACTION	94.04
3.1-3.17	0.2918	152	0.2902	2541	X-RAY DIFFRACTION	93.25
3.17-3.26	0.3497	161	0.29	2543	X-RAY DIFFRACTION	93.34
3.26-3.36	0.3119	132	0.2687	2552	X-RAY DIFFRACTION	93.1
3.36-3.47	0.3215	149	0.2467	2590	X-RAY DIFFRACTION	93.58
3.47-3.59	0.2736	145	0.2315	2465	X-RAY DIFFRACTION	90.47
3.59-3.73	0.2727	149	0.2158	2570	X-RAY DIFFRACTION	93.37
3.73-3.9	0.2456	146	0.2053	2563	X-RAY DIFFRACTION	92.87
3.9-4.11	0.2515	132	0.1883	2539	X-RAY DIFFRACTION	91.57
4.11-4.37	0.2424	155	0.1742	2506	X-RAY DIFFRACTION	91.44
4.37-4.7	0.2194	123	0.1738	2551	X-RAY DIFFRACTION	90.43
4.7-5.18	0.2116	151	0.1708	2580	X-RAY DIFFRACTION	92.7
5.18-5.92	0.226	156	0.2035	2535	X-RAY DIFFRACTION	90.61
5.92-7.46	0.2635	135	0.2112	2506	X-RAY DIFFRACTION	87.86
7.46-70.92	0.1656	131	0.1656	2626	X-RAY DIFFRACTION	87.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.806907179814	-0.428520585321	-0.376880914668	0.354233426016	-0.112775011012	0.339671645316	-0.0272891571787	0.510078409541	0.0273425626214	-0.084853370326	-0.0717185777295	0.380994113004	0.350545594132	-0.52782948857	0.156491901436	0.541721863606	-0.185257314836	-0.00715181894119	0.946600659449	-0.055202067011	0.857942679028	-29.1269377878	4.06022194962	21.462350467
2	1.44266697266	-0.321090190702	-0.848717255223	0.979937337026	0.765805518869	2.42756902611	-0.00491717940244	0.0664272203345	-0.269965826164	-0.0539794276113	-0.0285355034384	0.11114730479	-0.0425344727212	-0.445216221414	0.0664922400827	0.257596198083	0.0295216696321	-0.0503011022088	0.448955882957	0.0222973701011	0.370816104779	-14.0756326997	19.128793532	17.8140079586
3	0.941584110212	-0.512811811912	-0.483989491481	1.58746961503	0.715562950711	1.60247886001	-0.0533293327055	-0.0521179793662	-0.104670410479	-0.0299498803446	0.0764100351157	-0.0921539009325	0.130602642019	0.290780502543	-0.0458636821407	0.324995231265	0.0440756671615	-0.0145838324956	0.458190569885	-0.0192058185282	0.470363768473	27.7573711018	1.21703739686	9.88614487256
4	3.89195786732	0.676437052756	-0.277605822441	2.28716586153	0.212781351129	4.5040285771	-0.21776531396	0.533456453636	-0.437789087905	-0.570031757277	0.279213880443	-0.1035168647	0.343889730383	0.252890603882	-0.0745943502692	0.538561061793	0.0086535924258	-0.00797619030769	0.485072309813	-0.103890315028	0.484059210219	10.6983975281	11.5544032588	-8.48007003899
5	0.653684475808	-0.990875523956	-0.608457489635	0.640448530763	0.120733455934	0.717697669014	0.0221892058038	0.150302100031	-0.222489940676	-0.0562748978188	-0.0357165935192	0.00958679122184	0.146352877545	-0.0169265972297	0.013639504788	0.371352225425	0.00467586527973	-0.0234675775437	0.403484571871	-0.0309300219821	0.503496016904	12.9921576414	4.45290395997	8.17273155568
6	1.06352137626	0.368047048422	0.188676072416	1.65302685676	0.375799467844	0.601429142521	0.0186594731038	0.187482787841	0.0931867533802	-0.23012646493	0.0609355294367	-0.170632819103	-0.294885682354	0.24797215777	-0.0746450353651	0.605896100544	-0.149841711987	0.0301992297132	0.472510421769	0.0401194710884	0.345434659158	22.199920404	55.8012898292	-5.61063229945
7	0.740771894375	-0.334205037947	-0.304179463733	1.41142754357	-0.0631491097489	2.5974126704	0.036808163295	0.124054847744	-0.117775236541	-0.12944713417	0.0696504982111	-0.0594828754689	-0.368351714356	-0.145366174893	-0.102245642295	0.553777832116	-0.111796229295	0.0223326291249	0.393110984652	0.0130804589283	0.395919527074	12.4687480706	49.3433532279	5.12212461861
8	2.86361156879	-1.53404100257	0.323688798082	1.84202152608	-0.355812977924	2.93849159281	0.0705780167828	0.149965100622	-0.166951379888	-0.175049481759	-0.0856785886229	-0.499101451418	-0.295603266201	0.747829747025	0.00802279204179	0.512156387111	-0.173283531093	0.0190040723266	0.561449984846	-0.0394651721939	0.52069106286	35.6373348431	41.4199498461	15.9586426546
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10	0.852156880445	0.220352657394	-0.679515870726	1.19018291286	-1.10901435128	0.550327393496	0.0173507175345	0.0302076318003	0.0343654121515	0.0390997966185	-0.0134983478196	-0.0178560747769	-0.334604786205	0.170198833893	-0.0177400382844	0.507434932014	-0.105236526518	-0.014512035544	0.343037810222	-0.0131372983697	0.306554018014	17.0481458053	49.1172867566	11.1555124121
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 256 through 319 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 320 through 443 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 2 through 174 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 175 through 256 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 257 through 443 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 105 through 174 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 175 through 243 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 244 through 293 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 294 through 443 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 3 through 174 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 175 through 278 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 279 through 443 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 26 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 27 through 174 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 175 through 210 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 211 through 255 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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