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- PDB-6wbb: Structure of Mouse Importin alpha - MLH1-E475A NLS peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wbb
タイトルStructure of Mouse Importin alpha - MLH1-E475A NLS peptide complex
要素
  • DNA mismatch repair protein Mlh1
  • Importin subunit alpha-1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/NUCLEAR PROTEIN / Importin alpha / NLS / nuclear import / MLH1 / PROTEIN TRANSPORT / PROTEIN TRANSPORT-NUCLEAR PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chiasma / late recombination nodule / male meiosis chromosome segregation / meiotic metaphase I homologous chromosome alignment / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / negative regulation of mitotic recombination / MutLalpha complex / meiotic spindle midzone assembly / guanine/thymine mispair binding ...chiasma / late recombination nodule / male meiosis chromosome segregation / meiotic metaphase I homologous chromosome alignment / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / negative regulation of mitotic recombination / MutLalpha complex / meiotic spindle midzone assembly / guanine/thymine mispair binding / meiotic telomere clustering / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / Sensing of DNA Double Strand Breaks / resolution of meiotic recombination intermediates / homologous chromosome pairing at meiosis / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / nuclear import signal receptor activity / oogenesis / ATP-dependent DNA damage sensor activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / male germ cell nucleus / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / response to bacterium / enzyme activator activity / Meiotic recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / cytoplasmic stress granule / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein import into nucleus / host cell / chromosome / spermatogenesis / DNA-binding transcription factor binding / postsynaptic density / chromatin binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair protein Mlh1, C-terminal / DNA mismatch repair protein Mlh1 C-terminus / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Importin subunit alpha ...DNA mismatch repair protein Mlh1, C-terminal / DNA mismatch repair protein Mlh1 C-terminus / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein Mlh1 / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.663 Å
データ登録者De Barros, A.C. / Da Silva, T.D. / Oliveira, H.C. / Fukuda, C.A. / Fontes, M.R.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP) ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2021
タイトル: Structural and calorimetric studies reveal specific determinants for the binding of a high-affinity NLS to mammalian importin-alpha.
著者: de Oliveira, H.C. / da Silva, T.D. / Salvador, G.H.M. / Moraes, I.R. / Fukuda, C.A. / de Barros, A.C. / Fontes, M.R.M.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Importin subunit alpha-1
C: DNA mismatch repair protein Mlh1
B: DNA mismatch repair protein Mlh1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5443
ポリマ－52,5443
非ポリマー00
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.268, 90.556, 100.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 49886.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド DNA mismatch repair protein Mlh1 / MutL protein homolog 1


分子量: 1328.462 Da / 分子数: 2 / Fragment: NLS peptide / Mutation: E475A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40692
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 6), 10 mM DTT, 0.55 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.425 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.425 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.663→43.912 Å / Num. obs: 274753 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 53.74 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.04319 / Rrim(I) all: 0.1572 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.663→2.758 Å / Rmerge(I) obs: 1.122 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique obs: 27323 / CC1/2: 0.803 / Rpim(I) all: 0.3161 / Rrim(I) all: 1.167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5U5P

5u5p


解像度: 2.663→43.912 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 3743 9.51 %
Rwork0.1826 --
obs0.1869 39367 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 152.84 Å2 / Biso mean: 53.743 Å2 / Biso min: 23.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.663→43.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3400 0 0 70 3470
Biso mean---45.52 -
残基数----444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6574706
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.7322109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004605
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6633-2.6970.36721340.3055128496
2.697-2.73250.30341410.27081322100
2.7325-2.76990.31331410.24651324100
2.7699-2.80950.28291390.2461296100
2.8095-2.85140.25171430.24211330100
2.8514-2.8960.28951380.24491319100
2.896-2.94350.31681370.24421323100
2.9435-2.99420.29361380.24641357100
2.9942-3.04860.27941330.24071287100
3.0486-3.10730.26081450.23771341100
3.1073-3.17070.25641370.21181302100
3.1707-3.23960.27841470.20551347100
3.2396-3.31490.28531370.2131306100
3.3149-3.39780.28681380.20471337100
3.3978-3.48960.2511390.21221308100
3.4896-3.59230.24281370.2021312100
3.5923-3.70810.23981410.18951340100
3.7081-3.84060.20081400.17431300100
3.8406-3.99430.21971430.15191344100
3.9943-4.17590.1851340.15181314100
4.1759-4.39590.2131380.1341337100
4.3959-4.6710.18811380.14681303100
4.671-5.03120.19121390.14391348100
5.0312-5.53660.18511370.16321305100
5.5366-6.33580.2591350.18221322100
6.3358-7.97460.18451410.15821331100
7.9746-43.9120.13221330.1261128597
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34750.4313-0.07092.22420.74230.61530.0914-0.030.0274-0.0282-0.0118-0.002-0.095-0.0371-0.05460.33240.0330.01310.31550.0140.230343.532784.687365.8674
21.65140.56321.04761.86160.61581.56560.08470.4845-0.2107-0.26330.1273-0.36990.11860.3213-0.18990.33970.02380.0240.438-0.08360.437832.29554.06236.2904
33.6727-0.7464-0.36640.94310.53622.71750.12550.1877-0.56480.02060.4316-0.9837-0.13090.4363-0.33270.5167-0.03140.00420.5524-0.17020.711442.851255.500341.692
43.36651.42430.91914.07040.50473.9339-0.0392-0.16-0.1067-0.1095-0.39980.4770.0842-0.26960.14870.37130.03340.03410.4442-0.07680.339336.901684.393958.4615
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'I' and (resid 72 through 278 )I72 - 278
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'I' and (resid 279 through 497 )I279 - 497
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 467 through 474 )C467 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 467 through 476 )B467 - 476

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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