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- PDB-6war: Crystal structure of the MERS-CoV RBD bound by the neutralizing s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6war
タイトルCrystal structure of the MERS-CoV RBD bound by the neutralizing single-domain antibody MERS VHH-55
要素
  • Spike protein
  • nanobody MERS VHH-55
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MERS-CoV / nanobody / coronavirus / RBD / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...ubp-family deubiquitinating enzyme fold - #30 / Spike protein, C-terminal core receptor binding subdomain / ubp-family deubiquitinating enzyme fold / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Single Sheet / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wrapp, D. / Torres, G.M. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI127521 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Potent Neutralization of Betacoronaviruses by Single-Domain Camelid Antibodies.
著者: Wrapp, D. / De Vlieger, D. / Corbett, K.S. / Torres, G.M. / Wang, N. / Van Breedam, W. / Roose, K. / van Schie, L. / Hoffmann, M. / Pohlmann, S. / Graham, B.S. / Callewaert, N. / Schepens, B. ...著者: Wrapp, D. / De Vlieger, D. / Corbett, K.S. / Torres, G.M. / Wang, N. / Van Breedam, W. / Roose, K. / van Schie, L. / Hoffmann, M. / Pohlmann, S. / Graham, B.S. / Callewaert, N. / Schepens, B. / Saelens, X. / McLellan, J.S.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年6月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Spike protein
B: nanobody MERS VHH-55
C: Spike protein
D: nanobody MERS VHH-55
E: Spike protein
F: nanobody MERS VHH-55
G: Spike protein
H: nanobody MERS VHH-55
I: Spike protein
J: nanobody MERS VHH-55
K: Spike protein
L: nanobody MERS VHH-55
M: Spike protein
N: nanobody MERS VHH-55
O: Spike protein
P: nanobody MERS VHH-55
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,83719
ポリマ－312,17316
非ポリマー6643
水00
1
A: Spike protein
B: nanobody MERS VHH-55


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0222
ポリマ－39,0222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Spike protein
D: nanobody MERS VHH-55


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0222
ポリマ－39,0222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Spike protein
F: nanobody MERS VHH-55
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2433
ポリマ－39,0222
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Spike protein
H: nanobody MERS VHH-55
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2433
ポリマ－39,0222
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: Spike protein
J: nanobody MERS VHH-55


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0222
ポリマ－39,0222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: Spike protein
L: nanobody MERS VHH-55


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0222
ポリマ－39,0222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: Spike protein
N: nanobody MERS VHH-55


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0222
ポリマ－39,0222
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
O: Spike protein
P: nanobody MERS VHH-55
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2433
ポリマ－39,0222
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)150.047, 283.378, 173.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 378 through 587)
21(chain C and resid 378 through 587)
31(chain E and resid 378 through 587)
41(chain G and (resid 378 through 586 or (resid 587...
51(chain I and (resid 378 through 586 or (resid 587...
61(chain K and (resid 378 through 586 or (resid 587...
71(chain M and resid 378 through 587)
81(chain O and (resid 378 through 586 or (resid 587...
12(chain B and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))
22(chain D and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))
32(chain F and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))
42(chain H and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))
52(chain J and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))
62chain L
72(chain N and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))
82(chain P and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resid 378 through 587)A378 - 587
211(chain C and resid 378 through 587)C378 - 587
311(chain E and resid 378 through 587)E378 - 587
411(chain G and (resid 378 through 586 or (resid 587...G0
511(chain I and (resid 378 through 586 or (resid 587...I0
611(chain K and (resid 378 through 586 or (resid 587...K0
711(chain M and resid 378 through 587)M378 - 587
811(chain O and (resid 378 through 586 or (resid 587...O0
112(chain B and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))B2 - 39
122(chain B and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))B45 - 114
212(chain D and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))D2 - 39
222(chain D and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))D45 - 114
312(chain F and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))F2 - 39
322(chain F and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))F45 - 114
412(chain H and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))H2 - 39
422(chain H and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))H45 - 114
512(chain J and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))J2 - 39
522(chain J and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))J45 - 114
612chain LL2 - 114
712(chain N and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))N2 - 39
722(chain N and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))N45 - 114
812(chain P and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))P2 - 39
822(chain P and (resid 2 through 39 or resid 45 through 114))P45 - 114

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Spike protein


分子量: 25337.531 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0U2MS80, UniProt: K9N5Q8*PLUS
#2: 抗体
nanobody MERS VHH-55


分子量: 13684.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.0 M Na/K phosphate pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→66.3 Å / Num. obs: 50369 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.485 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.4→3.51 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4438 / CC1/2: 0.161

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3758精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4L72, 5F1O

