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- PDB-6wb7: Acarbose Kinase AcbK as a Complex with Acarbose and AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6wb7
タイトルAcarbose Kinase AcbK as a Complex with Acarbose and AMP-PNP
要素Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / CARBOHYDRATE KINASE / ACARBOSE / NUCLEOTIDE BINDING / ATP BINDING / METAL ION BINDING / RIBOKINASE ACTIVITY / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


acarbose 7IV-phosphotransferase / kinase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-acarbose / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoplanes sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Balaich, J.N. / Estrella, M.A. / Donia, M.S.
資金援助1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: The human microbiome encodes resistance to the antidiabetic drug acarbose.
著者: Balaich, J. / Estrella, M. / Wu, G. / Jeffrey, P.D. / Biswas, A. / Zhao, L. / Korennykh, A. / Donia, M.S.
履歴
登録2020年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
B: Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
C: Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
D: Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,72121
ポリマ－134,7474
非ポリマー4,97417
水6,846380
1
A: Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
B: Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,83310
ポリマ－67,3742
非ポリマー2,4598
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
2
C: Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
D: Acarbose 7(IV)-phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,88811
ポリマ－67,3742
非ポリマー2,5149
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area22250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.545, 50.268, 127.794
Angle α, β, γ (deg.)89.060, 80.180, 71.810
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Acarbose 7(IV)-phosphotransferase / Acarbose 7-kinase


分子量: 33686.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoplanes sp. (strain ATCC 31044 / CBS 674.73 / SE50/110) (バクテリア)
株: ATCC 31044 / CBS 674.73 / SE50/110 / 遺伝子: acbK, ACPL_3675 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RMD4, acarbose 7IV-phosphotransferase
#2: 多糖
4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D- ...4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-acarbose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 645.606 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-acarbose
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-6-deoxy-Glcp4N]{[(4+1)][<C7O4>]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 393分子

#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25 M NaCl, 16% w/v PEG 3350, 10 mM MnCl2, 6 mM AMP-PNP, and 50 mM Acarbose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→28.533 Å / Num. obs: 40165 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 31.29 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.44-2.52.40.665702028950.5620.5250.8521.492.4
10.91-28.532.60.0411394380.9960.0320.05218.493.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WB4

6wb4


解像度: 2.44→28.532 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 2031 5.06 %
Rwork0.1867 --
obs0.19 40153 97.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 99.88 Å2 / Biso mean: 32.4481 Å2 / Biso min: 12.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→28.532 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8752 0 309 380 9441
Biso mean--34.15 30.63 -
残基数----1176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7912741
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031645
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.433293
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.44-2.49650.33711290.267252093
2.4965-2.55880.33411210.2643246797
2.5588-2.6280.34771260.2567257997
2.628-2.70530.34111110.2456249497
2.7053-2.79250.33381510.2355256397
2.7925-2.89220.27831260.228249798
2.8922-3.00790.2991510.2319256098
3.0079-3.14460.29651240.2255259698
3.1446-3.31020.30151250.2031254498
3.3102-3.51720.26861330.1912255199
3.5172-3.78820.24511410.1729256898
3.7882-4.16840.21231520.1534255198
4.1684-4.76920.16491250.1315256998
4.7692-5.99950.20771520.1477253698
5.9995-28.5320.17871640.1399252798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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