PDB-5ont: Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ont

タイトル

Crystal structure of Mycolicibacterium hassiacum glucosylglycerate hydrolase(MhGgH) E419A variant in complex with glucosylglycerol

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium hassiacum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

資金援助

ポルトガル, 2件

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: The structural characterization of a glucosylglycerate hydrolase provides insights into the molecular mechanism of mycobacterial recovery from nitrogen starvation.
著者: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Manso, J.A. / Ventura, M.R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

履歴

登録	2017年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_database_proc / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2019年7月31日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ont.cif.gz	386.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ont.ent.gz	317.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ont.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5ont ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/on/5ont	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ohcC 5ohzSC 5oi0C 5oi1C 5oieC 5oivC 5oiwC 5oj4C 5ojuC 5ojvC 5onzC 5oo2C 6q5tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5onz-1 5ohz-d 5oi1-1 5oj4-1 5oi0-1 5oie-1 5oiv-1 5oju-1 5oiw-1 6g3n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/481 / データの種類: diffraction image data

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS, gel filtration
206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.898, 158.760, 87.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 50899.461 Da / 分子数: 2 / 変異: E419A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 遺伝子: C731_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDL0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 糖	ChemComp-A0K / 1,3-dihydroxypropan-2-yl alpha-D-glucopyranoside / (2~{S},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-[1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yloxy]-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol / 1,3-dihydroxypropan-2-yl alpha-D-glucoside / 1,3-dihydroxypropan-2-yl D-glucoside / 1,3-dihydroxypropan-2-yl glucoside / 2-O-α-D-グルコピラノシルグリセロ-ルタイプ: D-saccharide / 分子量: 254.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₈O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 566 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→45.313 Å / Num. obs: 76309 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.091 / R_pim(I) all: 0.049 / R_rim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.901 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC_1/2: 0.552 / R_pim(I) all: 0.488 / R_rim(I) all: 1.027 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OHZ

5ohz

解像度: 2.05→45.313 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.33

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	3909	5.13 %
R_work	0.1542	-	-
obs	0.1563	76246	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.313 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7055	0	82	566	7703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7610
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	10387
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.319	4471
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	1067
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1361

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.075	0.3214	163	0.2644	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.075-2.1013	0.295	145	0.2452	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1013-2.1289	0.3016	119	0.2403	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1289-2.1581	0.2469	130	0.2266	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1581-2.1889	0.2826	152	0.2136	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1889-2.2216	0.2381	121	0.1979	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2216-2.2563	0.2673	104	0.1945	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2563-2.2933	0.2639	154	0.1919	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2933-2.3329	0.2002	150	0.182	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3329-2.3753	0.2325	150	0.1746	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3753-2.421	0.2233	141	0.1717	2559	X-RAY DIFFRACTION	99
2.421-2.4704	0.2004	133	0.1645	2525	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4704-2.5241	0.2226	130	0.165	2549	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5241-2.5828	0.2061	148	0.1616	2556	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5828-2.6474	0.2006	107	0.1579	2608	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6474-2.719	0.2091	121	0.1512	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.719-2.7989	0.2332	124	0.157	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7989-2.8893	0.2245	112	0.148	2578	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8893-2.9925	0.1958	113	0.1562	2551	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9925-3.1123	0.1757	155	0.1521	2409	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1123-3.2539	0.1933	156	0.1438	2534	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2539-3.4254	0.1729	149	0.1464	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4254-3.6399	0.1587	147	0.1375	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6399-3.9208	0.1799	168	0.1289	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9208-4.3151	0.1512	157	0.1151	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3151-4.9389	0.1874	143	0.1193	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9389-6.2199	0.183	155	0.155	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2199-45.3238	0.175	162	0.1672	2795	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9627	1.3537	-0.2269	5.7274	-2.6531	4.9661	-0.0497	0.1231	-0.0351	-0.2898	0.1541	0.2335	0.0673	-0.2011	-0.084	0.1577	0.0174	0.0052	0.1553	-0.0302	0.2131	42.5113	9.0767	37.3997
2	3.6563	-1.9202	2.3347	3.2549	-2.3821	6.6662	0.1612	0.3951	0.0097	-0.627	-0.1341	0.009	-0.0032	-0.0819	-0.0658	0.3191	-0.0077	0.0268	0.1869	-0.0263	0.2128	46.6407	21.3823	28.1304
3	3.2281	-1.2562	0.3446	2.3927	-0.3243	1.6844	0.0385	0.2977	0.0809	-0.3606	-0.0513	0.2637	-0.248	-0.1116	0.0058	0.322	-0.0049	-0.0148	0.2005	0.0139	0.2391	41.1338	30.157	32.4584
4	1.2507	0.1323	-0.091	1.6969	0.0905	1.1383	0.0022	-0.0689	0.1382	0.0567	0.0132	0.3078	-0.2101	-0.1533	-0.0255	0.228	0.0307	0.0069	0.1913	-0.0008	0.2493	37.8738	25.8814	49.1548
5	1.4623	2.2764	1.737	5.6978	1.9378	5.5447	0.2792	-0.2362	-0.159	0.5843	-0.1067	-0.2259	0.284	0.234	-0.158	0.2511	-0.0472	0.006	0.2881	0.0288	0.2152	49.6218	6.5195	80.3654
6	2.2822	0.4841	-0.2149	1.5123	-0.1017	1.9302	0.1879	-0.5816	0.0022	0.4581	-0.2412	-0.215	-0.2296	0.3292	0.0536	0.4387	-0.1458	-0.0445	0.4243	0.0009	0.2456	60.6585	24.3084	83.9707
7	1.8222	0.4103	-0.077	3.0532	-0.872	1.7743	0.0519	-0.0612	-0.2374	0.0213	-0.1307	-0.3689	0.0511	0.2673	0.0679	0.188	-0.0231	-0.021	0.2581	0.0031	0.2296	63.2707	11.9473	66.8926

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 135 through 272 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 273 through 446 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 69 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 70 through 320 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 321 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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