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- PDB-6waq: Crystal structure of the SARS-CoV-1 RBD bound by the cross-reacti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6waq
タイトルCrystal structure of the SARS-CoV-1 RBD bound by the cross-reactive single-domain antibody SARS VHH-72
要素
  • Spike glycoprotein
  • nanobody SARS VHH-72
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-1 / VHH / nanobody / RBD / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Lama glama (ラマ)
Human SARS coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wrapp, D. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI127521 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Potent Neutralization of Betacoronaviruses by Single-Domain Camelid Antibodies.
著者: Wrapp, D. / De Vlieger, D. / Corbett, K.S. / Torres, G.M. / Wang, N. / Van Breedam, W. / Roose, K. / van Schie, L. / Hoffmann, M. / Pohlmann, S. / Graham, B.S. / Callewaert, N. / Schepens, B. ...著者: Wrapp, D. / De Vlieger, D. / Corbett, K.S. / Torres, G.M. / Wang, N. / Van Breedam, W. / Roose, K. / van Schie, L. / Hoffmann, M. / Pohlmann, S. / Graham, B.S. / Callewaert, N. / Schepens, B. / Saelens, X. / McLellan, J.S.
履歴
登録2020年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: nanobody SARS VHH-72
D: Spike glycoprotein
C: nanobody SARS VHH-72
B: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6817
ポリマ－71,0174
非ポリマー6643
水1,838102
1
A: nanobody SARS VHH-72
B: Spike glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7303
ポリマ－35,5082
非ポリマー2211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Spike glycoprotein
C: nanobody SARS VHH-72
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9514
ポリマ－35,5082
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.848, 88.848, 200.887
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: 抗体 nanobody SARS VHH-72


分子量: 13783.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 21725.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human SARS coronavirus (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59594
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M LiSO4, 0.1 M LiCl, 8% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50.513 Å / Num. obs: 47356 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4063 / CC1/2: 0.865 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15_3459精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AJF, 5F1O

2ajf

5f1o


解像度: 2.2→50.513 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2359 2335 4.94 %
Rwork0.2026 --
obs0.2042 47250 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 180.8 Å2 / Biso mean: 78.4973 Å2 / Biso min: 32.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→50.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4934 0 42 102 5078
Biso mean--92.54 56.2 -
残基数----626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7566960
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9311817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048734
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005900
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.2450.3871490.3183254499
2.245-2.29380.39321370.3239262699
2.2938-2.34710.28131350.2789260199
2.3471-2.40580.30971290.2676260799
2.4058-2.47090.31381360.2529261399
2.4709-2.54360.33091590.2659255499
2.5436-2.62570.31191190.2476265099
2.6257-2.71950.26541280.23162612100
2.7195-2.82840.25361240.23792631100
2.8284-2.95710.3191320.23522659100
2.9571-3.1130.22291440.2319259899
3.113-3.3080.26951510.22082644100
3.308-3.56330.23051240.20482678100
3.5633-3.92180.23221260.18822670100
3.9218-4.4890.16231510.1575266999
4.489-5.65450.19041380.15962721100
5.6545-50.5130.22691530.1854283899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.41580.6067-0.86012.738-1.87641.38160.6318-0.71440.7622-0.8031-0.0564-0.083-1.34790.4521-0.49241.7836-0.08040.29990.5822-0.15810.925643.05560.198-22.827
22.9020.8099-0.2832.69250.38624.03360.132-0.269-0.07260.2511-0.178-0.0405-0.07760.24460.03790.6063-0.1872-0.05830.355-0.01550.332643.8767.908-8.079
32.480.03-1.43214.1497-0.68665.3802-0.02960.1785-0.1142-0.24490.01150.05430.729-0.6440.0010.7633-0.2449-0.01160.36690.02450.359532.656-15.725-17.581
41.727-0.30470.94860.8554-0.63512.42210.41060.11050.3274-0.4601-0.40710.0734-0.9112-0.03330.04831.48750.06320.02630.4103-0.00980.502841.45333.731-34.346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:115 )A1 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND ( RESID 320:503 OR RESID 601:602 ) )D320 - 503
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN D AND ( RESID 320:503 OR RESID 601:602 ) )D601 - 602
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1:113 )C1 - 113
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 321:510 )B321 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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