4l72

5f1o


解像度: 3.4→54.9 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2682 2474 5.19 %
Rwork0.2141 45224 -
obs0.217 47698 93.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 262.8 Å2 / Biso mean: 84.3692 Å2 / Biso min: 22.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→54.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20170 0 42 0 20212
Biso mean--115.73 --
残基数----2647
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00720689
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04628170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3732871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0663144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073639
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5048X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
12C5048X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
13E5048X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
14G5048X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
15I5048X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
16K5048X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
17M5048X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
18O5048X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
21B2757X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
22D2757X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
23F2757X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
24H2757X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
25J2757X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
26L2757X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
27N2757X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
28P2757X-RAY DIFFRACTION9.437TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.470.3111140.28942132224680
3.47-3.540.32831050.27762218232382
3.54-3.610.3151420.29652271241386
3.61-3.70.39851230.29012342246588
3.7-3.790.34171240.26562391251590
3.79-3.890.34091140.2672400251489
3.89-4.010.24211210.22842460258191
4.01-4.140.2721400.21852457259793
4.14-4.280.24481300.21232480261092
4.28-4.450.28081620.19682636279898
4.45-4.660.21261580.17422626278499
4.66-4.90.23891470.169926932840100
4.9-5.210.23741490.18832673282299
5.21-5.610.24641420.19492623276597
5.61-6.180.26661210.1992667278897
6.18-7.070.26891600.20742688284899
7.07-8.90.23511530.19672674282797
8.9-54.90.25791690.20192793296298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9830.21660.32631.42830.81272.97290.09380.0279-0.036-0.0704-0.0982-0.0355-0.4431-0.16370.01570.25750.04320.00660.25430.05790.3003-46.203-21.71929.181
21.2180.1726-0.29922.20090.15882.27210.14740.7150.5497-0.3901-0.4554-0.1557-0.1677-0.32360.21740.36920.1932-0.08370.67020.03090.3706-45.706-40.519-4.447
31.0928-0.3513-0.27431.9762-0.31710.8279-0.0334-0.20660.12550.09170.0099-0.1445-0.13610.14070.02630.48680.04890.02480.36010.02790.1731-39.797-35.15865.198
40.3307-0.0083-0.44121.742-1.00161.6902-0.0974-0.242-0.13740.25680.0048-0.40570.0098-0.08530.09840.76920.2940.19340.58540.50450.3978-39.397-71.70579.09
51.37750.0072-0.41312.3303-0.61891.7501-0.05560.3522-0.2496-0.1718-0.08060.3650.1677-0.02680.11160.2594-0.0019-0.03240.3775-0.13740.3154-24.561-54.85430.803
60.1967-0.0218-0.43151.30930.06311.4666-0.7533-0.4865-0.82150.337-0.25510.00531.04180.6429-0.92770.89890.51810.72180.57790.55741.6721-23.153-83.51456.562
71.4439-0.24490.13471.8302-0.73570.98650.0111-0.3097-0.26560.31190.21640.6786-0.1046-0.0872-0.14330.64460.00740.24460.28910.01810.615-65.917-25.28265.537
81.41590.21040.40171.8748-0.19641.5822-0.1033-0.05580.12890.0745-0.1145-0.2402-0.16470.02690.1140.40180.01150.05320.26810.0350.5564-64.23110.98252.64
90.74690.40260.34340.9046-0.56262.59190.1574-0.0362-0.0757-0.0132-0.0480.04350.14180.414-0.06630.36640.13340.15510.3792-0.04510.4405-61.087-58.04542.425
100.38010.4109-0.21981.71040.61461.7477-0.00760.3527-0.5539-0.5679-0.45080.3930.2973-0.33080.37620.72550.21420.10790.7267-0.21640.9402-59.016-63.4424.143
111.8655-0.09330.12771.38051.07591.98310.18480.03360.76590.01260.1369-0.2963-0.01240.1842-0.2260.2831-0.0515-0.06250.4526-0.07850.667-19.09-16.77337.264
120.02760.00160.15581.8593-0.0820.8808-0.0917-0.83980.54840.4497-0.1095-0.257-0.4549-0.0791-0.06120.83460.1585-0.28841.3675-0.7281.3073-16.9153.72669.196
132.6326-0.42450.28662.35770.56682.22470.4354-1.0297-0.4350.0831-0.11120.08150.3519-0.5365-0.22840.4193-0.045-0.11970.75740.16970.5018-2.642-46.52562.514
140.2064-0.38120.36230.8011-0.36140.9870.0941-0.13930.39820.3562-0.1935-0.0003-0.1077-0.0287-0.36130.82890.29480.06741.8034-0.93651.2025-3.694-17.71187.664
152.9461-0.22270.16641.4773-0.42592.0314-0.7573-0.41370.1483-0.16770.20140.179-0.7175-0.03690.31260.91970.0077-0.22620.4180.18060.6183-62.9434.80854.349
161.0419-0.0141-0.17780.4815-0.16960.9001-0.04210.229-0.1682-0.2759-0.0901-0.2855-0.17561.01950.03530.7196-0.2334-0.00861.54080.44440.8354-35.25829.77627.471
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 378:588 )A378 - 588
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 2:115 )B2 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 378:588 )C378 - 588
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 2:118 )D2 - 118
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND ( RESID 378:588 OR RESID 601:601 ) )E378 - 588
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND ( RESID 378:588 OR RESID 601:601 ) )E601
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 2:114 )F2 - 114
8X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND ( RESID 378:588 OR RESID 601:601 ) )G378 - 588
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND ( RESID 378:588 OR RESID 601:601 ) )G601
10X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 2:114 )H2 - 114
11X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN I AND RESID 378:588 )I378 - 588
12X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN J AND RESID 2:114 )J2 - 114
13X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN K AND RESID 378:587 )K378 - 587
14X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND RESID 2:114 )L2 - 114
15X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN M AND RESID 378:588 )M378 - 588
16X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN N AND RESID 2:114 )N2 - 114
17X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN O AND ( RESID 378:588 OR RESID 601:601 ) )O378 - 588
18X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN O AND ( RESID 378:588 OR RESID 601:601 ) )O601
19X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN P AND RESID 2:114 )P2 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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