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- PDB-5ohz: Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerat... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ohz | |||||||||
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Title | Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerate hydrolase (MhGgH) - SeMet derivative | |||||||||
![]() | Hydrolase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Mycobacterium | |||||||||
Function / homology | ![]() glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The structural characterization of a glucosylglycerate hydrolase provides insights into the molecular mechanism of mycobacterial recovery from nitrogen starvation. Authors: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Manso, J.A. / Ventura, M.R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 644.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 524 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 79 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 113.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ohcC ![]() 5oi0C ![]() 5oi1C ![]() 5oieC ![]() 5oivC ![]() 5oiwC ![]() 5oj4C ![]() 5ojuC ![]() 5ojvC ![]() 5ontC ![]() 5onzC ![]() 5oo2C ![]() 6q5tC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
Experimental dataset #2 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 51411.547 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: C731_0006 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-SER / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 27, 2015 | |||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
| |||||||||
Reflection | Resolution: 2.036→57.421 Å / Num. obs: 255146 / % possible obs: 96.5 % / Redundancy: 2.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 7.6 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.04→2.07 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.637 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.659 / Rpim(I) all: 0.438 / Rrim(I) all: 0.776 / % possible all: 82.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.036→57.421 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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