[日本語] English
万見
- PDB-6w9p: Tel26 Parallel Four-quartet G-quadruplex with K+ -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w9p
タイトルTel26 Parallel Four-quartet G-quadruplex with K+
要素DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / Parallel / Four-quartets / propeller loops
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者McCarthy, S.E. / Yatsunyk, L.A. / Beseiso, D. / Miao, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R15CA208676-01A1 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: The first crystal structures of hybrid and parallel four-tetrad intramolecular G-quadruplexes.
著者: Beseiso, D. / Chen, E.V. / McCarthy, S.E. / Martin, K.N. / Gallagher, E.P. / Miao, J. / Yatsunyk, L.A.
履歴
登録2020年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4305
ポリマ－8,2891
非ポリマー1404
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, determined purity and homogeneity of the samples; the sample exist as a monomer, but on the gel three bands were obvious and the crystallized samples clearly ...根拠: native gel electrophoresis, determined purity and homogeneity of the samples; the sample exist as a monomer, but on the gel three bands were obvious and the crystallized samples clearly represents only one of those bands. We have also conducted Circular Dichroism spectroscopy to obtaine conformation information - parallel vs antiparallel as well as CD thermal melting studies to obtain stability information.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.681, 38.681, 64.921
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 8289.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DT26 has no base and only the phosphate is modeled. / 由来: (合成) Tetrahymena thermophila (真核生物)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.1 % / 解説: relatively think sheets, look clam-shell shaped.
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 32% PEG 2000, 0.3M sodium chloride, 0.05M sodium cacodylate pH 6.5
Temp details: Crystals grown at room temperature.

-
データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月13日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→64.9 Å / Num. obs: 4116 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 45.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.875 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O0K

1o0k


解像度: 1.99→33.5 Å / SU ML: 0.234 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 33.504
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 401 9.83 %random selection
Rwork0.197 ---
obs0.199 4078 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→33.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 551 4 30 585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005619
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.722961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.657256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.280.33651340.27121175X-RAY DIFFRACTION97
2.28-2.870.30291250.26141213X-RAY DIFFRACTION100
2.87-33.50.17481420.16941289X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.6721 Å / Origin y: 6.7064 Å / Origin z: 6.0994 Å
111213212223313233
T0.2773 Å2-0.0386 Å2-0.029 Å2-0.2304 Å20.0086 Å2--0.3496 Å2
L4.7352 °2-0.1951 °2-1.0946 °2-3.9951 °20.9459 °2--4.2361 °2
S-0.1037 Å °0.0531 Å °0.065 Å °-0.2871 Å °-0.04 Å °-0.0467 Å °-0.482 Å °-0.0937 Å °0.1731 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る