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万見
- PDB-3ebx: REFINEMENT AT 1.4 ANGSTROMS RESOLUTION OF A MODEL OF ERABUTOXIN B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ebx
タイトルREFINEMENT AT 1.4 ANGSTROMS RESOLUTION OF A MODEL OF ERABUTOXIN B. TREATMENT OF ORDERED SOLVENT AND DISCRETE DISORDER
要素ERABUTOXIN B
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
手法X線回折 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Smith, J.L. / Corfield, P.W.R. / Hendrickson, W.A. / Low, B.W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1988
タイトル: Refinement at 1.4 A resolution of a model of erabutoxin b: treatment of ordered solvent and discrete disorder.
著者: Smith, J.L. / Corfield, P.W. / Hendrickson, W.A. / Low, B.W.
#1: ジャーナル: Asia Pac.J.Pharmacol. / 年: 1987
タイトル: Acetylcholine Receptor. Alpha-Toxin Binding Site-Theoretical and Model Studies
著者: Low, B.W. / Corfield, P.W.R.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1986
タイトル: Erabutoxin B. Structure(Slash)Function Relationships Following Initial Protein Refinement at 0.140-Nm Resolution
著者: Low, B.W. / Corfield, P.W.R.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1985
タイトル: Erabutoxin B. Initial Protein Refinement and Sequence Analysis at 0.140-Nm Resolution
著者: Bourne, P.E. / Sato, A. / Corfield, P.W.R. / Rosen, L.S. / Birken, S. / Low, B.W.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1980
タイトル: The Toxin-Agglutinin Fold. A New Group of Small Protein Structures Organized Around a Four-Disulfide Core
著者: Drenth, J. / Low, B.W. / Richardson, J.S. / Wright, C.S.
#5: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1979
タイトル: Molecular Conformation of Erabutoxin B. Atomic Coordinates at 2.5 Angstroms Resolution
著者: Kimball, M.R. / Sato, A. / Richardson, J.S. / Rosen, L.S. / Low, B.W.
#6: ジャーナル: Handb.Exp.Pharmacol. / 年: 1979
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Postsynaptic Snake Neurotoxins. Consideration of Structure and Function
著者: Low, B.W.
#7: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1976
タイトル: Three Dimensional Structure of Erabutoxin B Neurotoxic Protein. Inhibitor of Acetylcholine Receptor
著者: Low, B.W. / Preston, H.S. / Sato, A. / Rosen, L.S. / Searl, J.E. / Rudko, A.D. / Richardson, J.S.
#8: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1971
タイトル: X-Ray Crystallographic Study of the Erabutoxins and of a Diiodo Derivative
著者: Low, B.W. / Potter, R. / Jackson, R.B. / Tamiya, N. / Sato, S.
履歴
登録1988年1月15日処理サイト: BNL
置き換え1988年4月16日ID: 2EBX
改定 1.01988年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE BETA SHEET *DCE* WAS INADVERTENTLY NOT INCLUDED IN ENTRY *2EBX*.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERABUTOXIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9742
ポリマ－6,8781
非ポリマー961
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.940, 46.580, 21.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: SEE REMARK 4.

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要素

#1: タンパク質 ERABUTOXIN B


分子量: 6877.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Laticauda semifasciata (エラブウミヘビ)
参照: UniProt: Q90VW1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE POSTSYNAPTIC NEUROTOXINS OF SEA SNAKE VENOM ARE ANTAGONISTS OF THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE ...THE POSTSYNAPTIC NEUROTOXINS OF SEA SNAKE VENOM ARE ANTAGONISTS OF THE NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR. THE HOMOLOGY BETWEEN ALL THESE VENOM NEUROTOXINS OF BOTH SHORT AND LONG CHAIN SERIES IS ACKNOWLEDGED IN SOME PUBLICATIONS BY SEQUENCE NUMBER CHANGES (SEE REFERENCE 6 ABOVE FOR DETAILS).
由来についての詳細THE PREVIOUS REFINEMENT ESTABLISHED THE STRUCTURAL IDENTITY OF ERABUTOXIN B AND NEUROTOXIN B. ...THE PREVIOUS REFINEMENT ESTABLISHED THE STRUCTURAL IDENTITY OF ERABUTOXIN B AND NEUROTOXIN B. ERABUTOXIN B WAS ISOLATED FROM THE VENOM OF LATICAUDA SEMIFASCIATA FOUND OFF THE OKINAWAS (RYUKU ISLANDS). NEUROTOXIN B WAS ALSO ISOLATED FROM THE VENOM OF LATICAUDA SEMIFASCIATA BUT FOUND IN DIFFERENT PACIFIC OCEAN WATERS. PREVIOUS CHEMICAL SEQUENCE ERRORS IN THESE TOXINS AT HIS 6-GLU 7 AND SER 18-PRO 19 WERE CORRECTED IN ENTRY *2EBX*. THE CHEMICAL DESIGNATION VAL 59 (CITED AS ARG 59 IN NEUROTOXIN B) WAS ALSO UNAMBIGUOUSLY VERIFED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.58 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: unknown / 詳細: referred to FEBS Lett.68.1-4 1976
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 %satammonium sulfate12
25 mMphosphate12

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.4→10 Å / σ(F): 2
詳細: SHIFTS FROM ENTRY *2EBX* IN POSITIONS OF NON-DISORDERED PROTEIN ATOMS ARE VERY SMALL. THE RMS DEVIATION IS 0.5 ANGSTROMS FOR ALL NON-DISORDERED ATOMS AND 0.07 ANGSTROMS FOR MAIN CHAIN ATOMS.
Rfactor反射数
all0.176 10405
obs0.14 7732
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数569 0 5 111 685
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.5
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 7732 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.14
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg0.030.033
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.060.049
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.016
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.175
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.51.23
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it22.49
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it21.84
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it33.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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