PDB-6g3n: Mycobacterial hydrolase complex 14.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g3n

タイトル

Mycobacterial hydrolase complex 14.

要素

Mycobacterial hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Mycobacterium

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosylglycerate hydrolase / glucosylglycerate hydrolase activity / Glc3Man9GlcNAc2 oligosaccharide glucosidase activity / oligosaccharide metabolic process / protein N-linked glycosylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium hassiacum

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Cereija, T.B. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

資金援助

ポルトガル, 2件

組織	認可番号	国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia (FCT)	POCI-01-0145-FEDER-007274	ポルトガル
Norte Portugal Regional Operational Programme NORTE 2020	Norte-01-0145-FEDER-000012	ポルトガル

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Structural characterization of mycobacterial hydrolase
著者: Cereija, T.B. / Alarico, S. / Lourenco, E.C. / Ventura, R. / Empadinhas, N. / Macedo-Ribeiro, S. / Pereira, P.J.B.

履歴

登録	2018年3月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g3n.cif.gz	375.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g3n.ent.gz	309.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g3n_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g3n_full_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示
XML形式データ	6g3n_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	6g3n_validation.cif.gz	49 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/6g3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/6g3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ohzS 5ohc 5oi0 5oi1 5oie 5oiv 5oiw 5oj4 5oju 5ojv 5ont 5onz 5oo2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5onz-1 5ohz-d 5oj4-1 5oi1-1 5ojv-1 5oie-1 5ont-1 5oiw-1 5oiv-1 5oo2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mycobacterial hydrolase

B: Mycobacterial hydrolase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mycobacterial hydrolase

B: Mycobacterial hydrolase

ヘテロ分子

A: Mycobacterial hydrolase

B: Mycobacterial hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.585, 158.835, 88.274
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-728- HOH

#1: タンパク質	Mycobacterial hydrolase 分子量: 50976.539 Da / 分子数: 2 / 変異: Q434F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium hassiacum (strain DSM 44199 / CIP 105218 / JCM 12690 / 3849) (バクテリア) 遺伝子: C731_0006 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K5BDL0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SER / SERINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris-Bicine pH 8.5, amino acids, PEG 4000, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.32→48.6 Å / Num. obs: 52533 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 10.4 % / R_merge(I) obs: 1.492 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4763 / CC_1/2: 0.536 / R_pim(I) all: 0.471 / R_rim(I) all: 1.568 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5OHZ

5ohz

解像度: 2.32→41.319 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	2595	4.95 %
R_work	0.1527	-	-
obs	0.1553	52473	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→41.319 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7170	0	56	255	7481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7463
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	10165
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.17	4372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1048
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1326

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.32-2.3622	0.3294	118	0.2751	2297	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3622-2.4076	0.354	132	0.24	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4076-2.4568	0.3524	120	0.234	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4568-2.5102	0.2744	125	0.2148	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5102-2.5686	0.2502	137	0.1977	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5686-2.6328	0.2563	140	0.197	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.704	0.2365	128	0.1883	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.704-2.7835	0.2526	129	0.1931	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7835-2.8733	0.248	127	0.1824	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8733-2.976	0.248	144	0.1743	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.976-3.0951	0.2445	157	0.1768	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0951-3.2359	0.2144	136	0.1676	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2359-3.4065	0.221	137	0.1708	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4065-3.6198	0.1876	163	0.1472	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6198-3.8991	0.1937	131	0.1301	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8991-4.2911	0.1567	120	0.1218	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2911-4.9111	0.1578	172	0.1154	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9111-6.1842	0.2036	160	0.1419	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1842-41.3257	0.1648	119	0.1369	2863	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9632	-0.4316	0.0874	7.0098	3.6557	5.3205	0.0143	-0.349	-0.066	0.7288	0.0378	-0.0032	0.0665	0.1899	-0.0325	0.3896	-0.0651	0.0033	0.3445	0.0509	0.3205	-42.6887	15.1855	-31.5616
2	1.6248	0.0087	0.5807	1.8723	0.1595	2.3228	-0.081	-0.1411	0.2763	0.2981	-0.0439	-0.1431	-0.5191	0.1006	0.1426	0.4999	-0.0387	0.0054	0.3052	-0.0369	0.3801	-43.6569	30.5678	-36.5786
3	2.5598	-0.3294	1.1569	2.8188	-0.7014	3.22	0.0409	0.1209	0.0937	-0.04	-0.0623	-0.4474	-0.2721	0.4568	0.009	0.3053	-0.0773	0.0514	0.3426	-0.0364	0.3952	-34.1834	21.7536	-51.2523
4	2.8696	-2.2655	2.5835	4.1897	-2.4746	5.897	0.2638	0.55	-0.0943	-0.7545	-0.2803	0.1522	0.1528	-0.2184	0.0232	0.5039	0.1392	0.0351	0.5819	-0.0726	0.3554	-52.5535	11.7324	-87.0618
5	2.257	-0.3501	0.0159	1.9022	0.1688	2.0248	0.1411	0.4739	0.0896	-0.4615	-0.1991	0.4111	-0.4413	-0.3902	0.0796	0.5955	0.1997	-0.0546	0.5677	0.0206	0.4253	-61.4357	24.369	-81.985
6	1.7864	-0.0356	-0.1138	4.2371	1.671	2.9714	0.141	0.184	-0.2105	-0.0191	-0.1588	0.3692	0.1022	-0.2864	0.0053	0.2824	0.069	-0.0512	0.3909	0.0033	0.3808	-63.1306	11.6344	-67.3

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 117 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 118 through 320 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 321 through 446 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 117 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 118 through 320 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 321 through 446 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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