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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w9p | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Tel26 Parallel Four-quartet G-quadruplex with K+ | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(P*キーワード | DNA / G-quadruplex / Parallel / Four-quartets / propeller loops | 機能・相同性 | : / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | データ登録者 | McCarthy, S.E. / Yatsunyk, L.A. / Beseiso, D. / Miao, J. | 資金援助 | 米国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022 | タイトル: The first crystal structures of hybrid and parallel four-tetrad intramolecular G-quadruplexes. 著者: Beseiso, D. / Chen, E.V. / McCarthy, S.E. / Martin, K.N. / Gallagher, E.P. / Miao, J. / Yatsunyk, L.A. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w9p.cif.gz | 40.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w9p.ent.gz | 29.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w9p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6w9p_validation.pdf.gz | 369.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6w9p_full_validation.pdf.gz | 369.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6w9p_validation.xml.gz | 3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6w9p_validation.cif.gz | 3.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/6w9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/6w9p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 8289.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DT26 has no base and only the phosphate is modeled. / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.1 % / 解説: relatively think sheets, look clam-shell shaped. |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 32% PEG 2000, 0.3M sodium chloride, 0.05M sodium cacodylate pH 6.5 Temp details: Crystals grown at room temperature. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日 |
放射 | モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→64.9 Å / Num. obs: 4116 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 45.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.875 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1O0K 解像度: 1.99→33.5 Å / SU ML: 0.234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.504 立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→33.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -10.6721 Å / Origin y: 6.7064 Å / Origin z: 6.0994 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |